| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-11页 |
| ·研究背景及意义 | 第8页 |
| ·高通量短序列拼接的研究现状 | 第8-9页 |
| ·本文主要研究内容及组织结构 | 第9-11页 |
| 第二章 基因组测序与序列拼接技术 | 第11-27页 |
| ·引言 | 第11页 |
| ·全基因组测序 | 第11-12页 |
| ·序列测定 | 第12页 |
| ·碱基读出 | 第12页 |
| ·序列拼接 | 第12页 |
| ·传统 Sanger 测序技术及其序列拼接 | 第12-15页 |
| ·Sanger 测序技术 | 第12-13页 |
| ·针对 Sanger 测序技术的序列拼接 | 第13-14页 |
| ·Phrap 序列拼接软件 | 第14-15页 |
| ·新一代测序技术 | 第15-18页 |
| ·454 Genome Sequencer System | 第16页 |
| ·Illumina HiSeq | 第16页 |
| ·Applied Biosystem SOLiD System | 第16-17页 |
| ·单分子测序技术 | 第17-18页 |
| ·针对新一代测序技术的序列拼接 | 第18-25页 |
| ·基于 Hamilton 路径的 OLC 拼接技术存在的问题 | 第18页 |
| ·针对新一代测序技术的序列拼接技术 | 第18-22页 |
| ·Euler 序列拼接软件 | 第22页 |
| ·Velvet 序列拼接软件 | 第22-25页 |
| ·当前序列拼接面临的问题及解决思路 | 第25页 |
| ·小结 | 第25-27页 |
| 第三章 序列片段中错误碱基的修正 | 第27-36页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·修正序列片段中错误碱基的思路 | 第27-29页 |
| ·条件参数的选择 | 第29-30页 |
| ·后缀数组 | 第30-32页 |
| ·多序列比对修正错误碱基 | 第32-33页 |
| ·错误碱基修正算法 | 第33页 |
| ·实验结果 | 第33-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 基于 OpenMP 的并行序列片段聚类 | 第36-47页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·算法描述 | 第36-37页 |
| ·空位种子索引法 | 第37-39页 |
| ·改进的空位种子 | 第39-42页 |
| ·序列片段的聚类 | 第42页 |
| ·OpenMP 并行化聚类过程 | 第42-45页 |
| ·OpenMP 介绍 | 第42-44页 |
| ·聚类过程的并行实现 | 第44-45页 |
| ·实验结果 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第五章 总结与展望 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
