| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-18页 |
| 1.1 生物学基础 | 第11-13页 |
| 1.1.1 遗传法则 | 第11-12页 |
| 1.1.2 基因表达 | 第12-13页 |
| 1.2 研究现状及意义 | 第13-15页 |
| 1.3 本文的主要内容 | 第15-16页 |
| 1.4 本文的章节安排 | 第16-18页 |
| 第二章 数据处理及评价方法 | 第18-31页 |
| 2.1 表达量数据处理 | 第18-22页 |
| 2.1.1 真实poly(A)位点数据 | 第18页 |
| 2.1.2 仿真poly(A)位点数据 | 第18-19页 |
| 2.1.3 数据标准化 | 第19-20页 |
| 2.1.4 数据归一化 | 第20-22页 |
| 2.2 距离度量 | 第22-26页 |
| 2.2.1 距离度量算法 | 第22-24页 |
| 2.2.2 典型相关分析 | 第24-26页 |
| 2.2.3 距离度量检验 | 第26页 |
| 2.3 聚类算法 | 第26-27页 |
| 2.4 聚类评估指标 | 第27-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-31页 |
| 第三章 APA基因聚类与共表达网络构建方法 | 第31-48页 |
| 3.1 收缩典型相关分析算法PASCCA | 第31-39页 |
| 3.1.1 PASCCA基本流程 | 第31-32页 |
| 3.1.2 PASCCA基本原理 | 第32-37页 |
| 3.1.3 PASCCA核心伪代码 | 第37-39页 |
| 3.2 APA基因聚类 | 第39-41页 |
| 3.3 基因共表达网络构建 | 第41-47页 |
| 3.3.1 加权基因共表达网络 | 第42-45页 |
| 3.3.2 网络拓扑学性质 | 第45-47页 |
| 3.3.3 网络可视化工具 | 第47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 结果分析与讨论 | 第48-60页 |
| 4.1 基于真实poly(A)位点数据的APA基因聚类验证PASCCA | 第48-49页 |
| 4.2 基于仿真poly(A)位点数据的APA基因聚类验证PASCCA | 第49-52页 |
| 4.3 基于poly(A)位点相对丰度的APA基因聚类验证PASCCA | 第52-54页 |
| 4.4 基于PASCCA的共表达网络构建与基因模块识别 | 第54-58页 |
| 4.5 本章小结 | 第58-60页 |
| 第五章 总结与展望 | 第60-63页 |
| 5.1 全文总结 | 第60-62页 |
| 5.2 展望 | 第62-63页 |
| 附录 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
