| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-27页 |
| 1.1 棉花功能基因组研究进展 | 第10-16页 |
| 1.1.1 棉花基因功能注释现状 | 第10-12页 |
| 1.1.2 棉花组学数据积累与研究进展 | 第12-16页 |
| 1.2 利用基因网络模块化挖掘基因功能 | 第16-25页 |
| 1.2.1 基因调控网络类型和主要作用 | 第16-18页 |
| 1.2.2 基于网络分析基因功能的研究方法 | 第18-21页 |
| 1.2.3 表观基因组与基因调控研究 | 第21-22页 |
| 1.2.4 功能基因集分析方法 | 第22-23页 |
| 1.2.5 顺式调控元件分析 | 第23页 |
| 1.2.6 多组学数据整合比较基因组学在植物中的应用 | 第23-25页 |
| 1.3 本研究的目的和主要手段 | 第25-27页 |
| 第二章 棉花共表达网络构建与模块化注释功能基因 | 第27-53页 |
| 2.1 研究背景 | 第27页 |
| 2.2 数据收集与处理 | 第27-31页 |
| 2.3 共表达网络构建与分析 | 第31-41页 |
| 2.3.1 全局共表达网络构建 | 第31-32页 |
| 2.3.2 网络可信度评估 | 第32-35页 |
| 2.3.3 基因表达谱动态展示 | 第35-39页 |
| 2.3.4 组织特异性网络和胁迫处理网络比较分析 | 第39-41页 |
| 2.4 功能基因模块化分析工具 | 第41-43页 |
| 2.5 共表达网络结合表达谱分析功能模块 | 第43-48页 |
| 2.6 功能模块预测 | 第48-51页 |
| 2.6.1 共表达网络功能模块 | 第48-50页 |
| 2.6.2 miRNA靶基因功能模块 | 第50-51页 |
| 2.7 讨论与展望 | 第51-53页 |
| 第三章 二倍体和多倍体棉花模块化比较分析体系构建 | 第53-90页 |
| 3.1 研究背景 | 第53-54页 |
| 3.2 数据获取与处理 | 第54-55页 |
| 3.3 物种间网络比较分析基因功能 | 第55-65页 |
| 3.3.1 直系同源基因对和同源基因簇 | 第56页 |
| 3.3.2 直系同源基因网络比较 | 第56-62页 |
| 3.3.3 同源基因簇网络比较 | 第62-65页 |
| 3.4 组蛋白修饰分析完善功能注释 | 第65-77页 |
| 3.4.1 亚洲棉和陆地棉H3K4me3全基因组分布情况 | 第65-68页 |
| 3.4.2 基因表达与H3K4me3修饰相关性 | 第68-71页 |
| 3.4.3 预测棉花新转录本 | 第71-77页 |
| 3.5 模块化比较分析物种间蛋白差异修饰和转录变化 | 第77-78页 |
| 3.6 模块化比较分析组织间蛋白差异修饰和转录变化 | 第78-82页 |
| 3.7 棉花基因功能模块化比较分析平台构建 | 第82-87页 |
| 3.8 讨论与展望 | 第87-90页 |
| 第四章 结论与展望 | 第90-92页 |
| 4.1 结论 | 第90-91页 |
| 4.2 展望 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-107页 |
| 附录 | 第107-166页 |
| 致谢 | 第166-167页 |
| 个人简历 | 第167-168页 |
