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生物信息学预测体系在结核杆菌分泌性蛋白中的应用研究

第一部分 综述部分第1-21页
   ·前言第9页
   ·结核分支杆菌的分泌性蛋白第9-11页
     ·MTB的分泌蛋白在疫苗研究中的应用第9-10页
       ·亚单位疫苗第9-10页
       ·DNA疫苗第10页
     ·MTB的分泌蛋白在临床诊断中的潜在价值第10-11页
   ·原核细胞蛋白质分泌的机理第11-14页
     ·信号肽的结构特点第11-12页
     ·参与原核细胞蛋白质转运的胞质成分和内膜成分第12-14页
     ·转运过程中的能量需求第14页
   ·分泌性蛋白的研究方法第14-21页
     ·试验生物学方法第14-17页
       ·二维凝胶电泳法第14-15页
       ·基因融合法第15-17页
     ·生物信息学方法第17-21页
       ·Chou-Fasman方法第18-19页
       ·GOR方法第19页
       ·最近邻居方法第19页
       ·神经网络方法第19-20页
       ·隐马尔科夫模型第20-21页
第二部分 研究内容第21-44页
   ·结核杆菌分泌蛋白预测体系的建立第21-29页
     ·设备和方法第21-25页
       ·仪器设备与数据来源第21页
       ·设计方法第21-25页
    (1) 搜集结核杆菌H37Rv基因组和蛋白组信息第22页
    (2) 数据分析第22页
    (3) 建立数据库第22-24页
     ① 需求分析第23页
     ② 建立数据库第23-24页
     ③ 生成应用程序安装盘第24页
    (4) 获得分泌性蛋白和膜蛋白第24页
    (5) BLASTp分析,获得结核杆菌H37Rv特有的分泌性蛋白第24-25页
     ·结果第25-29页
   (1) H37Rv基因组和蛋白组信息搜集结果第25页
   (2) H37Rv蛋白组信号肽和跨膜区分析结果第25-26页
   (3) 数据库系统功能第26-27页
   (4) 获得分泌性蛋白和膜蛋白第27-28页
   (5) BLASTp分析结果第28-29页
   ·预测结果的验证第29-44页
     ·材料和方法第29-37页
       ·实验材料第29-32页
    (1) 菌种和载体第29-31页
    (2) H37Rv基因组第31页
    (3) PCR引物第31页
    (4) 常用分子生物学试剂第31页
    (5) 主要仪器第31页
    (6) 常用缓冲液系统第31-32页
       ·实验方法第32-37页
    (1) Rv3491基因扩增第32-33页
    (2) Ta克隆第33-35页
    (3) 测序第35页
    (4) 测序结果的序列比对第35页
    (5) 表达体系的构建第35-36页
    (6) Rv3491蛋白的诱导表达第36页
    (7) Rv3491蛋白的可溶性分析第36页
    (8) Rv3491蛋白的分泌性验证第36-37页
     ·结果第37-44页
       ·Rv3491 PCR扩增结果第37页
       ·Ta克隆转化后JM109菌落的生长情况第37-38页
       ·酶切及PCR鉴定结果第38页
       ·T-Rv3491质粒插入序列正向测序结果第38-39页
       ·T-Rv3491质粒插入序列与Rv3491基因序列比对结果第39-40页
       ·T-Rv3491质粒、pET32a表达载体的酶切图谱第40页
       ·pET32a-Rv3491 PCR及酶切鉴定结果第40-41页
       ·IPTG诱导表达第41页
       ·可溶性分析第41-42页
       ·Rv3491蛋白的细胞定位第42-44页
第三部分 讨论第44-48页
小结第48-49页
参考文献第49-52页
致谢第52页

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