| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第11页 |
| 1.2 文献综述 | 第11-20页 |
| 1.2.1 生物学网络 | 第11-16页 |
| 1.2.2 植物应对非生物胁迫的分子机制 | 第16-19页 |
| 1.2.3 研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-30页 |
| 2.1 主要硬件及软件 | 第20页 |
| 2.2 工具和数据库 | 第20-21页 |
| 2.3 数据来源 | 第21-22页 |
| 2.4 差异表达基因分析 | 第22-23页 |
| 2.4.1 基因芯片数据质量控制 | 第22页 |
| 2.4.2 计算基因芯片表达水平 | 第22页 |
| 2.4.3 鉴定差异表达基因 | 第22-23页 |
| 2.4.4 GO分类富集分析 | 第23页 |
| 2.4.5 差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第23页 |
| 2.5 WGCNA构建基因共表达网络 | 第23-30页 |
| 2.5.1 网络构建的前提 | 第24-26页 |
| 2.5.2 构建共表达网络的具体步骤 | 第26-29页 |
| 2.5.3 基因模块与样本信息的关联 | 第29-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-54页 |
| 3.1 基因芯片质量控制分析结果 | 第30-31页 |
| 3.2 差异表达基因筛选 | 第31页 |
| 3.3 多逆境响应基因 | 第31-33页 |
| 3.4 差异表达基因GO分析 | 第33-37页 |
| 3.4.1 干旱胁迫条件下差异表达基因GO分析 | 第33-34页 |
| 3.4.2 低温胁迫条件下差异表达基因GO分析 | 第34-35页 |
| 3.4.3 高温胁迫条件下差异表达基因GO分析 | 第35-36页 |
| 3.4.4 盐胁迫条件下差异表达基因GO分析 | 第36-37页 |
| 3.5 差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第37-41页 |
| 3.5.1 干旱胁迫条件下差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第37-38页 |
| 3.5.2 低温胁迫条件下差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第38-39页 |
| 3.5.3 高温胁迫条件下差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第39-40页 |
| 3.5.4 盐胁迫条件下差异表达基因启动子区顺式作用元件分析 | 第40-41页 |
| 3.6 基因共表达网络分析 | 第41-54页 |
| 3.6.1 干旱胁迫条件下基因共表达网络分析 | 第41-45页 |
| 3.6.2 低温胁迫条件下基因共表达网络分析 | 第45-48页 |
| 3.6.3 高温胁迫条件下基因共表达网络分析 | 第48-51页 |
| 3.6.4 盐胁迫条件下基因共表达网络分析 | 第51-54页 |
| 4 讨论 | 第54-58页 |
| 4.1 水稻中的部分基因能够同时响应多种非生物逆境胁迫 | 第54-55页 |
| 4.2 顺式作用元件GGAGKA可能在水稻响应非生物逆境过程中发挥一定的作用 | 第55-56页 |
| 4.3 对WGCNA构建基因共表达网络的思考 | 第56页 |
| 4.4 展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-70页 |
| 附录 | 第70-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
