| 摘要 | 第8-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 1.引言 | 第13-32页 |
| 1.1 哺乳动物早期胚胎发育调控研究进展 | 第13-26页 |
| 1.1.1 早期胚胎发育过程概述 | 第13-17页 |
| 1.1.2 合子基因组激活 | 第17-20页 |
| 1.1.3 早期胚胎的表观调控 | 第20-23页 |
| 1.1.4 早期胚胎的代谢调控 | 第23-24页 |
| 1.1.5 猪早期胚胎与多能性干细胞 | 第24-26页 |
| 1.2 单细胞测序在早期胚胎中的研究进展 | 第26-27页 |
| 1.2.1 单细胞转录组测序(sc RNASeq)技术 | 第26页 |
| 1.2.2 单细胞表观基因组测序技术 | 第26-27页 |
| 1.3 内源小干扰RNA的研究进展 | 第27-29页 |
| 1.3.1 内源小干扰RNA简述 | 第27-28页 |
| 1.3.2 内源小干扰RNA的调控 | 第28-29页 |
| 1.4 长链非编码RNA的研究进展 | 第29-31页 |
| 1.4.1 长链非编码RNA简述 | 第29-30页 |
| 1.4.2 长链非编码RNA的功能 | 第30-31页 |
| 1.4.3 长链非编码RNA在胚胎中的研究 | 第31页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-36页 |
| 2.1.1 实验模式动物 | 第32页 |
| 2.1.2 主要仪器和设备 | 第32-33页 |
| 2.1.3 主要试剂及试剂盒 | 第33页 |
| 2.1.4 主要抗体 | 第33页 |
| 2.1.5 常用试剂及配置 | 第33-35页 |
| 2.1.6 主要分析软件及数据库 | 第35-36页 |
| 2.2 实验方法 | 第36-40页 |
| 2.2.1 体内胚胎收集和单细胞分离 | 第36页 |
| 2.2.2 体外胚胎收集 | 第36-37页 |
| 2.2.3 免疫荧光检测 | 第37页 |
| 2.2.4 显微操作 | 第37页 |
| 2.2.5 5 ′和3′RACE | 第37页 |
| 2.2.6 Western blot | 第37页 |
| 2.2.7 RNA提取,反转录,Real-time PCR | 第37-38页 |
| 2.2.8 RNA干扰 | 第38页 |
| 2.2.9 小RNA测序数据的处理与分析 | 第38-39页 |
| 2.2.10 转录组测序数据的处理与分析 | 第39页 |
| 2.2.11 模块保守性分析 | 第39页 |
| 2.2.12 lncRNA的鉴定流程 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-76页 |
| 3.1 猪精子,卵母细胞和合子L1-siRNAs的鉴定 | 第40-45页 |
| 3.1.1 SncRNAs的分类及endo-siRNAs的生物信息学鉴定 | 第40页 |
| 3.1.2 Endo-siRNAs的实验验证 | 第40-43页 |
| 3.1.3 猪L1逆转录转座子来源的Endo-siRNAs(L1-siRNAs)的鉴定 | 第43-45页 |
| 3.2 L1-siRNAs在猪早期胚胎发育中的功能研究 | 第45-49页 |
| 3.2.1 L1-siRNAs控制猪早期胚胎发育 | 第45-47页 |
| 3.2.2 L1-siRNAs控制早期胚胎L1逆转录从而调控胚胎发育 | 第47-49页 |
| 3.3 猪早期胚胎单细胞转录组测序及分析 | 第49-68页 |
| 3.3.1 猪早期胚胎单细胞分离体系的建立 | 第49-52页 |
| 3.3.2 猪早期胚胎整体转录组图谱 | 第52-55页 |
| 3.3.3 哺乳动物早期胚胎母源-合子转换关键基因的鉴定 | 第55-58页 |
| 3.3.4 猪桑椹胚时期的单卵裂球表现出明显的异质性 | 第58-61页 |
| 3.3.5 猪早期胚胎基因共表达网络的构建 | 第61-64页 |
| 3.3.6 物种保守性及猪特异性基因调控网络的鉴定 | 第64-68页 |
| 3.4 猪早期胚胎lincRNA的生物信息学鉴定 | 第68-76页 |
| 3.4.1 lincRNAs的鉴定策略 | 第68-69页 |
| 3.4.2 lincRNAs的特征分析 | 第69-70页 |
| 3.4.3 猪早期胚胎lincRNAs的宏观转录组图谱 | 第70-72页 |
| 3.4.4 猪早期胚胎lincRNAs与mRNA共表达网络构建 | 第72-74页 |
| 3.4.5 猪早期胚胎特异性模块中的枢纽基因和lincRNAs可视化 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-80页 |
| 4.1 利用高通量测序鉴定早期胚胎发育调控关键因子 | 第76-77页 |
| 4.2 Endo-siRNAs的功能研究 | 第77-80页 |
| 5 结论 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-100页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第100页 |
