基于量子遗传算法和改进的免疫遗传算法的多序列比对算法研究
| 提要 | 第1-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-11页 |
| ·序列比对的历史 | 第7-8页 |
| ·序列比对的研究现状 | 第8-10页 |
| ·论文的结构和主要工作 | 第10-11页 |
| 第二章 序列比对基础与序列比对算法 | 第11-23页 |
| ·序列比对基本概念 | 第11-12页 |
| ·空位罚分的概念和策略 | 第12-13页 |
| ·相似性替换矩阵 | 第13-16页 |
| ·核酸替换矩阵 | 第14-15页 |
| ·蛋白质替换矩阵 | 第15-16页 |
| ·目标函数 | 第16-19页 |
| ·SP目标函数 | 第16-18页 |
| ·COFFEE目标函数 | 第18-19页 |
| ·多序列比对结果的评判标准 | 第19-20页 |
| ·BAliBASE 测试集 | 第19页 |
| ·评价比对结果 | 第19-20页 |
| ·多序列比对算法介绍 | 第20-23页 |
| ·SAGA 算法 | 第21-22页 |
| ·Clustal 算法 | 第22-23页 |
| 第三章 改进的免疫遗传算法求解多序列比对问题 | 第23-37页 |
| ·免疫遗传算法介绍 | 第23-25页 |
| ·针对多序列比对问题对免疫遗传算法的若干改进 | 第25-32页 |
| ·变异算子的设计 | 第25-27页 |
| ·交叉算子的设计 | 第27-29页 |
| ·疫苗算子的改进 | 第29页 |
| ·自适应函数的设计 | 第29-32页 |
| ·算法的描述 | 第32-34页 |
| ·编码及目标函数 | 第32-33页 |
| ·算法过程 | 第33-34页 |
| ·实验结果及分析 | 第34-37页 |
| ·实验环境及测试用例 | 第34页 |
| ·和实验相关的设置 | 第34页 |
| ·实验结果及分析 | 第34-37页 |
| 第四章 量子遗传算法求解多序列比对问题 | 第37-54页 |
| ·量子计算的背景 | 第37-38页 |
| ·量子计算的基础知识 | 第38-40页 |
| ·量子遗传算法 | 第40-43页 |
| ·问题的表示 | 第40-41页 |
| ·基本的量子遗传算法 | 第41-43页 |
| ·多序列比对问题中量子遗传算法的设计 | 第43-46页 |
| ·量子全干扰交叉 | 第44页 |
| ·量子变异 | 第44-45页 |
| ·通用的旋转角调整策略 | 第45-46页 |
| ·群体灾变策略 | 第46页 |
| ·两阶段量子遗传算法 | 第46页 |
| ·基于量子遗传算法的多序列比对算法 | 第46-50页 |
| ·算法中的一些问题 | 第46-47页 |
| ·算法的描述 | 第47-50页 |
| ·实验结果与分析 | 第50-54页 |
| ·测试用例 | 第50页 |
| ·基本参数的设置 | 第50-51页 |
| ·与序列比对有关的设置 | 第51页 |
| ·实验结果及分析 | 第51-54页 |
| 第五章 总结与展望 | 第54-56页 |
| ·总结 | 第54页 |
| ·下一步的工作 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 摘要 | 第59-62页 |
| Abstract | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 导师及作者简介 | 第66页 |
