生物序列特征分析与功能预测
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 1 绪论 | 第9-18页 |
| ·启动子研究的背景与意义 | 第9-10页 |
| ·启动子研究现状 | 第10-13页 |
| ·非编码 RNA 研究介绍 | 第13-15页 |
| ·本文的主要工作 | 第15-16页 |
| ·本文的内容组织 | 第16-18页 |
| 2 生物信息学基础知识 | 第18-23页 |
| ·生物信息学 | 第18-19页 |
| ·核酸与基因 | 第19-21页 |
| ·启动子 | 第21页 |
| ·非编码 RNA | 第21-22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 3 基本算法介绍 | 第23-27页 |
| ·马尔可夫模型 | 第23-24页 |
| ·概念 | 第23-24页 |
| ·转移概率 | 第24页 |
| ·回归分析 | 第24-26页 |
| ·定义及分类 | 第24-25页 |
| ·回归分析的步骤 | 第25-26页 |
| ·本章小结 | 第26-27页 |
| 4 基于一致序列多样性分析的启动子预测方法 | 第27-44页 |
| ·算法思想 | 第27-28页 |
| ·启动子结构分析和启动子模型 | 第28-31页 |
| ·启动子结构分析 | 第28-30页 |
| ·启动子模型 | 第30-31页 |
| ·运用 Markov 链判别 CpG 岛 | 第31-34页 |
| ·IPWM 预测系统 | 第34-43页 |
| ·训练与分类策略 | 第34-36页 |
| ·实验评估标准 | 第36-37页 |
| ·实验结果分析与比较 | 第37-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 5 基于回归分析的非编码 RNA 预测 | 第44-54页 |
| ·算法思想 | 第44-45页 |
| ·预测 ncRNA 基因的 Z-score 值 | 第45-48页 |
| ·计算 Z-score 值 | 第45页 |
| ·选择正负样本集 | 第45-46页 |
| ·确定合适的 Z-score 值 | 第46-48页 |
| ·训练样本集 | 第48-51页 |
| ·计算四种碱基在序列中占的比率 | 第49-50页 |
| ·调整 GC/AT 的比例关系 | 第50页 |
| ·生成序列 | 第50-51页 |
| ·LIBSVM 回归预测 ncRNA | 第51-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 6 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·研究工作总结 | 第54页 |
| ·未来工作展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 攻读学位期间发表的论文目录 | 第60-61页 |
| 附录一 图目录 | 第61-62页 |
| 附录二 表目录 | 第62-63页 |
