| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 蛋白质翻译后化学修饰S-Nitrosylation 综述 | 第10-20页 |
| ·S-Nitrosylation 历史 | 第10-11页 |
| ·S-Nitrosylation 是一种重要的蛋白翻译后修饰 | 第11-13页 |
| ·S-Nitrosylation 的生物学意义 | 第13-14页 |
| ·S-Nitrosylation 是介导细胞信号转导的重要机制 | 第13页 |
| ·S-Nitrosylation 与人类健康和疾病密切相关 | 第13-14页 |
| ·S-Nitrosylation 的理论研究 | 第14-19页 |
| ·S-Nitrosylation 的位点特征研究 | 第14-17页 |
| ·S-Nitrosylation 的反应机理研究 | 第17-19页 |
| ·本章小结 | 第19-20页 |
| 第二章 量子化学和分子动力学简介 | 第20-37页 |
| ·量子化学简介 | 第20-30页 |
| ·量子化学发展史 | 第20-22页 |
| ·量子化学理论方法 | 第22-29页 |
| ·量子化学研究内容 | 第29-30页 |
| ·分子动力学简介 | 第30-37页 |
| ·分子动力学模拟概述 | 第30-31页 |
| ·分子力场（Force Field） | 第31-35页 |
| ·模拟系综 | 第35-37页 |
| 第三章 S-Nitrosylation 的量子力学分子动力学研究 | 第37-77页 |
| ·CPMD 方法和软件简介 | 第37-40页 |
| ·CPMD 方法简介 | 第37-38页 |
| ·CPMD 软件包 | 第38-39页 |
| ·CPMD 输入文件 | 第39-40页 |
| ·Metadynamics 简介 | 第40-42页 |
| ·S-Nitrosylation 反应机理模拟的具体步骤和参数设置 | 第42-53页 |
| ·计算模型的构建 | 第42-44页 |
| ·几何结构优化 | 第44-46页 |
| ·Metadynamics 预测试过程 | 第46-52页 |
| ·CPMD-Metadynamics 过程 | 第52-53页 |
| ·CPMD-Metadynamics 计算结果分析 | 第53-57页 |
| ·模拟过程体系温度、能量和集合变量的检查 | 第53-55页 |
| ·CPMD-Metadynamics 自由能面的构建 | 第55-56页 |
| ·自由能面关键点电子结构的计算 | 第56-57页 |
| ·Gaussian09 计算结果 | 第57-59页 |
| ·基于CPMD-Metadynamics 计算的S-Nitrosylation 反应机理 | 第59-76页 |
| ·S-Nitrosylation 反应步骤 | 第59-60页 |
| ·硫醇去质子化是S-Nitrosylation 的决速步骤 | 第60-62页 |
| ·S-Nitrosylation 中电子结构变化 | 第62-66页 |
| ·环境转变协助S-Nitrosylation 进行 | 第66-72页 |
| ·水相可稳定RSNO 产物 | 第72-76页 |
| ·本章小结 | 第76-77页 |
| 第四章 血红蛋白R/T 构型的分子动力学模拟 | 第77-92页 |
| ·Amber 简介 | 第77-78页 |
| ·Amber 力场 | 第77页 |
| ·Amber 软件包 | 第77-78页 |
| ·分子动力学模拟的具体步骤和参数设置 | 第78-85页 |
| ·PDB 文件的准备 | 第78-80页 |
| ·生成拓扑文件和坐标文件 | 第80-81页 |
| ·体系能量最小化 | 第81-82页 |
| ·体系升温过程 | 第82-83页 |
| ·体系平衡过程 | 第83页 |
| ·体系分子动力学模拟过程 | 第83-85页 |
| ·计算结果分析与讨论 | 第85-91页 |
| ·检查模拟过程中的体系参数 | 第85-86页 |
| ·RMSD 结果比对 | 第86-87页 |
| ·RMSF 结果比对 | 第87-89页 |
| 4 3 4 Cysβ93 巯基周围环境的分析 | 第89-91页 |
| ·本章小结 | 第91-92页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第92-95页 |
| ·主要结论 | 第92-93页 |
| ·研究展望 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-101页 |
| 附录1 收集的S-Nitrosylation 蛋白序列 | 第101-108页 |
| 附录2 收集的S-Nitrosylation 蛋白晶体结构 | 第108-111页 |
| 附录3 含S-Nitrosocysteine 的蛋白质晶体结构 | 第111-112页 |
| 附录4 cis_MeSNO_gas 几何结构优化输入文件 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第115-117页 |
