| 摘要 | 第2-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 缩略语表 | 第15-17页 |
| 1 引言 | 第17-43页 |
| 1.1 口蹄疫概述及研究现状 | 第17-31页 |
| 1.1.1 口蹄疫的宿主范围 | 第18-20页 |
| 1.1.2 口蹄疫的传播途径 | 第20-21页 |
| 1.1.3 口蹄疫的主要感染部位 | 第21-22页 |
| 1.1.4 口蹄疫病毒的清除及携带 | 第22-23页 |
| 1.1.5 口蹄疫的潜伏期 | 第23页 |
| 1.1.6 口蹄疫的临床症状 | 第23-24页 |
| 1.1.7 牛的口蹄疫发病阶段(发病机理) | 第24-31页 |
| 1.2 口蹄疫病毒 | 第31-39页 |
| 1.2.1 口蹄疫病毒基因组结构 | 第31-38页 |
| 1.2.2 口蹄疫病毒的复制过程 | 第38-39页 |
| 1.3 转录组测序技术 | 第39-42页 |
| 1.4 本研究的目的意义、主要内容及创新点 | 第42-43页 |
| 1.4.1 研究目的与意义、主要内容 | 第42-43页 |
| 1.4.2 创新点 | 第43页 |
| 2 整联素受体在牛和马鼻咽部的表达研究 | 第43-47页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第43-44页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第43页 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 | 第43页 |
| 2.1.3 制作冰冻切片 | 第43页 |
| 2.1.4 免疫组化方法 | 第43-44页 |
| 2.1.5 显微镜观察 | 第44页 |
| 2.2 整联素受体在牛和马的鼻咽部的表达情况 | 第44-45页 |
| 2.3 讨论 | 第45-46页 |
| 2.4 小结 | 第46-47页 |
| 3 牛鼻咽部感染口蹄疫病毒前后mRNA和LncRNA数据与易感机制分析 | 第47-70页 |
| 3.1 试验材料 | 第47页 |
| 3.1.1 试验动物样品 | 第47页 |
| 3.1.2 病毒 | 第47页 |
| 3.2 方法 | 第47-52页 |
| 3.2.1 试验样品的采集 | 第47页 |
| 3.2.2 口蹄疫病毒感染组织 | 第47页 |
| 3.2.3 总RNA的提取 | 第47-48页 |
| 3.2.4 RNA质检、文库制备和测序 | 第48-49页 |
| 3.2.5 生物信息分析流程 | 第49-52页 |
| 3.3 结果 | 第52-66页 |
| 3.3.1 RNA提取及质检 | 第52-53页 |
| 3.3.2 数据产出汇总 | 第53-54页 |
| 3.3.3 Reads与参考基因组的比对 | 第54-55页 |
| 3.3.4 Reads在染色体上的密度分布 | 第55页 |
| 3.3.5 LncRNA筛选结果 | 第55-58页 |
| 3.3.6 转录本定量分析 | 第58-59页 |
| 3.3.7 差异表达分析 | 第59-60页 |
| 3.3.8 差异表达基因GO功能富集分析 | 第60-61页 |
| 3.3.9 KEGG富集分析结果 | 第61-64页 |
| 3.3.10 牛鼻咽部组织感染口蹄疫病毒后与致病性相关的信号通路基因表达分析 | 第64-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-69页 |
| 3.5 小结 | 第69-70页 |
| 4 马鼻咽部感染口蹄疫病毒前后mRNA和LncRNA数据与抗病毒机制分析 | 第70-87页 |
| 4.1 试验材料 | 第70页 |
| 4.1.1 试验动物样品 | 第70页 |
| 4.1.2 病毒 | 第70页 |
| 4.2 方法 | 第70-71页 |
| 4.2.1 试验样品的采集 | 第70页 |
| 4.2.2 口蹄疫病毒感染组织 | 第70页 |
| 4.2.3 总RNA提取 | 第70页 |
| 4.2.4 RNA质检、文库制备和测序 | 第70页 |
| 4.2.5 生物信息分析流程 | 第70-71页 |
| 4.3 结果 | 第71-86页 |
| 4.3.1 RNA提取及质检 | 第71页 |
| 4.3.2 数据产出汇总 | 第71-72页 |
| 4.3.3 Reads与参考基因组的比对 | 第72-73页 |
| 4.3.4 Reads在染色体上的密度分布 | 第73页 |
| 4.3.5 LncRNA筛选结果 | 第73-75页 |
