| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-37页 |
| ·蛋白质局部结构的生物信息学 | 第10-11页 |
| ·局部结构 | 第11-22页 |
| ·二级结构(Secondray Structures) | 第12-18页 |
| ·二级结构的指派方法 | 第18-21页 |
| ·从二级结构到三级结构 | 第21-22页 |
| ·结构字母表 | 第22-31页 |
| ·积木模块(Buiiding Blocks) | 第23-24页 |
| ·子结构(Substructures) | 第24页 |
| ·结构积木模块(Structural Buildings Blocks) | 第24-25页 |
| ·局部结构模式(Local Structural Motifs) | 第25页 |
| ·低聚子(Oligons) | 第25-26页 |
| ·Librairies | 第26-27页 |
| ·(短)小积木模块((Short)Small Building Blocks) | 第27-28页 |
| ·I-sites | 第28-29页 |
| ·Protein Blocks(PB) | 第29-31页 |
| ·统计势 | 第31-34页 |
| ·核苷酸和氨基酸的相互作用 | 第34-37页 |
| 第2章 蛋白质局部结构-局部序列统计势的构建 | 第37-79页 |
| ·引言 | 第37-41页 |
| ·材料和方法 | 第41-54页 |
| ·训练集和测试集 | 第41页 |
| ·构建局部序列统计势 | 第41-47页 |
| ·构建局部结构统计势 | 第47-50页 |
| ·测试统计势 | 第50-54页 |
| ·结果和讨论 | 第54-75页 |
| ·基于局部结构和局部环境的片段聚簇的有效性 | 第54-56页 |
| ·赝序列设计 | 第56-59页 |
| ·片段threading | 第59-61页 |
| ·局部结构预测 | 第61-70页 |
| ·无空位threading(gapless threading)中识别天然序列 | 第70-71页 |
| ·无空位threading(gapless threading)中识别天然结构 | 第71-72页 |
| ·loop结构预测 | 第72-75页 |
| ·结论 | 第75-76页 |
| ·Web服务器 | 第76-78页 |
| ·致谢 | 第78-79页 |
| 第3章 RNA结合位点的预测 | 第79-100页 |
| ·引言 | 第79-81页 |
| ·材料和方法 | 第81-86页 |
| ·数据集 | 第81-83页 |
| ·残基的结构邻居的氨基酸组成 | 第83页 |
| ·预测的输入信息 | 第83-84页 |
| ·多线性回归(Multiple Linear Regression) | 第84-85页 |
| ·预测性能的度量指标 | 第85-86页 |
| ·结果和讨论 | 第86-95页 |
| ·RNA结合位点和非RNA结合位点的结构邻居的氨基酸组成 | 第86-87页 |
| ·MLR模型使用不同的特征作为输入信息所得到的性能 | 第87-91页 |
| ·训练得到MLR模型的各个回归系数 | 第91-92页 |
| ·跟现有的方法进行比较 | 第92-94页 |
| ·一个例子和web服务器 | 第94-95页 |
| ·结论 | 第95-96页 |
| ·Web服务器 | 第96-99页 |
| ·致谢 | 第99-100页 |
| 第4章 总结和展望 | 第100-103页 |
| ·本文的主要工作内容和创新点 | 第100-101页 |
| ·关于局部统计势的构建 | 第100页 |
| ·关于RNA结合位点的预测 | 第100-101页 |
| ·下一步工作以及展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-120页 |
| 附录 | 第120-125页 |
| 补充表 | 第120-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第126页 |
