| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 英文缩写表 | 第10-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-36页 |
| 1 SRBSDV概述 | 第17-26页 |
| 1.1 SRBSDV的发病症状 | 第17-18页 |
| 1.2 SRBSDV的发生和流行 | 第18-20页 |
| 1.3 SRBSDV的传播介体及寄主范围 | 第20-21页 |
| 1.4 SRBSDV传毒介体——白背飞虱的传毒特点 | 第21页 |
| 1.5 SRBSDV的发病规律及防治措施 | 第21-24页 |
| 1.5.1 SRBSDV发病规律 | 第21-23页 |
| 1.5.1.1 初侵染源 | 第21-22页 |
| 1.5.1.2 早稻发病规律 | 第22页 |
| 1.5.1.3 中、晚稻发病规律 | 第22页 |
| 1.5.1.4 田间发病主要特点 | 第22-23页 |
| 1.5.2 SRBSDV的防治措施 | 第23-24页 |
| 1.5.2.1 加强政府宏观调控,加强对传毒介体的监测 | 第23页 |
| 1.5.2.2 化学防治、防虫治病 | 第23页 |
| 1.5.2.3 生物和物理防治结合 | 第23页 |
| 1.5.2.4 合理改变水稻栽培技术 | 第23页 |
| 1.5.2.5 培育和推广抗(耐)病品种 | 第23-24页 |
| 1.6 SRBSDV的分子生物学概述 | 第24-26页 |
| 1.6.1 SRBSDV的病原及其特征 | 第24页 |
| 1.6.2 SRBSDV的分类地位 | 第24页 |
| 1.6.3 SRBSDV的基因组结构及功能 | 第24-25页 |
| 1.6.4 SRBSDV抗性资源的筛选、鉴定及遗传分析 | 第25-26页 |
| 2 SRBSDV与水稻黑条矮缩病的区别 | 第26-28页 |
| 3 数量性状的定位方法 | 第28-31页 |
| 3.1 连锁分析 | 第28-29页 |
| 3.2 关联分析 | 第29-31页 |
| 3.2.1 关联分析的定义和特点 | 第29页 |
| 3.2.2 关联分析的理论基础——连锁不平衡 | 第29页 |
| 3.2.3 关联分析的影响因素 | 第29-30页 |
| 3.2.3.1 连锁不平衡程度 | 第29-30页 |
| 3.2.3.2 群体结构 | 第30页 |
| 3.2.4 关联分析的应用 | 第30-31页 |
| 3.2.4.1 功能基因的验证 | 第30页 |
| 3.2.4.2 功能标记的开发 | 第30-31页 |
| 3.2.4.3 数量性状的研究 | 第31页 |
| 4 BSA结合高通量测序方法在数量性状定位上的应用 | 第31-32页 |
| 5 植物的抗病机制 | 第32-34页 |
| 5.1 组成型防御机制 | 第32页 |
| 5.2 诱导型防御机制 | 第32-34页 |
| 5.2.1 基础型防御机制 | 第33页 |
| 5.2.2 R基因介导的防御机制 | 第33-34页 |
| 6 植物的抗病毒机制研究 | 第34-35页 |
| 7 本研究意义 | 第35-36页 |
| 第二章 广西地方稻种资源核心种质SRBSDV苗期抗性的全基因组关联分析 | 第36-55页 |
| 1 材料与方法 | 第36-40页 |
| 1.1 供试材料 | 第36页 |
| 1.2 接种鉴定方法 | 第36-38页 |
| 1.2.1 供试毒源及传毒介体 | 第36-37页 |
| 1.2.2 传毒介体及待测植株的带毒率检测 | 第37页 |
| 1.2.3 抗病性鉴定 | 第37-38页 |
| 1.2.4 发病率调查 | 第38页 |
| 1.3 表型数据统计与分析 | 第38页 |
| 1.4 基因型分析 | 第38-39页 |
| 1.4.1 建库及测序 | 第38-39页 |
| 1.4.2 数据信息分析 | 第39页 |
