| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-17页 |
| 1.1 柞蚕病原微生物简述 | 第10-13页 |
| 1.1.1 柞蚕微孢子虫的生物学特性研究 | 第10-12页 |
| 1.1.2 柞蚕核型多角体病毒的生物学特性研究 | 第12-13页 |
| 1.2 基因组的组装概述 | 第13-14页 |
| 1.2.1 基因组测序 | 第13页 |
| 1.2.2 拼接算法和软件 | 第13-14页 |
| 1.3 目前几种微孢子虫的基因组研究情况 | 第14-15页 |
| 1.4 目前柞蚕核型多角体病毒的基因组研究情况 | 第15-17页 |
| 2 引言 | 第17-19页 |
| 2.1 研究背景及意义 | 第17页 |
| 2.2 本研究的主要内容 | 第17-18页 |
| 2.3 本研究的技术路线 | 第18-19页 |
| 3 柞蚕微孢子虫基因组组装 | 第19-28页 |
| 3.1 柞蚕微孢子虫基因组的大小预测 | 第19-20页 |
| 3.1.1 实验材料与方法 | 第19页 |
| 3.1.2 结果与讨论 | 第19-20页 |
| 3.2 柞蚕微孢子虫基因组contig的组装 | 第20-24页 |
| 3.2.1 实验材料与方法 | 第20页 |
| 3.2.2 柞蚕微孢子虫基因组contig的组装结果分析 | 第20-24页 |
| 3.3 基于Velvet组装结果的scaffold构建及电子延伸 | 第24-28页 |
| 3.3.1 实验材料与方法 | 第24-25页 |
| 3.3.2 结果与讨论 | 第25-28页 |
| 4 柞蚕微孢子虫基因组的基因注释与共线性分析 | 第28-36页 |
| 4.1 柞蚕微孢子虫的基因注释 | 第28-31页 |
| 4.1.1 实验材料与方法 | 第28页 |
| 4.1.2 结果与讨论 | 第28-31页 |
| 4.2 柞蚕微孢子虫和其他微孢子虫的共线性分析 | 第31-36页 |
| 4.2.1 实验材料与方法 | 第31页 |
| 4.2.2 结果与讨论 | 第31-36页 |
| 5 柞蚕核型多角体病毒河南株的基因组序列的组装 | 第36-38页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第36页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第36-38页 |
| 6 AnpeNPV-H的基因预测与注释 | 第38-44页 |
| 6.1 实验材料与方法 | 第38页 |
| 6.2 实验结果与讨论 | 第38-44页 |
| 7 三株柞蚕核型多角体病毒的变异进化分析 | 第44-53页 |
| 7.1 三株柞蚕核型多角体病毒的SNP鉴定 | 第44-49页 |
| 7.1.1 实验材料与方法 | 第44页 |
| 7.1.2 SNP鉴定结果分析 | 第44-49页 |
| 7.2 三种柞蚕核型多角体病毒的Ka/Ks值及其功能预测 | 第49-51页 |
| 7.2.1 实验材料与方法 | 第49页 |
| 7.2.2 三种柞蚕核型多角体病毒的Ka/Ks值及其功能预测结果 | 第49-51页 |
| 7.3 三株柞蚕核型多角体病毒潜在重组事件分析 | 第51-53页 |
| 7.3.1 实验方法 | 第51页 |
| 7.3.2 三株柞蚕核型多角体病毒亲缘关系 | 第51页 |
| 7.3.3 三株柞蚕核型多角体病毒潜在重组事件分析结果 | 第51-53页 |
| 8 结论 | 第53-55页 |
| 8.1 柞蚕微孢子虫以及AnpeNPV-H的基因组组装结果 | 第53页 |
| 8.2 柞蚕微孢子虫和AnpeNPV-H的基因注释结果 | 第53页 |
| 8.3 柞蚕微孢子虫和其他微孢子虫的共线性分析 | 第53-54页 |
| 8.4 三株柞蚕核型多角体病毒的变异进化分析 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录A 英文缩写全称 | 第60-61页 |
| 附录B 作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况 | 第61-62页 |
| 附录C 三株柞蚕核型多角体病毒基因间的插入缺失 | 第62-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
