| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第12-15页 |
| 1.1.1 课题来源 | 第12页 |
| 1.1.2 课题研究背景 | 第12-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-21页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟相关算法 | 第15-18页 |
| 1.2.2 GROMACS软件现状 | 第18-21页 |
| 1.3 课题研究内容和创新点 | 第21-22页 |
| 1.4 论文结构 | 第22-24页 |
| 第二章 offload模式下单MIC卡的GROMACS软件设计和实现 | 第24-40页 |
| 2.1 软件分析 | 第24-27页 |
| 2.1.1 热点分析 | 第24-25页 |
| 2.1.2 难点分析 | 第25-27页 |
| 2.2 设计与实现 | 第27-35页 |
| 2.2.1 数据传输 | 第28-29页 |
| 2.2.2 写冲突 | 第29-30页 |
| 2.2.3 通信整合 | 第30-31页 |
| 2.2.4 额外开销 | 第31-35页 |
| 2.3 性能评估 | 第35-39页 |
| 2.3.1 实验平台与数据 | 第35-36页 |
| 2.3.2 通信整合的加速效果 | 第36-37页 |
| 2.3.3 解决写冲突的加速效果 | 第37-38页 |
| 2.3.4 新算法性能 | 第38-39页 |
| 2.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 基于CPU-MIC异构平台协同计算的软件设计实现 | 第40-56页 |
| 3.1 算法分析 | 第40-43页 |
| 3.1.1 难点分析 | 第40-43页 |
| 3.2 算法实现 | 第43-48页 |
| 3.2.1 数据流调整 | 第43-44页 |
| 3.2.2 通信优化与数据复用 | 第44-45页 |
| 3.2.3 CPU/MIC协同计算 | 第45-47页 |
| 3.2.4 任务负载 | 第47-48页 |
| 3.3 性能分析 | 第48-55页 |
| 3.3.1 数据流加速效果 | 第48-51页 |
| 3.3.2 多计算单元加速 | 第51-53页 |
| 3.3.3 负载均衡与计算效率 | 第53-54页 |
| 3.3.4 整体效率提升 | 第54-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第四章 跨节点软件设计 | 第56-63页 |
| 4.1 算法和难点分析 | 第56-57页 |
| 4.2 算法设计与实现 | 第57-59页 |
| 4.3 实验结果及性能分析 | 第59-62页 |
| 4.3.1 跨节点加速性能测试 | 第60页 |
| 4.3.2 跨节点计算部分权重测试 | 第60-62页 |
| 4.4 本章小结 | 第62-63页 |
| 第五章 结束语 | 第63-66页 |
| 5.1 工作总结 | 第63-64页 |
| 5.2 研究展望 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-72页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第72页 |