| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-34页 |
| 第一节 非洲布氏锥虫概述 | 第10-16页 |
| ·分类及进化地位 | 第10页 |
| ·形态及生活史 | 第10-13页 |
| ·流行病学 | 第13-16页 |
| 第二节 非编码小RNA | 第16-26页 |
| ·概述 | 第16-20页 |
| ·布氏锥虫中的RNA干扰、siRNA和miRNA | 第16-20页 |
| ·布氏锥虫中其他已知功能的非编码小RNA | 第20页 |
| ·自然反式转录序列（NATs） | 第20-23页 |
| ·假基因 | 第23-26页 |
| 第三节 RNA编辑 | 第26-29页 |
| ·RNA编辑概述以及布氏锥虫中的RNA编辑 | 第26-27页 |
| ·MRB1复合体及其亚基 | 第27-29页 |
| 第四节 研究方法 | 第29-33页 |
| ·Solexa高通量测序 | 第29-30页 |
| ·茎环RT-PCR检测非编码小RNA | 第30-33页 |
| 第五节 研究目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 材料和方法 | 第34-56页 |
| 第一节 实验材料 | 第34-37页 |
| 第二节 实验方法 | 第37-56页 |
| ·布氏锥虫虫株和来源 | 第37页 |
| ·布氏锥虫体内培养 | 第37-38页 |
| ·血流型锥虫分离 | 第37页 |
| ·血流型锥虫保存 | 第37-38页 |
| ·布氏锥虫体外培养 | 第38-39页 |
| ·布氏锥虫从血流型到前循环期的分化 | 第38页 |
| ·布氏锥虫的体外培养 | 第38-39页 |
| ·体外培养布氏锥虫冻存 | 第39页 |
| ·总RNA提取 | 第39-40页 |
| ·质粒构建 | 第40-43页 |
| ·感受态细胞制备 | 第40页 |
| ·PCR片段扩增及TA克隆 | 第40-42页 |
| ·酶切、连接 | 第42-43页 |
| ·布氏锥虫转染 | 第43-44页 |
| ·Northern Blot | 第44-46页 |
| ·Western Blot | 第46-48页 |
| ·SDS-PAGE电泳 | 第46-47页 |
| ·Semi-Dry 印迹转移 | 第47-48页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第48-51页 |
| ·普通基因的逆转录PCR | 第48-49页 |
| ·非编码小RNA的逆转录PCR | 第49-50页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第50-51页 |
| ·布氏锥虫细胞质和线粒体的分离 | 第51-52页 |
| ·gRNA的检测 | 第52-53页 |
| ·生物信息学分析 | 第53-56页 |
| ·数据来源 | 第53-54页 |
| ·小RNA数据库的建立 | 第54页 |
| ·顺式和反式NATs对、假基因对的鉴定 | 第54页 |
| ·双向转录区的鉴定 | 第54-55页 |
| ·匹配至转录序列互补区的小RNA的丰度计算 | 第55-56页 |
| 第三章 结果与分析 | 第56-99页 |
| 第一节 布氏锥虫假基因来源的siRNA调控基因表达 | 第56-74页 |
| ·Solexa测序概况 | 第56-60页 |
| ·Solexa 测序情况 | 第56-58页 |
| ·小RNA的序列组成分析 | 第58-59页 |
| ·小RNA末端偏好性 | 第59-60页 |
| ·假基因来源的小RNA调控基因表达 | 第60-74页 |
| ·假基因来源的小RNA具备了 siRNA的特点 | 第60-62页 |
| ·假基因来源的小RNA的表达与TbDCL1蛋白有关 | 第62-65页 |
| ·假基因来源的siRNA产生于假基因和蛋白编码基因形成的双链RNA | 第65-70页 |
| ·假基因来源的siRNA可以产生自两个假基因之间相互配对形成的双链RNA | 第70-74页 |
| 第二节 在布氏锥虫全基因组范围鉴定NATs及NAT来源的小RNA | 第74-93页 |
| ·基于基因组的NATs鉴定 | 第74-83页 |
| ·根据基因组已知的转录序列鉴定顺式（cis-）及反式（trans-）的NATs | 第74-76页 |
| ·布氏锥虫的 NATs之间可以形成复杂的网络结构 | 第76-79页 |
| ·布氏锥虫血流型存在大量NATs对来源的小RNA | 第79-83页 |
| ·基于高通量测序小RNA的布氏锥虫NATs研究 | 第83-88页 |
| ·布氏锥虫BTRs (Both Transcribed Regions) 的鉴定 | 第84-86页 |
| ·布氏锥虫中的BTRs表现血流型特异性 | 第86-88页 |
| ·布氏锥虫NAT来源的siRNA调控基因表达 | 第88-93页 |
| ·NAT来源的小RNA调控基因表达 | 第89-91页 |
| ·NAT来源的siRNA可能调控布氏锥虫的分化 | 第91-93页 |
| 第三节 布氏锥虫RNA编辑复合体MRB1中亚基GAP1/GAP2功能鉴定 | 第93-99页 |
| ·血流型布氏锥虫GAP1/GAP2沉默克隆的筛选及证明 | 第93-95页 |
| ·血流型布氏锥虫GAP1/GAP2蛋白沉默对细胞表型的影响 | 第95-96页 |
| ·布氏锥虫中GAP1/GAP2蛋白的分布 | 第96-97页 |
| ·血流型布氏锥虫中GAP1/GAP2与gRNA的关系 | 第97-99页 |
| 第四章 讨论 | 第99-111页 |
| 第一节 布氏锥虫假基因来源的siRNA调控基因表达 | 第99-103页 |
| 第二节 全基因组分析布氏锥虫中的NATs以及NAT来源的siRNA | 第103-107页 |
| 第三节 布氏锥虫动基体中RNA编辑复合体亚基GAP1/GAP2功能研究 | 第107-111页 |
| 参考文献 | 第111-125页 |
| 附件一 TVM-1培养基配方 | 第125-126页 |
| 附件二 HMI-11培养液配方 | 第126-127页 |
| 附件三 SDM-79培养液配方 | 第127-128页 |
| 博士期间发表的文章 | 第128-129页 |
| 缩略词 | 第129-131页 |
| 致谢 | 第131页 |
