| 符号说明 | 第4-7页 |
| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 1 引言 | 第10-19页 |
| 1.1 芒属植物 | 第10-11页 |
| 1.2 芒属植物的利用 | 第11-12页 |
| 1.2.1 芒属植物的开发优势 | 第11-12页 |
| 1.2.2 育种局限 | 第12页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第12-15页 |
| 1.3.1 第二代测序技术 | 第12-13页 |
| 1.3.2 高通量测序技术的应用 | 第13-15页 |
| 1.4 基因组学研究 | 第15-18页 |
| 1.4.1 遗传作图 | 第15-17页 |
| 1.4.2 比较基因组学研究 | 第17-18页 |
| 1.5 本研究的立题依据与目的意义 | 第18-19页 |
| 2 试验材料与方法 | 第19-31页 |
| 2.1 试验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第19页 |
| 2.1.2 主要酶与生化试剂 | 第19-20页 |
| 2.1.2.1 DNA提取，RNA水解酶处理，限制性核算内切酶酶切 | 第19页 |
| 2.1.2.2 P1 Adapter连接，纯化和DNA打断 | 第19页 |
| 2.1.2.3 片段选择 | 第19页 |
| 2.1.2.4 末端修复和 3’端加A | 第19-20页 |
| 2.1.2.5 连接P2接头和RAD标签扩增 | 第20页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第20页 |
| 2.1.4 生物信息学分析软件 | 第20页 |
| 2.2 试验方法 | 第20-31页 |
| 2.2.1 试验材料制备 | 第20页 |
| 2.2.2 总DNA的提取 | 第20-21页 |
| 2.2.3 DNA定量 | 第21页 |
| 2.2.4 RAD测序文库的制备 | 第21-26页 |
| 2.2.4.1 RNase A处理基因组DNA及限制性核酸内切酶酶切 | 第23页 |
| 2.2.4.2 P1接头连接 | 第23-24页 |
| 2.2.4.3 DNA打断 | 第24页 |
| 2.2.4.4 琼脂糖凝胶电泳进行片段选择和末端修复 | 第24-25页 |
| 2.2.4.5 3’端加A，连接P2 Adapter | 第25页 |
| 2.2.4.6 RAD文库PCR扩增 | 第25-26页 |
| 2.2.5 RAD文库测序 | 第26页 |
| 2.2.6 SNP的挖掘及基因分型 | 第26-30页 |
| 2.2.6.1 stacks分离以及RAD位点识别 | 第26-27页 |
| 2.2.6.2 鉴定等位基因（alleles）及单体型 | 第27页 |
| 2.2.6.3 汇总 RAD 位点并组成目录 | 第27页 |
| 2.2.6.4 SNP 分型 | 第27-30页 |
| 2.2.7 遗传图谱构建方法 | 第30页 |
| 2.2.8 比较基因组学分析方法 | 第30-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-45页 |
| 3.1 Solexa测序数据质量控制 | 第31-38页 |
| 3.1.1 序列位点质量检测 | 第31-32页 |
| 3.1.2 每条reads的质量的均值的分布 | 第32-33页 |
| 3.1.3 对reads的每一个位置计算ATGC碱基的分布情况。 | 第33-35页 |
| 3.1.4 GC含量检测 | 第35-36页 |
| 3.1.5 reads的平均GC含量分布 | 第36页 |
| 3.1.6 Solexa测序数据初步筛选与统计分析 | 第36-37页 |
| 3.1.7 STACKS统计结果分析 | 第37-38页 |
| 3.2 遗传图谱的构建 | 第38-40页 |
| 3.3 比较基因组学分析 | 第40-45页 |
| 4 讨论 | 第45-46页 |
| 5 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-54页 |
| 附录 | 第54-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第74页 |