| 4.3.6 转录本定量分析 | 第75-77页 |
| 4.3.7 差异表达分析 | 第77-78页 |
| 4.3.8 差异表达基因GO功能富集分析 | 第78-79页 |
| 4.3.9 KEGG富集分析结果 | 第79-83页 |
| 4.3.10 马鼻咽部组织抗口蹄疫病毒感染的相关信号通路基因表达分析及与牛易感机制的比较 | 第83-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86页 |
| 4.5 小结 | 第86-87页 |
| 5 牛鼻咽部感染口蹄疫病毒后microRNA表达谱及关联分析 | 第87-104页 |
| 5.1 材料 | 第87页 |
| 5.1.1 试验动物样品 | 第87页 |
| 5.1.2 病毒 | 第87页 |
| 5.2 方法 | 第87-90页 |
| 5.2.1 试验样品的采集 | 第87页 |
| 5.2.2 口蹄疫病毒感染组织 | 第87页 |
| 5.2.3 总RNA提取 | 第87页 |
| 5.2.4 RNA质检、文库制备和测序 | 第87-89页 |
| 5.2.5 生物信息分析流程 | 第89-90页 |
| 5.3 结果 | 第90-97页 |
| 5.3.1 totalRNA质检结果 | 第90页 |
| 5.3.2 测序数据质量评估 | 第90-92页 |
| 5.3.3 测序数据过滤 | 第92页 |
| 5.3.4 sRNA长度筛选结果 | 第92-93页 |
| 5.3.5 sRNA序列比对结果 | 第93-94页 |
| 5.3.6 sRNA分类注释统计结果 | 第94-95页 |
| 5.3.7 miRNA差异表达分析结果 | 第95页 |
| 5.3.8 牛鼻咽部感染口蹄疫病毒后miRNA表达谱分析结果 | 第95-97页 |
| 5.4 讨论 | 第97-103页 |
| 5.5 小结 | 第103-104页 |
| 6 马鼻咽部感染口蹄疫病毒后microRNA表达谱及关联分析 | 第104-124页 |
| 6.1 材料 | 第104页 |
| 6.1.1 试验动物样品 | 第104页 |
| 6.1.2 病毒 | 第104页 |
| 6.2 方法 | 第104-105页 |
| 6.2.1 试验样品的采集 | 第104页 |
| 6.2.2 口蹄疫病毒感染组织 | 第104页 |
| 6.2.3 总RNA提取 | 第104页 |
| 6.2.4 RNA质检、文库制备和测序 | 第104页 |
| 6.2.5 生物信息分析流程 | 第104-105页 |
| 6.3 结果 | 第105-113页 |
| 6.3.1 totalRNA质检结果 | 第105页 |
| 6.3.2 测序数据质量评估 | 第105-106页 |
| 6.3.3 测序数据过滤 | 第106-107页 |
| 6.3.4 sRNA长度筛选结果 | 第107-108页 |
| 6.3.5 sRNA序列比对结果 | 第108页 |
| 6.3.6 sRNA分类注释统计结果 | 第108-109页 |
| 6.3.7 miRNA差异表达分析结果 | 第109-110页 |
| 6.3.8 马鼻咽部接触口蹄疫病毒后miRNA表达谱分析结果 | 第110-113页 |
| 6.4 讨论 | 第113-123页 |
| 6.5 小结 | 第123-124页 |
| 7 转录组数据表达验证 | 第124-130页 |
| 7.1 材料与方法 | 第124-125页 |
| 7.1.1 实验材料 | 第124页 |
| 7.1.2 实验器材 | 第124页 |
| 7.1.3 RNA提取 | 第124页 |
| 7.1.4 RNA反转录cDNA及检测 | 第124页 |
| 7.1.5 引物设计 | 第124页 |
| 7.1.6 选择引物退火温度Tm | 第124-125页 |
| 7.1.7 待测基因片段测序 | 第125页 |
| 7.1.8 定量分析 | 第125页 |
| 7.2 结果与分析 | 第125-129页 |
| 7.2.1 反转录结果检测 | 第125-126页 |
| 7.2.2 引物退火温度的选择 | 第126页 |
| 7.2.3 待测基因片段测序结果 | 第126页 |
| 7.2.4 定量PCR结果 | 第126-129页 |
| 7.3 讨论 | 第129页 |
| 7.4 小结 | 第129-130页 |
| 8 全文小结 | 第130-131页 |
| 9 创新与展望 | 第131-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-154页 |
| 附录 | 第154-175页 |
| 作者简介 | 第175-176页 |
