| 摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-16页 |
| 1 引言 | 第16-33页 |
| ·遗传密码子的通用性与兼并性 | 第16页 |
| ·同义密码子的使用模式 | 第16-17页 |
| ·影响密码子使用的因素 | 第17-20页 |
| ·基因组的碱基组成 | 第18页 |
| ·翻译选择 | 第18页 |
| ·tRNA 的丰度 | 第18-19页 |
| ·蛋白编码基因的长度 | 第19页 |
| ·蛋白编码基因在DNA 双链上的位置 | 第19-20页 |
| ·前后相互关联的碱基突变 | 第20页 |
| ·密码子发生改变的两种假说 | 第20-21页 |
| ·基于密码子水平的选择压力分析 | 第21-22页 |
| ·昆虫线粒体基因组概述 | 第22-25页 |
| ·线粒体基因组具有的特点 | 第22-24页 |
| ·线粒体基因组研究的意义 | 第24-25页 |
| ·线粒体基因组研究的方向 | 第25页 |
| ·昆虫氧化磷酸化基因研究进展 | 第25-31页 |
| ·研究背景 | 第25-26页 |
| ·氧化磷酸化基因受到的进化压力 | 第26页 |
| ·氧化磷酸化基因的密码子使用偏好性 | 第26-27页 |
| ·线粒体基因和核基因的协同进化 | 第27-28页 |
| ·线粒体基因的进化历程 | 第28-29页 |
| ·线粒体基因在物种系统发育中的应用 | 第29-30页 |
| ·氧化磷酸化基因的进化特点 | 第30-31页 |
| ·本研究的目的意义及技术路线 | 第31-33页 |
| 2 昆虫线粒体基因组密码子和反密码子相互作用的研究 | 第33-45页 |
| ·研究背景 | 第33-34页 |
| ·材料与方法 | 第34-36页 |
| ·数据的获取 | 第34-35页 |
| ·数据处理 | 第35-36页 |
| ·结果与分析 | 第36-40页 |
| ·线粒体基因组的大小和碱基含量 | 第36页 |
| ·昆虫线粒体基因组中的密码子和反密码子 | 第36-40页 |
| ·讨论 | 第40-45页 |
| 3 昆虫氧化磷酸化系统中核基因和线粒体基因的密码子使用模式 | 第45-54页 |
| ·研究背景 | 第45-46页 |
| ·材料与方法 | 第46-48页 |
| ·数据处理 | 第46页 |
| ·参数设置 | 第46-47页 |
| ·软件使用 | 第47页 |
| ·对应分析 | 第47-48页 |
| ·相关联突变的统计检测 | 第48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-54页 |
| ·黑腹果蝇氧化磷酸化系统中核基因密码子使用模式 | 第48-51页 |
| ·黑腹果蝇线粒体基因的密码子使用模式 | 第51-52页 |
| ·前后碱基的关联突变 | 第52-54页 |
| 4 昆虫寄生菌 Wolbachia 基因组的密码子使用模式 | 第54-61页 |
| ·研究背景 | 第54-55页 |
| ·材料与方法 | 第55-57页 |
| ·数据获取 | 第55页 |
| ·对应分析 | 第55-56页 |
| ·前后相关联碱基突变的统计检验 | 第56-57页 |
| ·软件使用 | 第57页 |
| ·结果 | 第57-60页 |
| ·基因组和基因组成分析 | 第57页 |
| ·密码子使用偏好性和基因长度、基因表达水平之间的相互关系 | 第57-58页 |
| ·对应分析的结果 | 第58-60页 |
| ·前后相互关联的突变 | 第60页 |
| ·讨论 | 第60-61页 |
| 5 密码子适应指数（CAI）的应用 | 第61-65页 |
| ·背景介绍 | 第61-62页 |
| ·材料与方法 | 第62-63页 |
| ·CAI 的计算原理 | 第62页 |
| ·数据获取 | 第62-63页 |
| ·结果与讨论 | 第63-65页 |
| 6 昆虫细胞色素氧化酶亚基I 的适应性进化 | 第65-70页 |
| ·研究背景 | 第65页 |
| ·材料与方法 | 第65-68页 |
| ·序列获取及处理 | 第65-67页 |
| ·重组与序列饱和性检测 | 第67页 |
| ·选择压力分析 | 第67-68页 |
| ·结果分析 | 第68-69页 |
| ·重组与饱和度分析 | 第68页 |
| ·最大似然法分析 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-70页 |
| 7 参考文献 | 第70-86页 |
| 发表/待发表文章目录 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-89页 |
| 附录 | 第89-120页 |
