| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-34页 |
| ·环境微生物对杂环化合物的代谢 | 第18-22页 |
| ·自由基生物学概述 | 第22-25页 |
| ·细胞抗氧化机制的建立 | 第25-27页 |
| ·酶类抗氧化物 | 第26页 |
| ·非酶类抗氧化物 | 第26-27页 |
| ·类胡萝卜素及其合成途径研究进展 | 第27-33页 |
| ·类胡萝卜素 | 第27-28页 |
| ·类胡萝卜素的生理功能 | 第28-29页 |
| ·类胡萝卜素的微生物合成途径及相关基因（簇） | 第29-32页 |
| ·鞘氨醇单胞菌属与类胡萝卜素 | 第32-33页 |
| ·本课题的研究意义 | 第33-34页 |
| 第二章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 类胡萝卜素合成途径及相关基因（簇）的生物信息学分析 | 第34-48页 |
| ·材料与方法 | 第34-35页 |
| ·数据来源 | 第34-35页 |
| ·生物信息学分析 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-46页 |
| ·类胡萝卜素合成基因（簇）分析 | 第35-37页 |
| ·crtE 基因的功能分析 | 第37-38页 |
| ·crtB 基因的功能分析 | 第38-39页 |
| ·crtI 基因的功能分析 | 第39-41页 |
| ·crtY 基因的功能分析 | 第41-42页 |
| ·crtB，crtI 和 crtY 基因的启动子预测分析 | 第42-43页 |
| ·crtZ 基因的功能分析 | 第43-45页 |
| ·crtW 基因的功能分析 | 第45-46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 第三章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 类胡萝卜素合成基因的克隆与功能验证 | 第48-75页 |
| ·材料与方法 | 第49-56页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第49-54页 |
| ·培养基和培养条件 | 第54页 |
| ·基因克隆及质粒构建 | 第54-55页 |
| ·大肠杆菌双质粒共表达工程菌的构建 | 第55页 |
| ·高效液相色谱（HPLC）分析 | 第55页 |
| ·四极杆--飞行时间串联质谱分析 (Q-TOF LC/MS) | 第55-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-73页 |
| ·基因克隆 | 第56-57页 |
| ·质粒构建 | 第57-60页 |
| ·八氢番茄红素脱氢酶与番茄红素环化酶基因功能验证 | 第60-65页 |
| ·GGPP 合成酶与八氢番茄红素合成酶基因的功能验证 | 第65-66页 |
| ·β-胡萝卜素羟化酶基因的功能验证 | 第66-68页 |
| ·β-胡萝卜素酮酶基因的功能验证 | 第68-73页 |
| ·本章小结 | 第73-75页 |
| 第四章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 合成类胡萝卜素的鉴定与分析 | 第75-85页 |
| ·材料与方法 | 第75-77页 |
| ·XLDN2-5 所含类胡萝卜素的分析鉴定 | 第75-76页 |
| ·杂环化合物的代谢对 XLDN2-5 类胡萝卜素合成的影响 | 第76-77页 |
| ·实验结果 | 第77-83页 |
| ·XLDN2-5 所含类胡萝卜素的分析鉴定 | 第77-80页 |
| ·杂环化合物的代谢对 XLDN2-5 类胡萝卜素合成的影响 | 第80-83页 |
| ·讨论 | 第83-84页 |
| ·本章小结 | 第84-85页 |
| 第五章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 在代谢杂环化合物过程中类胡萝卜素合成关键基因表达水平研究 | 第85-100页 |
| ·材料与方法 | 第86-89页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第86-87页 |
| ·培养条件与 RNA 提取 | 第87-88页 |
| ·cDNA 的合成 | 第88页 |
| ·RT-qPCR | 第88-89页 |
| ·结果与讨论 | 第89-99页 |
| ·RNA 提取的质量检测 | 第89-90页 |
| ·RT-PCR 测定类胡萝卜素合成相关基因的表达 | 第90-92页 |
| ·crtI 与 crtZ 基因表达水平分析 | 第92-99页 |
| ·本章小结 | 第99-100页 |
| 第六章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 代谢杂环化合物过程中细胞内的氧化压力研究 | 第100-115页 |
| ·材料与方法 | 第101-104页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第101-102页 |
| ·活性氧自由基（ROS）的测定 | 第102页 |
| ·菌株 XLDN2-5 对杂环化合物的持续降解能力 | 第102页 |
| ·类胡萝卜素玉米黄质的分离纯化 | 第102-103页 |
| ·类胡萝卜素对羟自由基的清除能力测定 | 第103页 |
| ·抗氧化剂对羟自由基的清除效率的计算 | 第103页 |
| ·DBT 降解过程中自由基的检测方法 | 第103-104页 |
| ·积累类胡萝卜素的 E.coli 生长曲线的测定 | 第104页 |
| ·实验结果 | 第104-111页 |
| ·鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 细胞内 ROS 分析 | 第104-105页 |
| ·鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 对杂环化合物的持续降解能力 | 第105-107页 |
| ·鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 中玉米黄质分离纯化 | 第107-108页 |
| ·类胡萝卜素对羟自由基的清除能力分析 | 第108-109页 |
| ·DBT 降解过程中自由基的产生 | 第109-110页 |
| ·类胡萝卜素的积累对 E.coli 菌株生长的影响 | 第110-111页 |
| ·讨论 | 第111-113页 |
| ·本章小结 | 第113-115页 |
| 第七章 鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 与两株咔唑降解假单胞菌的全基因组测序及组学分析 | 第115-127页 |
| ·材料与方法 | 第116-117页 |
| ·施氏假单胞菌 XLDN-R 利用咔唑生长实验 | 第116页 |
| ·测序、拼接与注释方法 | 第116-117页 |
| ·基因组与蛋白质组数据分析与氧化压力抗性有关的蛋白 | 第117页 |
| ·结果与讨论 | 第117-126页 |
| ·施氏假单胞菌 XLDN-R 利用咔唑生长实验 | 第117-119页 |
| ·基因组测序拼接与注释结果 | 第119-120页 |
| ·几株已测序的杂环化合物降解菌基因组的比对分析 | 第120-123页 |
| ·鞘氨醇杆菌 XLDN2-5 蛋白质组分析 | 第123-126页 |
| ·本章小结 | 第126-127页 |
| 结束语 | 第127-131页 |
| 参考文献 | 第131-147页 |
| 附录 | 第147-149页 |
| 攻读博士期间论文发表及专利申请情况 | 第149-150页 |
| 致谢 | 第150-151页 |
