| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景 | 第9-11页 |
| ·相关研究工作 | 第11-12页 |
| ·研究意义 | 第12-13页 |
| ·论文组织结构 | 第13-14页 |
| 第二章 PHYLIP 软件包 | 第14-25页 |
| ·概述和目标程序的选择 | 第14-15页 |
| ·距离矩阵（DISTANCE MATRIX）算法 | 第15-16页 |
| ·最大似然（MAXIMUM LIKELIHOOD）算法 | 第16-25页 |
| 第三章 基于多核CPU 的PHYLIP 软件并行实现 | 第25-37页 |
| ·多核CPU 并行模型 | 第25-26页 |
| ·OPENMP | 第26-27页 |
| ·距离矩阵算法在多核CPU 上的并行实现 | 第27-31页 |
| ·最大似然算法在多核CPU 上的并行实现 | 第31-37页 |
| 第四章 基于通用GPU 的PHYLIP 软件并行实现 | 第37-57页 |
| ·通用GPU | 第37页 |
| ·CUDA | 第37-43页 |
| ·距离矩阵算法在通用GPU 上的并行实现 | 第43-47页 |
| ·最大似然算法在通用GPU 上的并行实现 | 第47-57页 |
| 第五章 总结和展望 | 第57-59页 |
| ·总结 | 第57-58页 |
| ·展望和下一步工作计划 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 攻读学位期间已发表或录用的论文 | 第64-66页 |
