| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第23-25页 |
| CHAPTER I | 第25-65页 |
| 1.1 INTRODUCTION | 第25-32页 |
| 1.1.1 Mitochondrial DNA (mtDNA) analysis and maternal origin | 第27-28页 |
| 1.1.2 Y-chromosome analyses and paternal origin | 第28-29页 |
| 1.1.3 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) variation in whole genome using IlluminaOvine SNP50 Beadchip | 第29-32页 |
| 1.2 RESEARCH OBJECTIVES | 第32-33页 |
| 1.2.1 GOAL OF THE PROJECT | 第32页 |
| 1.2.2 SPECIFIC PURPOSE OF THE PROJECT | 第32-33页 |
| Chapter I Part I DOMESTICATION OF SHEEP – MINI REVIEW | 第33-47页 |
| Chapter I Part II BIODIVERSITY OF SHEEP IN NEPAL – REVIEW | 第47-65页 |
| CHAPTER II MATERIALS AND METHODS | 第65-80页 |
| 2.1 Population sampling | 第65-67页 |
| 2.2 Materials | 第67-69页 |
| 2.2.1 Equipment and Consumables | 第67-68页 |
| 2.2.2 Chemicals | 第68页 |
| 2.2.3 Enzymes | 第68页 |
| 2.2.4 PCR Cloning Kit | 第68-69页 |
| 2.3 Methodology | 第69-73页 |
| 2.3.2 Isolation and extraction of genomic DNA | 第69-70页 |
| 2.3.3 DNA Concentration and Quality Determination | 第70-71页 |
| 2.3.5 Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification | 第71-72页 |
| 2.3.6 PCR quality determination | 第72页 |
| 2.3.7 Cloning procedure | 第72-73页 |
| 2.4 Statistical Analysis | 第73-80页 |
| 2.4.1 mt DNA and Y-chromosome polymorphism analyses | 第73-76页 |
| 2.4.1.1 Neighbor joining (NJ) tree | 第73页 |
| 2.4.1.2 Median joining (MJ) network | 第73-74页 |
| 2.4.1.3 Nucleotide diversity (π) | 第74-75页 |
| 2.4.1.4 Haplotype diversity (Hd) | 第75页 |
| 2.4.1.5 FST values | 第75-76页 |
| 2.4.2 Nuclear polymorphism analyses | 第76-80页 |
| 2.4.2.1 Genetic diversity | 第76-77页 |
| 2.4.2.2 Genetic relationship between populations | 第77-80页 |
| Construction of phylogeny | 第77页 |
| Principal component analysis (PCA) | 第77-78页 |
| Standardized variance in allele frequencies among populations (FST) | 第78-79页 |
| Population structure | 第79-80页 |
| CHAPTER III Mitochondrial DNA analysis of Nepalese indigenous sheep (Ovis aries) breeds revealed theirmaternal origins: Nepal as a bridge between Southward flow for Lineage C | 第80-99页 |
| ABSTRACT | 第81-82页 |
| 3.1 INTRODUCTION | 第82-83页 |
| 3.2 MATERIALS AND METHODS | 第83-87页 |
| 3.2.1 Population sampling | 第83-84页 |
| 3.2.2 DNA amplification and sequencing | 第84-85页 |
| 3.2.3 Analysis of sequence data | 第85-87页 |
| 3.3 RESULTS AND DISCUSSION | 第87-97页 |
| 3.3.1 mt DNA sequence variation | 第87-88页 |
| 3.3.2 Population structure | 第88-90页 |
| 3.3.3 Haplogroup identification and phylogenetic analysis | 第90-95页 |
| 3.3.4 Genetic diversity | 第95-97页 |
| 3.4 CONCLUSION | 第97-98页 |
| Acknowledgement | 第98-99页 |
| CHAPTER IV High occurrence of mitochondrial heteroplasmy in Nepalese indigenous sheep (Ovis aries) compared to Chinese sheep | 第99-113页 |
| ABSTRACT | 第100-101页 |
| 4.1 INTRODUCTION | 第101-102页 |
| 4.2 MATERIAL AND METHODS | 第102-105页 |
| 4.2.1 DNA extraction, amplification and direct sequencing of control region of mitochondrialgenome | 第102-103页 |
