| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-25页 |
| 1.1 细菌变异 | 第9-12页 |
| 1.1.1 细菌的进化 | 第9-10页 |
| 1.1.2 病原菌与宿主的适应 | 第10-12页 |
| 1.1.3 生物学途径筛选菌株 | 第12页 |
| 1.2 传代工作 | 第12-15页 |
| 1.2.1 病毒的传代工作 | 第13-14页 |
| 1.2.2 细菌的传代工作 | 第14-15页 |
| 1.3 猪链球菌流行病学调查概况 | 第15-17页 |
| 1.3.1 国外猪链球菌流行情况 | 第15-16页 |
| 1.3.2 国内猪链球菌流行情况 | 第16-17页 |
| 1.4 猪链球菌毒力因子 | 第17-21页 |
| 1.5 微生物基因组学 | 第21-25页 |
| 1.5.1 基因组学研究的发展 | 第21-23页 |
| 1.5.2 全基因组测序在猪链球菌中的应用 | 第23-25页 |
| 第二章 9型猪链球菌在小鼠体内的适应 | 第25-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第25页 |
| 2.1.2 实验动物 | 第25页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第25-26页 |
| 2.1.4 主要设备 | 第26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-31页 |
| 2.2.1 9型猪链球菌菌株SS9-p0复苏与鉴定 | 第26页 |
| 2.2.2 9型猪链球菌菌株SS9-p0对小鼠的毒力评价 | 第26-27页 |
| 2.2.3 9型猪链球菌在小鼠体内的适应 | 第27-28页 |
| 2.2.4 猪链球菌毒力因子的引物设计、合成与PCR扩增、测序 | 第28-30页 |
| 2.2.5 SS9-P55体外传代稳定性实验 | 第30-31页 |
| 2.3 结果 | 第31-36页 |
| 2.3.1 SS9-p0的鉴定及对小鼠的致病力 | 第31-33页 |
| 2.3.2 SS9在小鼠体内传代结果 | 第33-35页 |
| 2.3.3 SS9-p55毒力因子测序分析 | 第35-36页 |
| 2.3.4 SS9-p55变异菌株稳定性实验结果 | 第36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-38页 |
| 2.5 小结 | 第38-41页 |
| 第三章 9型猪链球菌原始菌株SS9-p0的全基因测序 | 第41-57页 |
| 3.1 实验材料 | 第41-42页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第41页 |
| 3.1.2 实验主要试剂 | 第41页 |
| 3.1.3 主要操作平台及常用软件和数据库 | 第41-42页 |
| 3.2 实验方法 | 第42-43页 |
| 3.2.1 菌株的准备 | 第42页 |
| 3.2.2 样品DNA提取及鉴定 | 第42-43页 |
| 3.2.3 SS9-p0全基因组de nove测序 | 第43页 |
| 3.2.4 细菌全基因组测序原始数据的获得和分析简介 | 第43页 |
| 3.3 实验结果 | 第43-55页 |
| 3.3.1 数据质量分析结果 | 第43页 |
| 3.3.2 猪链球菌全基因组序列基本信息及精细图的绘制 | 第43-46页 |
| 3.3.3 全基因组蛋白质编码预测 | 第46-49页 |
| 3.3.4 致病菌毒力因子(VFDB)分析 | 第49-50页 |
| 3.3.5 猪链球菌的核心基因、非核心基因及泛基因组分析 | 第50-55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-56页 |
| 3.5 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 小鼠适应株SS9-p55的基因组重测序 | 第57-69页 |
| 4.1 实验材料 | 第57页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第57页 |
| 4.1.2 实验主要试剂 | 第57页 |
| 4.1.3 主要操作平台及常用软件 | 第57页 |
| 4.2 实验方法 | 第57-59页 |
| 4.2.1 细菌材料的准备 | 第57-58页 |
| 4.2.2 样品DNA提取及检测 | 第58页 |
| 4.2.3 基因组重测序实验流程 | 第58页 |
| 4.2.4 SS9-p55基因组重测序原始数据的获得和分析 | 第58-59页 |
| 4.3 实验结果 | 第59-65页 |
| 4.3.1 SS9-p55样品DNA检测结果 | 第59页 |
| 4.3.2 数据统计结果 | 第59-65页 |
| 4.4 讨论 | 第65-66页 |
| 4.5 小结 | 第66-69页 |
| 参考文献 | 第69-83页 |
| 附录1 | 第83-101页 |
| 符号说明 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 作者简历 | 第105页 |
