| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一部分 (I)嗜热土壤脱氮芽孢杆菌NGB0-2降解芳香族化合物的蛋白组学研究 | 第14-128页 |
| 第一章 研究背景简介 | 第14-61页 |
| 第一节 石油微生物嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NGB0-2简介 | 第14-37页 |
| ·石油污染与微生物采油技术的应用 | 第14-16页 |
| ·土壤芽孢杆菌属的研究进展 | 第16-19页 |
| ·嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NGB0-2的菌种特性与研究意义 | 第19-26页 |
| ·嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NGB0-2的研究进展 | 第26-37页 |
| 第二节 芳香族化合物的来源及危害 | 第37-40页 |
| ·石油污染 | 第37-38页 |
| ·芳香族环境污染物的种类 | 第38-40页 |
| 第三节 芳香化合物的微生物降解研究 | 第40-50页 |
| ·邻苯二酚类降解途径 | 第42-43页 |
| ·芳香烃辅酶A代谢途径 | 第43-44页 |
| ·氯代苯类芳香类化合物降解途径 | 第44-45页 |
| ·硝基取代芳香类化合物降解途径 | 第45-46页 |
| ·多环芳香类化合物降解途径 | 第46-47页 |
| ·嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NGB0-2的邻氨基苯甲酸代谢途径研究 | 第47-50页 |
| 第四节 蛋白组学研究策略和主要技术 | 第50-59页 |
| ·蛋白组学简介 | 第50-51页 |
| ·蛋白组学研究范围、策略和技术路线 | 第51-53页 |
| ·蛋白样品提取和制备 | 第53-54页 |
| ·二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第54-56页 |
| ·凝胶染色技术和图像分析技术 | 第56-57页 |
| ·生物质谱 | 第57-58页 |
| ·生物信息学技术在蛋白质组学研究中的应用 | 第58-59页 |
| 第五节 蛋白组学的主要应用领域 | 第59页 |
| 第六节 蛋白组学在微生物降解芳香族化合物探索中的研究进展 | 第59-61页 |
| 第二章 立题依据、研究内容和创新性 | 第61-64页 |
| 第一节 立题依据 | 第61-62页 |
| 第二节 研究内容 | 第62页 |
| 第三节 项目创新性 | 第62-64页 |
| 第三章 材料和方法 | 第64-72页 |
| 第一节 实验材料 | 第64-66页 |
| ·菌株与序列 | 第64页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第64-66页 |
| 第二节 实验方法 | 第66-72页 |
| ·基因簇序列比较分析 | 第66页 |
| ·以芳香族化合物为唯一碳源进行富集培养 NGB0-2 | 第66页 |
| ·胞质蛋白样品制备 | 第66-67页 |
| ·蛋白质双向电泳 | 第67-69页 |
| ·胶体考马斯亮蓝染色 | 第69页 |
| ·图像扫描 | 第69页 |
| ·图像分析比较 | 第69-70页 |
| ·蛋白点的胶内酶解 | 第70页 |
| ·蛋白分析鉴定 | 第70-71页 |
| ·苯甲酰辅酶 A 连接酶 GTNG_ 1891 的体外功能鉴定 | 第71-72页 |
| 第四章 结果分析 | 第72-111页 |
| 第一节 NGB0-2 中芳香族代谢基因簇的生物信息学分析 | 第72-82页 |
| ·NGB0- 2 中苯甲酸基因簇分析 | 第72-75页 |
| ·NGB0- 2 中苯乙酸基因簇分析 | 第75-77页 |
| ·NGB0- 2 中 4- 羟基苯乙酸基因簇分析 | 第77-79页 |
| ·NGB0- 2 中邻氨基苯甲酸基因簇分析 | 第79-82页 |
| 第二节 NGB0-2 在不同碳源培养下的生长情况 | 第82-83页 |
| 第三节 NGB0- 2 在不同碳源培养过程中的蛋白表达谱分析 | 第83-103页 |
| ·NGB0-2 在蔗糖培养条件下的蛋白谱 | 第92-93页 |
| ·NGB0-2 在苯甲酸培养条件下的蛋白谱 | 第93-95页 |
| ·NGB0-2 在苯乙酸培养条件下的蛋白谱 | 第95-97页 |
| ·NGB0-2 在 4- 羟基苯乙酸培养条件下的蛋白谱 | 第97-99页 |
| ·NGB0-2 在邻氨基苯甲酸培养条件下的蛋白谱 | 第99-100页 |
| ·NGB0-2 在色氨酸培养条件下的蛋白谱 | 第100-101页 |
| ·NGB0-2 在苯丙氨酸培养条件下的蛋白谱 | 第101-103页 |
| 第四节 N G 80- 2 在不同碳源培养过程中的能量代谢途径研究 | 第103-108页 |
| 第五节 N G 80 -2 中苯甲酰辅酶 A 连接酶 G T N G _ 1891 的体外功能鉴定 | 第108-111页 |
| 第五章 讨论 | 第111-119页 |
| 第六章 结论 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-128页 |
| 第二部分 (II) 维氏气单胞菌 B 565 基因组学分析 | 第128-142页 |
| 第一章 研究背景简介 | 第128-132页 |
| 第一节 维氏气单胞菌 | 第128-129页 |
| ·维氏气单胞菌分类地位 | 第128页 |
| ·维氏气单胞菌生物学特性 | 第128-129页 |
| ·维氏气单胞菌研究意义 | 第129页 |
| 第二节 基因组学研究进展 | 第129-132页 |
| 第二章 立题依据、研究内容和创新性 | 第132-133页 |
| 第一节 研究目标 | 第132页 |
| 第二节 研究内容 | 第132页 |
| 第三节 项目创新性 | 第132-133页 |
| 第三章 材料与方法 | 第133-138页 |
| 第一节 实验材料 | 第133页 |
| ·菌株 | 第133页 |
| ·测序使用的试剂盒 | 第133页 |
| 第二节 实验操作 | 第133-138页 |
| ·基因组 454 高通量测序 | 第133-134页 |
| ·基因组 Solexa 高通量测序 | 第134-137页 |
| ·序列拼接 | 第137页 |
| ·注释及分析 | 第137-138页 |
| 第四章 结果分析 | 第138-139页 |
| 第一节 维氏气单胞菌基因组学破译 | 第138页 |
| 第二节 维氏气单胞菌 B565 比较基因组学分析 | 第138-139页 |
| 第五章 讨论 | 第139-140页 |
| 第六章 结论 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 个人简历及成果 | 第143-145页 |