| 4.2.2 Electrophoresis of PCR Products | 第103-104页 |
| 4.2.3 Cloning and sequencing | 第104页 |
| 4.2.4 Data analysis | 第104-105页 |
| 4.3 RESULTS | 第105-108页 |
| 4.3.1 Mitochondrial DNA (mt DNA) sequence variation | 第105-106页 |
| 4.3.2 Length polymorphism and heteroplasmy | 第106-108页 |
| 4.4 DISCUSSION | 第108-111页 |
| 4.4.1 Length polymorphism and heteroplasmy | 第108-110页 |
| 4.4.2 Population genetics of heteroplasmy and mt DNA sizes | 第110-111页 |
| 4.5 CONCLUSION | 第111-112页 |
| Acknowledgements | 第112-113页 |
| CHAPTER V Y-chromosomal diversity on indigenous sheep (Ovis aries) breeds in Nepal: comparison withdomestic and wild sheep | 第113-130页 |
| ABSTRACT | 第114-115页 |
| 5.1 INTRODUCTION | 第115-118页 |
| 5.2 MATERIALS AND METHODS | 第118-121页 |
| 5.2.1 Samples, material analysed and DNA extraction | 第118-119页 |
| 5.2.2 Re-sequencing the SRY region | 第119-120页 |
| 5.2.3 Data analyses | 第120-121页 |
| 5.3 RESULTS | 第121-128页 |
| 5.3.1 Sequence architecture of microsatellite SRYM18 | 第121-123页 |
| 5.3.2 Sequence variation of 5’ promoter region of Y chromosome in Nepalese domestic sheep | 第123-125页 |
| 5.3.3 Sequence variation of 5’ promoter region of Y chromosome in wild sheep, Argali | 第125-128页 |
| 5.4 DISCUSSION | 第128-129页 |
| 5.5 CONCLUSION | 第129-130页 |
| CHAPTER VI Genomic diversity of Nepalese indigenous sheep: Population variation revealed localadaptation in high-altitude sheep | 第130-154页 |
| ABSTRACT | 第131-132页 |
| 6.1 INTRODUCTION | 第132-134页 |
| 6.2 Materials and Methods | 第134-137页 |
| 6.2.1 Samples | 第134-135页 |
| 6.2.2 Genotyping and data quality control | 第135-136页 |
| 6.2.3 Genetic structure and variation | 第136页 |
| 6.2.4 Detection of selective signals in high-altitude sheep (Genetic basis of differentiation) | 第136-137页 |
| 6.2.5 Verification of SNP variations in the sheep populations with respect to the de novohigh-altitude adaptation genes | 第137页 |
| 6.3 RESULTS AND DISCUSSION | 第137-154页 |
| 6.3.1 Construction of an ovine SNP array and data filtering | 第137-138页 |
| 6.3.2 Population genetic analyses | 第138-146页 |
| 6.3.3 Signature of selection associated with high altitude | 第146-149页 |
| 6.3.4 Putative candidate genes for high-altitude adaptation | 第149-151页 |
| 6.3.5 Genotyping for SNP variation in XXX-7 gene among the lowland and highland breeds | 第151-154页 |
| CHAPTER VII GENERAL DISCUSSION | 第154-161页 |
| 7.1 INTRODUCTION | 第154页 |
| 7.2 Major findings in current research | 第154-158页 |
| 7.2.1 Genetic diversity of the Nepalese sheep | 第154-156页 |
| 7.2.2 Genetic basis for the origin of the Nepalese indigenous sheep | 第156页 |
| 7.2.3 Genetic relationship of the Nepalese indigenous sheep | 第156-157页 |
| 7.2.4 Genetic basis for the unique high-altitude adaptation characteristics of Nepalese sheep .. | 第157-158页 |
| 7.3 Future directions/ Prospects | 第158-161页 |
| CHAPTER VIII CONCLUSION | 第161-164页 |
| APPENDIX | 第164-174页 |
| REFERENCES | 第174-198页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第198-202页 |
| CURRICULUM VITAE | 第202-205页 |
