| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-36页 |
| 1.1 链霉菌的初级代谢和次级代谢的关系 | 第11-22页 |
| 1.1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.1.2 链霉菌的初级代谢 | 第12-16页 |
| 1.1.3 链霉菌的营养摄入与次级代谢的关系 | 第16-20页 |
| 1.1.4 链霉菌的中心碳代谢与次级代谢的关系 | 第20-22页 |
| 1.2 链霉菌高效启动子的筛选及应用 | 第22-31页 |
| 1.2.1 引言 | 第22-23页 |
| 1.2.2 独立强启动子的构建和应用 | 第23-27页 |
| 1.2.3 通过构建启动子库筛选启动子 | 第27-31页 |
| 1.3 格尔登素的研究现状 | 第31-34页 |
| 1.3.1 格尔登素的化学结构及应用 | 第31-32页 |
| 1.3.2 格尔登素的生物合成及代谢工程研究进展 | 第32-34页 |
| 1.4 研究的内容和目的 | 第34-36页 |
| 1.4.1 研究内容 | 第34页 |
| 1.4.2 研究目的 | 第34-36页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第36-57页 |
| 2.1 实验材料 | 第36-48页 |
| 2.1.1 菌株 | 第36-37页 |
| 2.1.2 质粒 | 第37-39页 |
| 2.1.3 引物 | 第39-45页 |
| 2.1.4 培养基 | 第45-46页 |
| 2.1.5 试剂 | 第46-47页 |
| 2.1.6 常用抗生素溶液配方 | 第47-48页 |
| 2.2 实验方法 | 第48-57页 |
| 2.2.1 链霉菌的培养和发酵 | 第48-49页 |
| 2.2.2 链霉菌基因组DNA的提取 | 第49页 |
| 2.2.3 吸水链霉菌XM201 的基因组、转录组测序及注释 | 第49-50页 |
| 2.2.4 大肠杆菌钙转化感受态细胞的制备 | 第50页 |
| 2.2.5 链霉菌-大肠杆菌种间接合转移(适用于XM201) | 第50-51页 |
| 2.2.6 格尔登素的提取和定量 | 第51-52页 |
| 2.2.7 XM201 生长曲线的测定 | 第52页 |
| 2.2.8 有机酸在XM201 发酵液中的含量测定 | 第52-53页 |
| 2.2.9 PKS延伸单元的定量 | 第53页 |
| 2.2.10 链霉菌总RNA的提取、定量 | 第53-56页 |
| 2.2.11 体外测定XylE酶活的方法 | 第56-57页 |
| 第三章 吸水链霉菌XM201 遗传操作体系的建立及初步组学解析 | 第57-78页 |
| 3.1 前言 | 第57页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第57-76页 |
| 3.2.1 格尔登素的发酵优化 | 第57-60页 |
| 3.2.2 抗生素敏感性测定及接合转移条件的建立 | 第60-61页 |
| 3.2.3 吸水链霉菌XM201 的基因组概况 | 第61-63页 |
| 3.2.4 XM201 次级代谢基因簇的预测及表达情况 | 第63-66页 |
| 3.2.5 XM201 基因功能聚类分析 | 第66-72页 |
| 3.2.6 XM201 中心代谢相关基因的拷贝数分析 | 第72-74页 |
| 3.2.7 XM201 中心代谢相关基因表达情况概览 | 第74-76页 |
| 3.3 本章小结 | 第76-78页 |
| 第四章 转录组学指导下中心碳代谢的弱化对XM201 生长和抗生素产量的影响 | 第78-102页 |
| 4.1 前言 | 第78页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第78-99页 |
| 4.2.1 EMP途径和TCA循环相关基因的表达情况 | 第78-81页 |
| 4.2.2 EMP途径和TCA循环基因的敲除 | 第81-82页 |
| 4.2.3 EMP途径和TCA循环弱化对生长和代谢的影响——概述 | 第82-83页 |
| 4.2.4 EMP途径弱化对生长和格尔登素产量的影响 | 第83-87页 |
| 4.2.5 通过中心代谢关键代谢物的定量评价EMP途径弱化对代谢的影响 | 第87-90页 |
| 4.2.6 TCA循环弱化对生长和格尔登素产量的影响 | 第90-93页 |
| 4.2.7 通过中心代谢关键代谢物的定量评价TCA循环弱化对代谢的影响 | 第93-96页 |
| 4.2.8 通过PKS延伸单元定量评价TCA循环弱化对次级代谢的影响 | 第96-97页 |
| 4.2.9 通过转录组信息评价EMP途径和TCA循环相关基因的功能 | 第97-99页 |
| 4.3 本章小结 | 第99-102页 |
| 第五章 内源强启动子的挖掘与PKS基因的定向过表达 | 第102-123页 |
| 5.1 前言 | 第102页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第102-121页 |
| 5.2.1 格尔登素生物合成基因簇的定位和分析 | 第102-104页 |
| 5.2.2 格尔登素生物合成基因的表达情况 | 第104-106页 |
| 5.2.3 转录组指导下高表达基因的筛选 | 第106-108页 |
| 5.2.4 荧光定量PCR对高表达基因启动子区域的活性评估 | 第108-109页 |
| 5.2.5 卡那霉素抗性实验对启动子活性的评估 | 第109-111页 |
| 5.2.6 通过XylE酶活测定对启动子活性进行评估 | 第111-113页 |
| 5.2.7 高效内源强启动子5063p与格尔登素PKS启动子的置换 | 第113-115页 |
| 5.2.8 PKS基因过表达显著提升格尔登素产量 | 第115-117页 |
| 5.2.9 AHBA的喂养实验揭示新的限速步骤 | 第117-118页 |
| 5.2.10 AHBA合成基因的过表达进一步提升格尔登素的产量 | 第118-121页 |
| 5.3 本章小结 | 第121-123页 |
| 第六章 总结与展望 | 第123-125页 |
| 6.1 总结 | 第123-124页 |
| 6.2 本研究的创新点 | 第124页 |
| 6.3 工作展望 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-142页 |
| 致谢 | 第142-146页 |
| 攻读博士期间的研究成果 | 第146-148页 |
