| 中文摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 插图及附表清单 | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-30页 |
| 1.1 分子力场概述 | 第13-19页 |
| 1.2 G-DNA分子概述 | 第19-22页 |
| 1.3 膜蛋白分子概述 | 第22-27页 |
| 1.4 抽样问题 | 第27-30页 |
| 第二章 极化效应对稳定G-DNA结构的重要作用 | 第30-44页 |
| 2.1 引言 | 第30-32页 |
| 2.2 方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 分解DNA分子 | 第32-33页 |
| 2.2.2 拟合PNC电荷 | 第33-35页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟 | 第35页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第35-43页 |
| 2.3.1 DNA骨架稳定性讨论 | 第35页 |
| 2.3.2 DNA离子稳定性讨论 | 第35-40页 |
| 2.3.3 错配氢键几何构型讨论 | 第40-43页 |
| 2.4 小结 | 第43-44页 |
| 第三章 多药及毒性化合物外排转运蛋白NorM的动力学行为 | 第44-58页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 方法 | 第45-46页 |
| 3.2.1 建模 | 第45-46页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第46页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第46-57页 |
| 3.3.1 V-shape门厅的坍塌 | 第46-47页 |
| 3.3.2 Cs~+结合的NorM_VC | 第47-49页 |
| 3.3.3 双钠结合位点 | 第49-51页 |
| 3.3.4 双钠与单钠结合构象变化的比较 | 第51-55页 |
| 3.3.5 D371N/D371A突变模拟中的钠离子结合 | 第55-57页 |
| 3.4 小结 | 第57-58页 |
| 第四章 RibU载体蛋白的门控机理 | 第58-71页 |
| 4.1 引言 | 第58-60页 |
| 4.2 方法 | 第60-61页 |
| 4.2.1 建模 | 第60页 |
| 4.2.2 分子模拟 | 第60-61页 |
| 4.2.3 MM-PB分析 | 第61页 |
| 4.2.4 拉伸动力学模拟 | 第61页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第61-70页 |
| 4.3.1 L5’的构象变化 | 第62-63页 |
| 4.3.2 L5’在维生素B2结合过程中的门控机理 | 第63-66页 |
| 4.3.3 疏水作用力主导维生素B2的结合过程 | 第66-67页 |
| 4.3.4 L1的作用是稳定维生素B2 | 第67页 |
| 4.3.5 拉伸动力学研究维生素B2转运机理 | 第67-70页 |
| 4.4 小结 | 第70-71页 |
| 第五章 关于链酶亲和素Loop3/4的动力学研究 | 第71-88页 |
| 5.1 引言 | 第71-72页 |
| 5.2 方法 | 第72-74页 |
| 5.2.1 建模 | 第72页 |
| 5.2.2 动力学模拟 | 第72-74页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第74-87页 |
| 5.3.1 aMD方法捕捉到open-to-close的构象转变过程 | 第74-77页 |
| 5.3.2 闭态未结合生物素的单体模拟 | 第77-80页 |
| 5.3.3 闭态结合生物素的单体模拟 | 第80-83页 |
| 5.3.4 生物素结合与loop3/4关闭是相辅相成的 | 第83-85页 |
| 5.3.5 每个单体loop3/4的关闭过程是相互独立的 | 第85-87页 |
| 5.4 小结 | 第87-88页 |
| 第六章 总结与展望 | 第88-90页 |
| 6.1 本论文的意义和创新之处 | 第88页 |
| 6.2 未来与展望 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-112页 |
| 致谢 | 第112-114页 |
| 作者简历及科研成果 | 第114页 |
