| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-13页 |
| ·生物信息学 | 第10页 |
| ·基因芯片数据 | 第10-11页 |
| ·R语言简介 | 第11页 |
| ·本文工作 | 第11-13页 |
| 第2章 基因表达谱数据研究 | 第13-20页 |
| ·生物信息学的定义及意义 | 第13页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第13-15页 |
| ·基因表达数据的处理 | 第15-18页 |
| ·基因芯片与DNA微阵列 | 第16页 |
| ·基因表达谱 | 第16-17页 |
| ·微阵列技术的应用和研究方向 | 第17-18页 |
| ·生物信息学数据库 | 第18-19页 |
| ·讨论 | 第19-20页 |
| 第3章 R语言与Bioconductor生物信息学软件集 | 第20-28页 |
| ·R语言 | 第20-21页 |
| ·R语言的基本原理与核心 | 第21页 |
| ·Bioconductor生物信息学软件集 | 第21-24页 |
| ·Bioconductor的开发背景 | 第22-23页 |
| ·Bioconductor的各种包 | 第23页 |
| ·Bioconductor的安装 | 第23-24页 |
| ·Bioconductor的应用 | 第24-26页 |
| ·Bioconductor实验数据的读取 | 第24页 |
| ·Bioconductor的数据的可视化分析 | 第24-25页 |
| ·Bioconductor的数据处理和基因表达数据的计算 | 第25页 |
| ·Bioconductor对基因表达数据的分析 | 第25-26页 |
| ·Bioconductor的差异表达基因的注释 | 第26页 |
| ·小结 | 第26-28页 |
| 第4章 R语言在差异表达基因检测中的应用 | 第28-45页 |
| ·引言 | 第28页 |
| ·差异表达基因检测的预处理和分析 | 第28-31页 |
| ·基因芯片缺失值的填充 | 第29-30页 |
| ·对基因芯片重复测定值的处理 | 第30-31页 |
| ·基因芯片数据归一化处理 | 第31页 |
| ·差异基因表达检测方法 | 第31页 |
| ·基于R语言的差异表达基因检测 | 第31-44页 |
| ·差异基因表达检测方法 | 第31-32页 |
| ·基于T统计的差异基因表达检测方法 | 第32-36页 |
| ·仿真模拟和分析 | 第36-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第5章 总结和展望 | 第45-46页 |
| ·总结 | 第45页 |
| ·展望 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-49页 |
| 致谢 | 第49页 |