单体型分析的算法研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 符号说明 | 第14-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 生物学背景和基本概念 | 第18-21页 |
| 1.1.1 单核苷酸多态性 | 第18页 |
| 1.1.2 等位基因与基因型 | 第18-19页 |
| 1.1.3 连锁与连锁不平衡 | 第19-20页 |
| 1.1.4 单体型和相型 | 第20-21页 |
| 1.2 混合基因池设计 | 第21-22页 |
| 1.3 单体型分析概况 | 第22-24页 |
| 1.4 论文内容与结构 | 第24-27页 |
| 第2章 频率估计问题 | 第27-51页 |
| 2.1 符号定义 | 第27-29页 |
| 2.2 常用指标 | 第29-30页 |
| 2.3 已有工作 | 第30-31页 |
| 2.4 最大简约算法 | 第31-35页 |
| 2.4.1 Clark算法 | 第31-32页 |
| 2.4.2 Clark算法的一些扩展 | 第32页 |
| 2.4.3 整数规划法 | 第32-34页 |
| 2.4.4 后续研究 | 第34-35页 |
| 2.5 完美进化树模型 | 第35-37页 |
| 2.6 极大似然法 | 第37-41页 |
| 2.6.1 标准EM算法 | 第38-39页 |
| 2.6.2 分割-捆绑策略 | 第39-40页 |
| 2.6.3 后续研究 | 第40-41页 |
| 2.7 贝叶斯方法 | 第41-46页 |
| 2.7.1 发展历史 | 第41-42页 |
| 2.7.2 MCMC的应用 | 第42-43页 |
| 2.7.3 先验分布的选取 | 第43-46页 |
| 2.8 混合基因池推断 | 第46-50页 |
| 2.8.1 小容量池的精确推断 | 第46-49页 |
| 2.8.2 大容量池的近似推断 | 第49-50页 |
| 2.9 本章小结 | 第50-51页 |
| 第3章 CSHAP算法 | 第51-77页 |
| 3.1 压缩感知简介 | 第52-54页 |
| 3.2 CSHAP方法 | 第54-62页 |
| 3.2.1 符号定义 | 第54-55页 |
| 3.2.2 单体型频率的稀疏表示 | 第55-56页 |
| 3.2.3 误差存在的情形 | 第56-57页 |
| 3.2.4 超参数ε的选取 | 第57页 |
| 3.2.5 HWE不成立的情形 | 第57-58页 |
| 3.2.6 个体基因设计 | 第58-59页 |
| 3.2.7 混合基因设计 | 第59-60页 |
| 3.2.8 长序列推断 | 第60-62页 |
| 3.3 模拟研究 | 第62-68页 |
| 3.3.1 个体基因设计 | 第63-66页 |
| 3.3.2 HWE不成立的情形 | 第66页 |
| 3.3.3 混合基因设计 | 第66页 |
| 3.3.4 长序列推断 | 第66-68页 |
| 3.4 本章小结 | 第68-69页 |
| 3.5 附录 | 第69-77页 |
| 3.5.1 协方差阵Σ_e的推导 | 第69-71页 |
| 3.5.2 部分定理的证明 | 第71页 |
| 3.5.3 附表 | 第71-77页 |
| 第4章 基因补全问题 | 第77-87页 |
| 4.1 符号定义 | 第77-78页 |
| 4.2 现有工作 | 第78-80页 |
| 4.2.1 无参考的基因补全 | 第79-80页 |
| 4.2.2 有参考的基因补全 | 第80页 |
| 4.3 基于单体型的基因补全 | 第80-82页 |
| 4.3.1 EM补全算法 | 第80-81页 |
| 4.3.2 CSHAP补全算法 | 第81-82页 |
| 4.4 模拟研究 | 第82-84页 |
| 4.4.1 不同缺失率的比较 | 第82页 |
| 4.4.2 不同单体型多样性的比较 | 第82-83页 |
| 4.4.3 缺失数据下的频率估计 | 第83-84页 |
| 4.5 本章小结 | 第84-87页 |
| 第5章 单体分型问题 | 第87-109页 |
| 5.1 符号定义 | 第88页 |
| 5.2 常用指标 | 第88-90页 |
| 5.3 隐马尔可夫模型 | 第90-95页 |
| 5.3.1 马尔可夫链 | 第91-92页 |
| 5.3.2 有参考的隐马尔可夫模型 | 第92-94页 |
| 5.3.3 无参考的隐马尔可夫模型 | 第94-95页 |
| 5.4 广义EM方法 | 第95-102页 |
| 5.4.1 EM算法的缺陷 | 第95-96页 |
| 5.4.2 广义EM算法 | 第96-99页 |
| 5.4.3 任意长序列分型 | 第99-102页 |
| 5.5 模拟研究 | 第102-105页 |
| 5.5.1 短序列分型 | 第102-103页 |
| 5.5.2 单体型多样性 | 第103-104页 |
| 5.5.3 长序列分型 | 第104-105页 |
| 5.6 本章小结 | 第105-109页 |
| 参考文献 | 第109-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第118页 |
