| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词 | 第13-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一篇 文献综述 | 第15-33页 |
| 第一章 我国奶牛饲养现状 | 第15-17页 |
| 第二章 奶牛胃肠道微生物研究概况 | 第17-25页 |
| 1 奶牛胃肠道常见微生物 | 第17-20页 |
| 1.1 细菌 | 第17-18页 |
| 1.2 古细菌 | 第18页 |
| 1.3 真菌 | 第18-19页 |
| 1.4 胃肠道微生物互作 | 第19-20页 |
| 2 奶牛胃肠道微生物多样性 | 第20-22页 |
| 2.1 奶牛胃内微生物的多样性 | 第20-21页 |
| 2.2 奶牛肠道内微生物的多样性 | 第21-22页 |
| 3 奶牛胃肠道微生物的研究手段 | 第22-25页 |
| 第三章 本文研究目的及内容 | 第25-27页 |
| 1 本文研究目的及意义 | 第25页 |
| 2 本文研究内容及技术路线 | 第25-27页 |
| 参考文献 | 第27-33页 |
| 第二篇 试验研究 | 第33-105页 |
| 第一章 荷斯坦奶牛胃肠道内容物细菌菌群组成与功能的研究 | 第33-55页 |
| 1 材料与方法 | 第34-37页 |
| 1.1 试验动物及饲养管理 | 第34页 |
| 1.2 试验设计及试验日粮 | 第34-35页 |
| 1.3 样品采集及分析 | 第35页 |
| 1.4 基于细菌16S rRNA序列的MiSeq高通量测序 | 第35-37页 |
| 1.4.1 DNA的提取 | 第35页 |
| 1.4.2 基于16S rRNA序列V3-V4区的MiSeq测序 | 第35-36页 |
| 1.4.3 优化序列处理 | 第36-37页 |
| 1.5 基于16sRNA进行分子功能预测 | 第37页 |
| 1.6 数据统计分析 | 第37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-48页 |
| 2.1 内容物中VFA浓度和pH值的测定 | 第37-38页 |
| 2.2 测序数据分析 | 第38-39页 |
| 2.3 内容物细菌菌群的多样性 | 第39-40页 |
| 2.4 内容物细菌菌群的组成及结构(门水平) | 第40-43页 |
| 2.5 内容物细菌菌群的组成及结构(属水平) | 第43-45页 |
| 2.6 内容物细菌菌群分子功能的预测 | 第45-48页 |
| 3 讨论 | 第48-49页 |
| 4 本章小结 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 第二章 荷斯坦奶牛胃肠道黏膜细菌菌群组成与功能的研究 | 第55-73页 |
| 1 材料与方法 | 第55-56页 |
| 1.1 试验动物及饲养管理 | 第56页 |
| 1.2 试验设计及试验日粮 | 第56页 |
| 1.3 样品采集及测序分析 | 第56页 |
| 1.4 基于16sRNA进行分子功能预测 | 第56页 |
| 1.5 数据统计分析 | 第56页 |
| 2 结果与分析 | 第56-68页 |
| 2.1 测序数据分析 | 第56-57页 |
| 2.2 黏膜细菌菌群的多样性 | 第57-58页 |
| 2.3 黏膜细菌菌群的组成及结构(门水平) | 第58-59页 |
| 2.4 黏膜细菌菌群的组成及结构(属水平) | 第59-63页 |
| 2.5 黏膜细菌菌群分子功能的预测 | 第63-68页 |
| 3 讨论 | 第68-69页 |
| 4 本章小结 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-73页 |
| 第三章 荷斯坦奶牛胃肠道内容物和黏膜细菌菌群组成与功能的比较 | 第73-89页 |
| 1 材料与方法 | 第74页 |
| 1.1 试验动物及饲养管理 | 第74页 |
| 1.2 试验设计及试验日粮 | 第74页 |
| 1.3 样品采集及测序分析 | 第74页 |
| 1.4 实时荧光定量PCR检测总菌数量 | 第74页 |
| 1.5 数据统计分析 | 第74页 |
| 2 结果与分析 | 第74-84页 |
| 2.1 细菌菌群多样性的比较 | 第74-77页 |
| 2.2 细菌菌群组成结构的比较(门水平) | 第77页 |
| 2.3 细菌菌群组成结构的比较(属水平) | 第77-80页 |
| 2.4 细菌菌群组成结构的比较(OTU水平) | 第80-81页 |
| 2.5 总菌数量的比较 | 第81页 |
| 2.6 细菌菌群分子功能的比较 | 第81-84页 |
| 3 讨论 | 第84-85页 |
| 4 本章小结 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-89页 |
| 第四章 荷斯坦奶牛瘤胃、空肠及结肠内化合物组成的研究 | 第89-105页 |
| 1 材料与方法 | 第89-90页 |
| 1.1 试验动物及饲养管理 | 第89页 |
| 1.2 试验设计及试验日粮 | 第89-90页 |
| 1.3 样品采集及预处理 | 第90页 |
| 1.4 GC-MS代谢组学分析 | 第90页 |
| 1.5 数据统计分析 | 第90页 |
| 2 结果与分析 | 第90-100页 |
| 2.1 瘤胃、空肠和结肠内pH值 | 第90-91页 |
| 2.2 瘤胃、空肠和结肠内化合物 | 第91-100页 |
| 2.2.1 瘤胃、空肠和结肠内化合物的鉴定 | 第91-96页 |
| 2.2.2 瘤胃、空肠和结肠内的共同化合物 | 第96-100页 |
| 3 讨论 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-105页 |
| 全文结论 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
| 攻读硕士期间发表论文 | 第109页 |
