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柞蚕两种病原微生物的全基因组序列从头组装及其分析

中文摘要第4-6页
英文摘要第6-10页
1 文献综述第10-17页
    1.1 柞蚕病原微生物简述第10-13页
        1.1.1 柞蚕微孢子虫的生物学特性研究第10-12页
        1.1.2 柞蚕核型多角体病毒的生物学特性研究第12-13页
    1.2 基因组的组装概述第13-14页
        1.2.1 基因组测序第13页
        1.2.2 拼接算法和软件第13-14页
    1.3 目前几种微孢子虫的基因组研究情况第14-15页
    1.4 目前柞蚕核型多角体病毒的基因组研究情况第15-17页
2 引言第17-19页
    2.1 研究背景及意义第17页
    2.2 本研究的主要内容第17-18页
    2.3 本研究的技术路线第18-19页
3 柞蚕微孢子虫基因组组装第19-28页
    3.1 柞蚕微孢子虫基因组的大小预测第19-20页
        3.1.1 实验材料与方法第19页
        3.1.2 结果与讨论第19-20页
    3.2 柞蚕微孢子虫基因组contig的组装第20-24页
        3.2.1 实验材料与方法第20页
        3.2.2 柞蚕微孢子虫基因组contig的组装结果分析第20-24页
    3.3 基于Velvet组装结果的scaffold构建及电子延伸第24-28页
        3.3.1 实验材料与方法第24-25页
        3.3.2 结果与讨论第25-28页
4 柞蚕微孢子虫基因组的基因注释与共线性分析第28-36页
    4.1 柞蚕微孢子虫的基因注释第28-31页
        4.1.1 实验材料与方法第28页
        4.1.2 结果与讨论第28-31页
    4.2 柞蚕微孢子虫和其他微孢子虫的共线性分析第31-36页
        4.2.1 实验材料与方法第31页
        4.2.2 结果与讨论第31-36页
5 柞蚕核型多角体病毒河南株的基因组序列的组装第36-38页
    5.1 实验材料与方法第36页
    5.2 结果与讨论第36-38页
6 AnpeNPV-H的基因预测与注释第38-44页
    6.1 实验材料与方法第38页
    6.2 实验结果与讨论第38-44页
7 三株柞蚕核型多角体病毒的变异进化分析第44-53页
    7.1 三株柞蚕核型多角体病毒的SNP鉴定第44-49页
        7.1.1 实验材料与方法第44页
        7.1.2 SNP鉴定结果分析第44-49页
    7.2 三种柞蚕核型多角体病毒的Ka/Ks值及其功能预测第49-51页
        7.2.1 实验材料与方法第49页
        7.2.2 三种柞蚕核型多角体病毒的Ka/Ks值及其功能预测结果第49-51页
    7.3 三株柞蚕核型多角体病毒潜在重组事件分析第51-53页
        7.3.1 实验方法第51页
        7.3.2 三株柞蚕核型多角体病毒亲缘关系第51页
        7.3.3 三株柞蚕核型多角体病毒潜在重组事件分析结果第51-53页
8 结论第53-55页
    8.1 柞蚕微孢子虫以及AnpeNPV-H的基因组组装结果第53页
    8.2 柞蚕微孢子虫和AnpeNPV-H的基因注释结果第53页
    8.3 柞蚕微孢子虫和其他微孢子虫的共线性分析第53-54页
    8.4 三株柞蚕核型多角体病毒的变异进化分析第54-55页
参考文献第55-60页
附录A 英文缩写全称第60-61页
附录B 作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况第61-62页
附录C 三株柞蚕核型多角体病毒基因间的插入缺失第62-67页
致谢第67-68页

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