| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 目录 | 第6-11页 |
| 1 文献综述 | 第11-33页 |
| 前言 | 第11页 |
| ·作物驯化研究概述 | 第11-12页 |
| ·作物驯化历程 | 第11页 |
| ·作物驯化产生的效应 | 第11-12页 |
| ·表型变化方面 | 第11-12页 |
| ·基因组形成方面 | 第12页 |
| ·水稻驯化的研究现状 | 第12-22页 |
| ·水稻种属简介 | 第12-13页 |
| ·水稻驯化与栽培稻起源假说 | 第13-16页 |
| ·水稻驯化概述 | 第13-15页 |
| ·栽培稻起源假说 | 第15-16页 |
| ·蛋白编码基因与水稻驯化 | 第16-19页 |
| ·miRNA 基因与水稻驯化 | 第19-22页 |
| ·miRNA 简述 | 第19-20页 |
| ·miRNA 与水稻驯化 | 第20-22页 |
| ·已预测的 DR-miRNA 基因 | 第22页 |
| ·驯化研究的方法与技术介绍 | 第22-30页 |
| ·研究方法 | 第22-24页 |
| ·QTL 作图（QTL mapping） | 第22-23页 |
| ·全基因组扫描（Genomic scan） | 第23-24页 |
| ·研究技术 | 第24-30页 |
| ·第一代测序技术 | 第24-26页 |
| ·第二代测序技术 | 第26-30页 |
| ·第三代测序技术 | 第30页 |
| ·植物 miRNA 的鉴定与研究方法 | 第30-31页 |
| ·植物 miRNA 的鉴定方法 | 第30页 |
| ·正向遗传学 | 第30页 |
| ·定向克隆技术 | 第30页 |
| ·生物信息学方法 | 第30页 |
| ·miRNA 的功能研究方法 | 第30-31页 |
| ·水稻 DR-miRNA 的鉴定与筛选方法 | 第31-32页 |
| ·Tajima’s D 检验 | 第31页 |
| ·Fu 和 Li’s D 和 F 检验 | 第31页 |
| ·Fay 和 Wu’s H 检验 | 第31页 |
| ·dN/dS检验 | 第31-32页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第32-33页 |
| 2 水稻 miRNA 的 SNP 分析 | 第33-42页 |
| ·材料与方法 | 第33-34页 |
| ·序列数据 | 第33-34页 |
| ·研究方法 | 第34页 |
| ·miRNA 相关的 SNP 鉴定 | 第34页 |
| ·靶基因分析 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-40页 |
| ·miRNA 基因的 SNP 特征分析 | 第34-38页 |
| ·SNP 对 miRNA 二级结构稳定性的影响 | 第38-39页 |
| ·SNP 对 miRNA 作用靶基因谱的影响 | 第39-40页 |
| ·讨论 | 第40-42页 |
| 3 水稻 DR-miRNA 基因的生物信息学鉴定及分析 | 第42-52页 |
| ·材料与方法 | 第42-43页 |
| ·序列数据 | 第42页 |
| ·中性检验 | 第42页 |
| ·直系同源基因的鉴定 | 第42-43页 |
| ·候选靶基因预测、表达与功能分析 | 第43页 |
| ·结果与分析 | 第43-50页 |
| ·栽培稻基因型中受正向选择 miRNA 的鉴定 | 第43-47页 |
| ·受正向选择 miRNA 的侧翼蛋白编码基因的选择压力分析 | 第47页 |
| ·靶基因的预测与选择分析 | 第47-50页 |
| ·候选靶基因的功能注释 | 第50页 |
| ·讨论 | 第50-51页 |
| ·结论 | 第51-52页 |
| 4 OsmiR821 基因克隆与过量表达载体的构建 | 第52-63页 |
| ·实验材料 | 第52-53页 |
| ·实验仪器与设备 | 第52-53页 |
| ·实验试剂 | 第53页 |
| ·载体与菌株 | 第53页 |
| ·实验方法 | 第53-58页 |
| ·引物设计 | 第53页 |
| ·水稻基因组提取 | 第53-54页 |
| ·CTAB 法提取水稻基因组 DNA | 第53-54页 |
