| 缩略词表 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 前言 | 第12-22页 |
| 1. 肝细胞肝癌研究进展 | 第12-15页 |
| 2. 定量蛋白质组学以及肝细胞癌转移的蛋白质组学研究进展 | 第15-18页 |
| 3. 膜蛋白以及膜蛋白质组学研究 | 第18-19页 |
| 4. 膜蛋白富集方法 | 第19-20页 |
| 5. 膜蛋白的溶解与消化方法 | 第20-21页 |
| 6. 膜蛋白的生物信息学分析 | 第21页 |
| 7. 本课题的研究内容与理论意义 | 第21-22页 |
| 第一章 膜蛋白质组学的方法建立与优化 | 第22-38页 |
| 引言 | 第22页 |
| 实验材料与仪器设备 | 第22-25页 |
| 1. 实验材料 | 第22-23页 |
| 2. 溶液配制 | 第23-24页 |
| 3. 仪器设备 | 第24-25页 |
| 实验方法 | 第25-30页 |
| 1. Hepa RG和MCF7细胞培养 | 第26页 |
| 2. 膜蛋白提取 | 第26-27页 |
| 3. 蛋白电泳 | 第27页 |
| 4. 基于分子标志物的膜蛋白纯度检测 | 第27-28页 |
| 5. 不同膜蛋白消化样品的制备 | 第28-29页 |
| 6. 膜蛋白质组学的质谱数据采集 | 第29-30页 |
| 7. 蛋白质鉴定质谱数据库搜索与质控 | 第30页 |
| 8. 膜蛋白的预测、分类以及“miss protein”的确定 | 第30页 |
| 实验结果 | 第30-37页 |
| 1. 膜蛋白的预测与分类 | 第30-31页 |
| 2. 不同离心力对膜蛋白富集纯度的影响 | 第31-32页 |
| 3. 不同提取方法对膜蛋白富集的影响 | 第32-33页 |
| 4. 不同酶切方法对膜蛋白质鉴定的影响 | 第33-35页 |
| 5. 优化膜蛋白富集与消化方法对miss protein的鉴定 | 第35-36页 |
| 6. 膜蛋白数据集的比较分析 | 第36-37页 |
| 讨论 | 第37页 |
| 结论 | 第37-38页 |
| 第二章 可诱导分化Hepa RG细胞的膜蛋白质组学研究 | 第38-63页 |
| 引言 | 第38-39页 |
| 实验材料与仪器设备 | 第39页 |
| 1. 实验材料 | 第39页 |
| 实验方法 | 第39-45页 |
| 1. Hepa RG细胞培养 | 第40页 |
| 2. Hepa RG膜蛋白提取 | 第40页 |
| 3. 2-D-quant方法测定蛋白浓度 | 第40-41页 |
| 4. 蛋白电泳 | 第41页 |
| 5. 基于western blot的膜蛋白纯度检测 | 第41页 |
| 6. 膜蛋白的溶解和消化 | 第41-42页 |
| 7. 酶切样品的i TRAQ标记 | 第42页 |
| 8. 酶切样品的混样和high-p H-RPLC分离 | 第42页 |
| 9. 膜蛋白质组学的质谱数据分析 | 第42-43页 |
| 10. 质谱数据的搜库和质控 | 第43页 |
| 11. 蛋白鉴定和定量分析 | 第43页 |
| 12. 差异蛋白中关键蛋白的q-RT-PCR分析 | 第43-44页 |
| 13. 差异蛋白中关键蛋白的western blot分析 | 第44-45页 |
| 14. MMP14在Hepa RG细胞迁移中的作用验证 | 第45页 |
| 15. MMP14与HCC转移能力相关性初步验证 | 第45页 |
| 结果 | 第45-60页 |
| 1. Hepa RG细胞培养与分化模型建立 | 第45-46页 |
| 2. 蛋白样品的SDS-PAGE和western blot检测 | 第46-47页 |
| 3. 膜蛋白酶切i TRAQ标记 | 第47-48页 |
| 4. i TRAQ标记样品的high-p H-RPLC分离 | 第48-49页 |
| 5. 质谱数据的数据库搜索 | 第49-50页 |
| 6. 对鉴定蛋白和定量蛋白的进一步分析 | 第50-54页 |
| 7. 差异蛋白的IPA分析 | 第54-56页 |
| 8. 差异蛋白的谱图、基因与Western blot验证 | 第56-60页 |
| 讨论 | 第60-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 第三章 基于膜蛋白质组学的多组学整合策略对不同转移能力的肝癌细胞系的研究 | 第63-82页 |
| 引言 | 第63-64页 |
| 实验材料与仪器设备 | 第64页 |
| 实验材料 | 第64页 |
| 实验方法 | 第64-67页 |
| 1. 细胞培养 | 第65页 |
| 2. 细胞RNA提取与转录组测序 | 第65页 |
| 3. 膜蛋白的提取和纯化 | 第65-66页 |
| 4. 蛋白质组学样品制备 | 第66页 |
| 5. 膜蛋白质组学的质谱数据分析 | 第66页 |
| 6. 转录组差异基因的GO分析 | 第66-67页 |
| 7. GO富集差异转录组基因的IPA分析 | 第67页 |
| 8. 转录组差异基因与膜蛋白组差异蛋白的整合IPA分析 | 第67页 |
| 9. 转录组差异基因与膜蛋白组差异蛋白的TCGA分析 | 第67页 |
| 结果 | 第67-78页 |
| 1. MHCC97L和HCCLM6膜蛋白质组学样品制备 | 第67-68页 |
| 2. 膜蛋白质谱数据分析 | 第68页 |
| 3. 无标定量组学分析 | 第68-69页 |
| 4. 差异膜蛋白的筛选 | 第69-71页 |
| 5. MHCC97L和HCCLM6转录组差异表达基因的筛选和GO分析 | 第71-72页 |
| 6. MHCC97L和HCCLM6的转录组差异基因GO富集基因的IPA分析 | 第72-74页 |
| 7. 膜蛋白质组学数据与转录组测序重叠差异蛋白分析 | 第74-78页 |
| 讨论 | 第78-80页 |
| 结论 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-99页 |
| 附件1 膜蛋白优化鉴定miss protein谱图 | 第99-101页 |
| 附件2 Hepa RG分化前后差异膜蛋白 | 第101-107页 |
| 附件3 Hepa RG分化前后差异表达膜蛋白中与转移、粘附和癌症相关蛋白 | 第107-110页 |
| 附件4 Hepa RG分化前后差异蛋白中与Extracellular matrix (ECM)相关蛋白 | 第110-113页 |
| 附件5 HCCLM6与MHCC97L差异表达膜蛋白列表 | 第113-118页 |
| 个人简介 | 第118-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
