| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 水稻杂种育性基因f5的克隆 | 第14-78页 |
| 1 前言 | 第14-28页 |
| ·研究问题的由来 | 第14-15页 |
| ·水稻杂种不育的细胞学研究 | 第15-18页 |
| ·水稻杂种不育的遗传机理研究 | 第18-21页 |
| ·水稻杂种不育的分子机理和进化研究 | 第21-25页 |
| ·水稻籼粳亚种间育性基因f5克隆研究进展 | 第25-28页 |
| ·研究的目的与意义 | 第28页 |
| 2 材料和方法 | 第28-43页 |
| ·材料 | 第28-30页 |
| ·水稻材料 | 第28-29页 |
| ·BAC文库 | 第29页 |
| ·全长cDNA | 第29-30页 |
| ·基因组DNA样品抽提 | 第30-32页 |
| ·群体基因组DNA快速抽提 | 第30-31页 |
| ·基因组DNA大样法抽提 | 第31页 |
| ·小样法抽提大样基因组DNA | 第31-32页 |
| ·PCR产物测序 | 第32-33页 |
| ·目标片段的PCR扩增 | 第32页 |
| ·PCR产物消化 | 第32-33页 |
| ·测序 | 第33页 |
| ·BAC鸟枪法测序 | 第33-36页 |
| ·细菌培养和BAC大量抽提 | 第33-34页 |
| ·Shotgun亚克隆文库构建 | 第34-35页 |
| ·抽质粒测序 | 第35-36页 |
| ·序列拼接 | 第36页 |
| ·SSR标记分析 | 第36-38页 |
| ·SSR标记的PCR扩增 | 第36页 |
| ·制备PAGE胶 | 第36-37页 |
| ·PAGE电泳 | 第37页 |
| ·银染显影 | 第37-38页 |
| ·InDel标记分析 | 第38页 |
| ·CAPS标记分析 | 第38-41页 |
| ·基因表达分析 | 第41-42页 |
| ·水稻材料和组织 | 第41页 |
| ·实验步骤 | 第41-42页 |
| ·性状考察 | 第42-43页 |
| ·花粉育性考察 | 第42页 |
| ·小穗育性考察 | 第42-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-74页 |
| ·水稻亚种间不完全双列杂交育性关联分析 | 第43-46页 |
| ·试验设计 | 第43-44页 |
| ·花粉育性和小穗育性分析 | 第44-45页 |
| ·已知基因的关联分析 | 第45-46页 |
| ·f5遗传分析 | 第46-49页 |
| ·三交群体 | 第46-47页 |
| ·籼粳F2群体 | 第47页 |
| ·近等基因系 | 第47-49页 |
| ·f5区域的比较测序 | 第49-53页 |
| ·f5区域的重复序列及拷贝数分析 | 第49-51页 |
| ·候选基因ORF1的序列分析 | 第51-52页 |
| ·候选基因ORF2的序列分析 | 第52-53页 |
| ·f5候选基因ORF1和ORF2的比较表达分析 | 第53-59页 |
| ·ORF1和ORF2在不同品种中的总体表达情况 | 第53-55页 |
| ·籼稻和粳稻ORF2全长cDNA | 第55-57页 |
| ·ORF2籼粳等位基因在杂种中的表达差异 | 第57-59页 |
| ·f5基因的定位 | 第59-68页 |
| ·NIL ZS97(f5-Du/f5-ZS)群体定位 | 第59-65页 |
| ·NIL Balilla(f5-NJ/f5-Ba)群体定位 | 第65-68页 |
| ·Balilla/Nanjing11 F2群体育性和偏分离位点的全基因组分析 | 第68-74页 |
| ·利用InDel标记构建全基因组遗传连锁图 | 第68-71页 |
| ·偏分离位点分析 | 第71-72页 |
| ·杂种育性QTL分析以及和偏分离位点的关系 | 第72-74页 |
| 4 总结与讨论 | 第74-78页 |
| ·与他人研究结果的比较 | 第74-76页 |
| ·f5基因克隆的思考 | 第76-78页 |
| 第二章 高通量分子标记技术的开发和应用 | 第78-124页 |
| 1 前言 | 第78-95页 |
| ·研究问题的由来及研究的目的和意义 | 第78-79页 |
| ·传统的分子标记技术 | 第79-83页 |
| ·RFLP标记 | 第79-80页 |
| ·PCR标记 | 第80-82页 |
| ·SNP标记 | 第82-83页 |
| ·基于基因芯片技术的高通量分子标记技术 | 第83-90页 |
| ·SNP芯片 | 第83-86页 |
| ·SFP标记 | 第86-88页 |
| ·DArT技术 | 第88-89页 |
| ·RAD标记 | 第89-90页 |
| ·基于测序技术的高通量分子标记技术 | 第90-95页 |
| ·SNP测序 | 第91-93页 |
| ·RAD标签测序 | 第93-95页 |
| 2 材料与方法 | 第95-101页 |
| ·实验材料 | 第95页 |
| ·实验方法 | 第95-97页 |
| ·芯片样品发芽实验 | 第95-96页 |
| ·RNA抽提和芯片杂交 | 第96页 |
| ·PCR分子标记开发 | 第96页 |
| ·表型考察 | 第96-97页 |
| ·RIL群体测序 | 第97页 |
| ·计算方法 | 第97-101页 |
| ·SFP的鉴定和连锁图的构建 | 第97-99页 |
| ·基于群体测序的SNP鉴定和高密度连锁图的构建 | 第99-100页 |
| ·表型QTL扫描 | 第100-101页 |
| 3 结果与分析 | 第101-119页 |
| ·SFP鉴定和连锁图的构建 | 第101-104页 |
| ·亲本珍汕97和明恢63材料鉴定 | 第104-107页 |
| ·基于群体测序的SNP基因分型和RIL群体材料鉴定 | 第107-111页 |
| ·SNP高密度遗传连锁图的构建 | 第111-113页 |
| ·高密度SNP连锁图的质量评价 | 第113-115页 |
| ·产量相关性状的QTL分析 | 第115-119页 |
| 4 讨论 | 第119-123页 |
| ·基于表达谱芯片的SFP鉴定和RIL群体基因分型 | 第119-120页 |
| ·基于群体测序的SNP基因分型的优势 | 第120-122页 |
| ·影响QTL定位的因素 | 第122-123页 |
| 5 总结与展望 | 第123-124页 |
| 参考文献 | 第124-140页 |
| 附录 | 第140-153页 |
| 附录Ⅰ 附表 | 第140-149页 |
| 附录Ⅱ SFP鉴定SFPdet程序代码 | 第149-151页 |
| 附录Ⅲ 作者简介 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