| 1.4.3 进化结构分析 | 第39页 |
| 1.4.3.1 水稻群体进化分析 | 第39页 |
| 1.4.3.2 群体结构分析 | 第39页 |
| 1.4.3.3 PCA分析 | 第39页 |
| 1.5 目标性状的全基因组关联分析 | 第39-40页 |
| 1.6 候选基因分析 | 第40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-50页 |
| 2.1 广西地方稻种资源核心种质的SRBSDV苗期抗性水平 | 第40-42页 |
| 2.2 SNP标记基因型分析 | 第42-45页 |
| 2.3 亲缘关系分析、进化树构建及主成分分析 | 第45页 |
| 2.4 群体结构分析 | 第45-46页 |
| 2.5 水稻SRBSDV苗期抗性的全基因组关联分析 | 第46-50页 |
| 2.5.1 籼稻群体中的GWAS分析 | 第46-48页 |
| 2.5.2 总体样本群体中的GWAS分析 | 第48-50页 |
| 2.6 关联SNPS位点的候选基因分析 | 第50页 |
| 3 讨论 | 第50-55页 |
| 3.1 水稻SRBSDV苗期抗性的GWAS分析 | 第50-52页 |
| 3.2 群体结构对GWAS分析的影响 | 第52-53页 |
| 3.3 候选基因分析 | 第53页 |
| 3.4 广西地方稻种资源核心种质的SRBSDV苗期抗性水平 | 第53-55页 |
| 第三章 水稻SRBSDV苗期抗性主效QTL的精细定位与候选基因分析 | 第55-86页 |
| 第一节 SRBSDV的抗性特征及其遗传分析 | 第56-60页 |
| 1.1 材料与方法 | 第56页 |
| 1.1.1 供试材料 | 第56页 |
| 1.1.2 白背飞虱抗性鉴定 | 第56页 |
| 1.1.2.1 排驱性测验 | 第56页 |
| 1.1.2.2 抗生性测验 | 第56页 |
| 1.1.3 接种鉴定方法(同第二章1.2接种鉴定方法) | 第56页 |
| 1.2 结果与分析 | 第56-60页 |
| 1.2.1 D4对传毒介体白背飞虱和SRBSDV的抗性表现 | 第56-58页 |
| 1.2.2 D4对水稻SRBSDV苗期抗性的遗传分析 | 第58-60页 |
| 第二节 利用QTL-SEQ技术定位水稻SRBSDV苗期抗性主效QTI | 第60-67页 |
| 2.1 材料与方法 | 第60-62页 |
| 2.1.1 供试材料 | 第60页 |
| 2.1.2 接种鉴定方法(同第二章1.2接种鉴定方法) | 第60页 |
| 2.1.3 DNA提取方法 | 第60-61页 |
| 2.1.4 QTL-SEQ分析 | 第61-62页 |
| 2.1.4.1 抗、感基因池构建 | 第61页 |
| 2.1.4.2 重测序分析 | 第61-62页 |
| 2.1.4.3 关联分析 | 第62页 |
| 2.2 结果与分析 | 第62-67页 |
| 2.2.1 重测序数据质量检测 | 第62-64页 |
| 2.2.1.1 重测序碱基组成与质量分析 | 第62-63页 |
| 2.2.1.2 重测序碱基分布 | 第63-64页 |
| 2.2.2 重测序数据统计 | 第64-65页 |
| 2.2.3 SNP-INDEX关联分析 | 第65-67页 |
| 第三节 水稻SRBSDV苗期抗性主效QTL QSRBSDV9的.验证与精细定位 | 第67-73页 |
| 3.1 材料与方法 | 第67-69页 |
| 3.1.1 供试材料 | 第67页 |
| 3.1.2 SRBSDV接种鉴定(同第二章12接种鉴定方法) | 第67页 |
| 3.1.3 INDEL标记的设计 | 第67-68页 |
| 3.1.4 实验方法 | 第68-69页 |
| 3.1.4.1 DNA提取方法(同第三章第二节21.3材料DNA提取方法) | 第68页 |
| 3.1.4.2 PCR体系及反应程序 | 第68页 |
| 3.1.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 | 第68-69页 |
| 3.1.4.4 聚丙烯酰胺凝胶染色及结果记录 | 第69页 |
| 3.1.5 QTL分析 | 第69页 |
| 3.1.6 QSRBSDV9的精细定位 | 第69页 |
| 3.2 结果与分析 | 第69-73页 |
| 3.2.1 南方水稻黑条矮缩病抗性位点QSRBSDV9的验证 | 第69-70页 |
| 3.2.2 QSRBSDV9的精细定位 | 第70-73页 |
| 第四节 D4的SRBSDV苗期抗性相关候选基因分析 | 第73-78页 |
| 4.1 材料与方法 | 第73-75页 |
| 4.1.1 基因注释 | 第73页 |
| 4.1.2 候选基因表达量的分析 | 第73-75页 |
| 4.1.2.1 供试材料 | 第73页 |
| 4.1.2.2 RNA提取 | 第73页 |
| 4.1.2.3 反转录 | 第73-74页 |
| 4.1.2.4 荧光定量PCR检测 | 第74-75页 |
| 4.1.2.5 定量PCR分析 | 第75页 |
| 4.2 结果与分析 | 第75-78页 |
| 4.2.1 基因注释结果 | 第75-77页 |
| 4.2.2 候选基因表达量分析 | 第77-78页 |
| 第五节 QSRBSD V9的连锁标记与辅助选择育种评价 | 第78-80页 |
| 5.1 材料与方法 | 第78页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第78页 |
| 5.1.2 SRBSDV抗性鉴定方法 | 第78页 |
| 5.1.3 分子标记的连锁分析 | 第78页 |
| 5.2 结果与分析 | 第78-80页 |
| 第六节 讨论 | 第80-86页 |
| 6.1 野生稻导入系D4的苗期SRBSDV抗性特征 | 第80-81页 |
| 6.2 水稻SRBSDV苗期抗性主效QTL QSRBSDV9的精细定位 | 第81页 |
| 6.3 水稻SRBSDV苗期抗性相关候选基因分析 | 第81-84页 |
| 6.4 基于高通量测序的QTL-SEQ定位的可行性及优势 | 第84-85页 |
| 6.5 QSRBSDV9位点及连锁分子标记的育种应用前景 | 第85-86页 |
| 第四章 全文总结 | 第86-89页 |
| 第一节 全文结论 | 第86-88页 |
| 1.1 从栽培稻资源中挖掘到了5个与水稻SRBSDV苗期抗性相关的QTL | 第86页 |
| 1.2 明确了野生稻导入系D4 SRBSDV抗性的抗性特征及遗传特性 | 第86页 |
| 1.3 利用基于高通量测序的QTL-SEQ技术快速定位了与SRBSDV苗期抗性相关的主效QTL | 第86页 |
| 1.4 利用INDEL标记对QSRBSDV9进行了验证与精细定位 | 第86-87页 |
| 1.5 鉴定出了2个参与水稻SRBSDV苗期抗性调控的最优候选基因 | 第87页 |
| 1.6 评价了水稻SRBSDV苗期抗性主效QTL QSRBSDV9及其连锁分子标记的育种应用价值 | 第87-88页 |
| 第二节 本研究创新性 | 第88-89页 |
| 2.1 首次完成了水稻SRBSDV抗性主效QTL的精细定位,并鉴定出了最优候选基因 | 第88页 |
| 2.2 利用GWAS分析方法,在栽培稻资源中挖掘到了5个与水稻苗期SRBSDV抗性相关的QTL | 第88页 |
| 2.3 对SRBSDV抗源材料D4进行抗性特征分析,明确了D4的SRBSDV抗性为抗病毒性而非抗虫性 | 第88页 |
| 2.4 获得了与水稻苗期SRBSDV抗性主效QTL QSRBSDV9紧密连锁的分子标记 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-107页 |
| 附录 | 第107-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 攻读学位期间科研及论文发表情况 | 第123-124页 |
