| 论文创新点 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-16页 |
| 第1章 文献综述 | 第16-40页 |
| 1.1 水稻的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.1.1 稻属的物种多样性 | 第16-18页 |
| 1.1.2 野生稻是重要的种质资源 | 第18-19页 |
| 1.1.3 稻属AA基因组物种 | 第19-20页 |
| 1.2 水稻回交渗入系(BILS)的研究 | 第20-23页 |
| 1.2.1 杂交水稻研究进展 | 第20-21页 |
| 1.2.2 水稻BILs的构建及研究手段 | 第21-22页 |
| 1.2.3 BILs构建过程中表观遗传的变化 | 第22-23页 |
| 1.3 水稻株高的研究进展 | 第23-28页 |
| 1.3.1 水稻株高的类型 | 第23-24页 |
| 1.3.2 植物激素对水稻株高变化的影响 | 第24-26页 |
| 1.3.3 水稻株高相关基因的研究 | 第26-28页 |
| 1.4 非编码RNA的研究 | 第28-39页 |
| 1.4.1 植物中非编码miRNA | 第28-32页 |
| 1.4.2 植物中的非编码lncRNA | 第32-36页 |
| 1.4.3 水稻中非编码RNA的研究进展 | 第36-39页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第39-40页 |
| 第2章 长雄蕊野生稻回交渗入系(BILs)基因表达分析 | 第40-67页 |
| 2.1 材料与方法 | 第40-46页 |
| 2.1.1 水稻材料与生长条件 | 第40-41页 |
| 2.1.2 石蜡切片观察 | 第41页 |
| 2.1.3 RNA的提取和测序文库的构建以及测序 | 第41-43页 |
| 2.1.4 测序原始数据的过滤和参考基因组的比对 | 第43页 |
| 2.1.5 基因功能注释分析 | 第43-44页 |
| 2.1.6 差异表达基因分析 | 第44页 |
| 2.1.7 实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析 | 第44-46页 |
| 2.2 结果与分析 | 第46-63页 |
| 2.2.1 BILs子代株系形态特征变化 | 第46-47页 |
| 2.2.2 测序数据统计初步分析 | 第47-48页 |
| 2.2.3 BILs子代株系与亲本基因表达情况 | 第48-50页 |
| 2.2.4 BILs子代株系基因表达模式分析 | 第50-51页 |
| 2.2.5 BILs子代株系差异表达基因GO功能分析 | 第51-57页 |
| 2.2.6 KEGG通路分析 | 第57-63页 |
| 2.2.7 qRT-PCR验证 | 第63页 |
| 2.3 讨论 | 第63-67页 |
| 2.3.1 BILs子代基因表达与其亲本基因组含量密切相关 | 第64-65页 |
| 2.3.2 植物激素相关基因的表达变化对BILs子代的株高影响 | 第65页 |
| 2.3.3 细胞壁相关基因表达变化可能影响BILs子代的株高 | 第65-67页 |
| 第3章 长雄蕊野生稻回交渗入系(BILs) miRNA表达分析 | 第67-89页 |
| 3.1 材料与方法 | 第67-71页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第67页 |
| 3.1.2 提取总RNA以及质量检测 | 第67-68页 |
| 3.1.3 构建sRNA文库和sRNA测序 | 第68页 |
| 3.1.4 原始数据的过滤 | 第68页 |
| 3.1.5 miRNA的鉴定 | 第68-69页 |
| 3.1.6 miRNA靶基因预测及靶基因功能注释 | 第69页 |
| 3.1.7 miRNA差异表达分析 | 第69-70页 |
| 3.1.8 qRT-PCR验证测序数据的准确性 | 第70-71页 |
| 3.2 结果与分析 | 第71-86页 |
| 3.2.1 sRNA测序数据总体概况 | 第71-73页 |
| 3.2.2 BILs子代株系及其亲本miRNA表达鉴定和分析 | 第73-75页 |
| 3.2.3 BILs子代株系差异表达miRNA的分析 | 第75-77页 |
| 3.2.4 miRNA靶基因预测分析 | 第77-80页 |
| 3.2.5 miRNA及靶基因qRT-PCR分析 | 第80-82页 |
| 3.2.6 BILs子代株系miRNA靶基因的GO功能分析 | 第82-86页 |
| 3.3 讨论 | 第86-89页 |
| 3.3.1 BILs子代miRNA的表达具有亲本偏向性 | 第86-87页 |
| 3.3.2 miRNA可能通过调节植物激素相关基因表达影响子代株高 | 第87-89页 |
| 第4章 长雄蕊野生稻回交渗入系(BILs) lncRNA表达分析 | 第89-123页 |
| 4.1 材料与方法 | 第89-93页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第89页 |
| 4.1.2 总RNA的提取、质量监控和文库构建及测序 | 第89-90页 |
| 4.1.3 测序数据过滤 | 第90页 |
| 4.1.4 参考基因组的比对和lncRNA的鉴定 | 第90页 |
| 4.1.5 lncRNA显著性差异表达分析 | 第90-91页 |
| 4.1.6 lncRNA靶基因和miRNA前体预测 | 第91页 |
| 4.1.7 qRT-PCR验证lncRNA测序的准确度 | 第91-93页 |
| 4.2 结果与分析 | 第93-117页 |
| 4.2.1 lncRNA测序数据初步分析 | 第93-95页 |
| 4.2.2 lncRNA的序列特征 | 第95-97页 |
| 4.2.3 lncRNA充当miRNA的前体 | 第97-99页 |
| 4.2.4 lncRNA对mRNA调控表达分析 | 第99-100页 |
| 4.2.5 lncRNA与miRNA的相互作用 | 第100-102页 |
| 4.2.6 BILs子代株系差异表达lncRNA分析 | 第102-106页 |
| 4.2.7 BILs子代株系差异lncRNA靶基因的分析 | 第106-110页 |
| 4.2.8 亲本偏向性表达分析 | 第110-114页 |
| 4.2.9 BILs子代株系差异表达lncRNA、mRNA和miRNA互作分析 | 第114-117页 |
| 4.3 讨论 | 第117-123页 |
| 4.3.1 水稻茎秆中lncRNA的特征 | 第118-119页 |
| 4.3.2 lncRNA可能调控BILs子代植物激素相关基因的表达变化 | 第119-120页 |
| 4.3.3 lncRNA可能调节BILs子代的适应性 | 第120-121页 |
| 4.3.4 lncRNA可能通过与mRNA竞争性结合miRNA调控水稻生长 | 第121-123页 |
| 第5章 结论与展望 | 第123-125页 |
| 5.1 本文主要结论 | 第123-124页 |
| 5.2 研究展望 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-136页 |
| 攻读博士学位期间发表及投稿论文 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |
