| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-24页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-18页 |
| 1.1.1 环肽纳米管及模拟生物通道蛋白 | 第9-11页 |
| 1.1.1.1 环肽纳米管简介 | 第9-10页 |
| 1.1.1.2 环肽纳米管模拟生物通道蛋白研究进展 | 第10-11页 |
| 1.1.2 生物体系中电场的形式以及 MD 模拟中施加电场的方法 | 第11-13页 |
| 1.1.2.1 生物体系中电场的形式及其作用 | 第11页 |
| 1.1.2.2 MD 模拟中施加电场的方法及其应用 | 第11-13页 |
| 1.1.3 电场对纳米通道内水分子运动行为的影响 | 第13-17页 |
| 1.1.3.1 电场下纳米通道内水分子数、水链偶极及水流量的改变 | 第13-16页 |
| 1.1.3.2 电场下纳米管内水分子的渗透与扩散 | 第16-17页 |
| 1.1.4 电场环境下的 MD 模拟研究中尚待解决的问题 | 第17-18页 |
| 1.2 课题的提出及研究内容和目标 | 第18-19页 |
| 参考文献 | 第19-24页 |
| 第二章 研究方法简介 | 第24-36页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第24页 |
| 2.2 分子动力学模拟的理论基础 | 第24-29页 |
| 2.2.1 MD 模拟基本原理 | 第24-26页 |
| 2.2.2 分子力场 | 第26-27页 |
| 2.2.3 周期性边界条件与最近镜像约定 | 第27-28页 |
| 2.2.4 MD 模拟的系综 | 第28-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟的步骤 | 第29-30页 |
| 2.4 NAMD 和 VMD 软件简介 | 第30-34页 |
| 参考文献 | 第34-36页 |
| 第三章 梯度电场对环八肽纳米管内水链的影响 | 第36-63页 |
| 3.1 引言 | 第36-37页 |
| 3.2 模型构建和研究方法 | 第37-41页 |
| 3.2.1 模型的构建 | 第37-39页 |
| 3.2.2 线性梯度电场（GE）的引入 | 第39-40页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟参数设置 | 第40-41页 |
| 3.3 结果讨论 | 第41-59页 |
| 3.3.1 梯度电场对环八肽纳米管内水分子填充状态的影响 | 第41-43页 |
| 3.3.2 梯度电场对水链偶极取向的影响 | 第43-46页 |
| 3.3.3 梯度电场对水分子轴向和径向分布的影响 | 第46-52页 |
| 3.3.3.1 管内水分子的轴向分布 | 第46-48页 |
| 3.3.3.2 管内水分子的径向分布 | 第48-52页 |
| 3.3.4 环八肽纳米管内水分子的移动性 | 第52-53页 |
| 3.3.5 环八肽纳米管内水分子的跳跃速率 | 第53-59页 |
| 3.4 本章小结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 第四章 匀强电场对环六肽纳米管内水链的影响 | 第63-76页 |
| 4.1 引言 | 第63-64页 |
| 4.2 模型构建和模拟细节 | 第64-65页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第65-74页 |
| 4.3.1 匀强电场对环六肽纳米管结构稳定性的影响 | 第65-67页 |
| 4.3.2 匀强电场对环六肽纳米管内水分子填充状态的影响 | 第67-72页 |
| 4.3.3 匀强电场对水分子进出管口及在管内跳跃速率的影响 | 第72-74页 |
| 4.4 本章结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-76页 |
| 全文结论 | 第76-78页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
