| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-39页 |
| 第一章 生物信息学概述 | 第13-30页 |
| 1.生物信息学产生的背景 | 第13-15页 |
| 2.生物信息学的发展与应用 | 第15-30页 |
| ·相关学科和技术的发展 | 第15-16页 |
| ·分子生物信息数据库 | 第16-24页 |
| ·基因组数据库 | 第18页 |
| ·序列数据库 | 第18-21页 |
| ·核酸序列数据库 | 第19-20页 |
| ·蛋白质序列数据库 | 第20-21页 |
| ·结构数据库 | 第21-22页 |
| ·二次数据库 | 第22页 |
| ·其他数据库 | 第22-24页 |
| ·生物信息数据分析工具 | 第24-27页 |
| ·生物信息学的应用 | 第27-30页 |
| 第二章 与棉纤维发育相关的ESTs研究进展 | 第30-38页 |
| 1.EST概述 | 第30-35页 |
| ·EST基本概念 | 第30页 |
| ·EST的获取 | 第30-31页 |
| ·EST数据库 | 第31-32页 |
| ·EST生物信息学分析 | 第32-35页 |
| ·ESTs与基因识别 | 第33页 |
| ·ESTs与基因图谱的绘制 | 第33页 |
| ·ESTs与基因预测 | 第33页 |
| ·ESTs与SNPs | 第33-34页 |
| ·利用ESTs大规模分析基因表达水平 | 第34-35页 |
| ·用于分子标记的开发 | 第35页 |
| 2.棉纤维发育相关的ESTs研究进展 | 第35-38页 |
| ·基因克隆 | 第35页 |
| ·基因注释和功能分析 | 第35-37页 |
| ·EST-SSR新标记的开发与遗传图谱的构建 | 第37-38页 |
| 本研究的目的与意义 | 第38-39页 |
| 第二部分 研究报告 | 第39-63页 |
| 第三章 雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用 | 第39-46页 |
| 1.材料和方法 | 第40-41页 |
| ·EST序列来源 | 第40页 |
| ·EST—SSRs的开发 | 第40页 |
| ·EST—SSRs的引物开发 | 第40-41页 |
| ·DNA提取、SSR扩增和电泳 | 第41页 |
| 2.结果和讨论 | 第41-46页 |
| ·源于雷蒙德氏棉ESTs的SSRs发掘 | 第41-42页 |
| ·雷蒙德氏棉EST—SSRs的分布特征 | 第42-44页 |
| ·雷蒙德氏棉EST—SSRs标记开发及其在海、陆四倍体栽培棉种间的多态性 | 第44-46页 |
| 第四章 与棉纤维发育相关的ESTs组装与功能分析 | 第46-63页 |
| 1.材料与方法 | 第47-49页 |
| ·EST序列来源 | 第47页 |
| ·Unigenes的发掘 | 第47页 |
| ·序列间的相似性分析 | 第47页 |
| ·相似性序列功能注释 | 第47-49页 |
| 2.结果 | 第49-59页 |
| ·Unigenes的获得 | 第49-50页 |
| ·不同基因组间Unigenes序列相似性分析 | 第50-51页 |
| ·27092 Unigenes功能注释 | 第51-53页 |
| ·27092 Unigenes代谢分析 | 第53-54页 |
| ·A、D、AD基因组间相似性序列代谢分析 | 第54-57页 |
| ·三个基因组间共有的相似序列功能和代谢分析 | 第57-58页 |
| ·D组和AD组间相似性Unigenes功能和代谢分析 | 第58-59页 |
| ·A组和AD组间相似性Unigenes功能和代谢分析 | 第59页 |
| ·A组和D组间相似性Unigenes功能和代谢分析 | 第59页 |
| 3.讨论 | 第59-63页 |
| ·不同基因组间ESTs的功能表达 | 第59-61页 |
| ·D基因组和AD基因组间功能EST的表达 | 第59-61页 |
| ·A基因组和D基因组不同文库间的功能ESTs表达 | 第61页 |
| ·A基因组和AD基因组不同文库间的功能ESTs表达 | 第61页 |
| ·与棉纤维发育相关的ESTs代谢分析 | 第61-63页 |
| 全文结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-78页 |
| 附录 | 第78-140页 |
| 本试验中用的程序脚本 | 第140-149页 |
| 1.提取序列脚本 | 第140-143页 |
| 2.格式转换 | 第143-144页 |
| 3.发掘SSR后的结果处理 | 第144-146页 |
| 4.统计序列长度和GC含量 | 第146-148页 |
| 5.提取PRIMER3结果的相关信息 | 第148-149页 |
| 攻读硕士学位期间已发表和待发表的论文 | 第149-150页 |
| 致谢 | 第150页 |