| ·TPS 法少量提取水稻基因组 DNA | 第54页 |
| ·基因克隆 PCR | 第54-55页 |
| ·切胶纯化 | 第55页 |
| ·双酶切 | 第55-56页 |
| ·连接 | 第56页 |
| ·热激转化 | 第56页 |
| ·阳性筛选 | 第56-57页 |
| ·抽提质粒 | 第57页 |
| ·测序与序列分析 | 第57-58页 |
| ·结果分析 | 第58-61页 |
| ·OsmiR821 的引物设计 | 第58页 |
| ·OsmiR821 的基因克隆 | 第58-59页 |
| ·OsmiR821 过量表达载体的构建 | 第59-61页 |
| ·讨论 | 第61-63页 |
| 5 OsmiR821 抑制表达载体的构建 | 第63-69页 |
| ·实验材料 | 第63页 |
| ·实验方法 | 第63页 |
| ·结果分析 | 第63-68页 |
| ·抑制表达载体引物的设计 | 第63页 |
| ·拟南芥 IPS1（Ath-IPS1）基因的克隆 | 第63-64页 |
| ·定点改造 Ath-IPS1 基因 | 第64-65页 |
| ·抑制 OsmiR821 功能载体的构建 | 第65-68页 |
| ·讨论 | 第68-69页 |
| 6 OsmiR821b 突变体基因克隆与过量表达载体的构建 | 第69-79页 |
| ·实验材料 | 第72页 |
| ·实验仪器与设备 | 第72页 |
| ·实验试剂 | 第72页 |
| ·载体与菌株 | 第72页 |
| ·实验方法 | 第72-75页 |
| ·引物设计 | 第73页 |
| ·目标质粒扩增 | 第73页 |
| ·扩增产物 DpnI 消化，去除甲基化模板质粒 | 第73-74页 |
| ·进行重组反应 | 第74页 |
| ·反应产物转化、涂板、克隆鉴定 | 第74页 |
| ·测序与序列分析 | 第74页 |
| ·表达载体的构建 | 第74-75页 |
| ·结果分析 | 第75-77页 |
| ·定点突变引物的设计 | 第75页 |
| ·SNP 定点突变 OsmiR821b 基因的克隆 | 第75-77页 |
| ·单点 SNP 突变的克隆 | 第75-76页 |
| ·双点 SNP 突变的克隆 | 第76-77页 |
| ·三点 SNP 突变的克隆 | 第77页 |
| ·定点突变 OsmiR821b 基因的过量表达载体的构建 | 第77-78页 |
| ·讨论 | 第78-79页 |
| 7 OsmiR821 表达载体的遗传转化 | 第79-87页 |
| ·实验材料 | 第79页 |
| ·实验仪器与设备 | 第79页 |
| ·实验试剂 | 第79页 |
| ·实验材料 | 第79页 |
| ·实验方法 | 第79-83页 |
| ·农杆菌感受态细胞的制备 | 第79-80页 |
| ·电击法转化农杆菌 | 第80页 |
| ·农杆菌转化子的检测 | 第80页 |
| ·阳性农杆菌的培养 | 第80页 |
| ·水稻成熟胚愈伤组织的诱导 | 第80-81页 |
| ·水稻成熟胚愈伤组织的继代 | 第81页 |
| ·农杆菌与水稻成熟胚愈伤组织共培养 | 第81页 |
| ·水稻成熟胚抗性愈伤的筛选 | 第81-82页 |
| ·水稻成熟胚抗性愈伤组织的分化 | 第82页 |
| ·生根、壮苗和移载 | 第82页 |
| ·转基因水稻植株的基因组 DNA 的抽提 | 第82页 |
| ·转基因水稻植株的阳性鉴定 | 第82-83页 |
| ·结果分析 | 第83-86页 |
| ·农杆菌重组转化子的 PCR 鉴定 | 第83页 |
| ·水稻成熟胚愈伤组织的诱导与继代 | 第83-84页 |
| ·抗性愈伤组织的筛选 | 第84-85页 |
| ·抗性愈伤组织的分化 | 第85页 |
| ·抗性愈伤组织的生根 | 第85页 |
| ·T0代转基因水稻植株的阳性检测 | 第85-86页 |
| ·讨论 | 第86-87页 |
| 8 研究结论与进一步研究计划 | 第87-89页 |
| ·研究结论 | 第87页 |
| ·进一步研究计划 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-101页 |
| 附录 I | 第101-104页 |
| 附录 II | 第104-105页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
