| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第1章 前言 | 第10-22页 |
| ·线粒体基因组主要特征 | 第10-12页 |
| ·动物线粒体基因组结构特征 | 第10-11页 |
| ·线粒体基因组的遗传特征 | 第11页 |
| ·线粒体基因组的进化特征 | 第11-12页 |
| ·线粒体基因组碱基组成 | 第12页 |
| ·线粒体基因含量变化 | 第12-14页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第13页 |
| ·tRNA基因 | 第13页 |
| ·rRNA基因 | 第13-14页 |
| ·非编码区 | 第14页 |
| ·线粒体基因组研究方法 | 第14-16页 |
| ·线粒体基因组DNA的分离 | 第14-15页 |
| ·线粒体基因组全序列测定 | 第15页 |
| ·线粒体基因组的拼接 | 第15页 |
| ·线粒体基因组注释 | 第15页 |
| ·线粒体基因组分析 | 第15-16页 |
| ·鱼纲全线粒体基因组测序现状 | 第16-18页 |
| ·鲤科(Cyprinidae)鱼类线粒体基因组研究进展 | 第18-21页 |
| ·鲤科简介 | 第18页 |
| ·鲤科鱼类的形态分类研究 | 第18-19页 |
| ·鲤科鱼类的系统发育研究进展 | 第19-21页 |
| ·鮈亚科简介 | 第21页 |
| ·本研究物种简介 | 第21页 |
| ·研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 第2章 材料和方法 | 第22-36页 |
| ·实验材料 | 第22-24页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第22页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第22-24页 |
| ·实验方法 | 第24-31页 |
| ·总DNA的提取 | 第24-25页 |
| ·DNA样品检测 | 第25页 |
| ·PCR引物设计及PCR扩增 | 第25-31页 |
| ·Sub-PCR扩增产物测序 | 第31页 |
| ·序列处理与分析 | 第31-32页 |
| ·测序片段的拼接 | 第31页 |
| ·线粒体基因组序列的注释 | 第31页 |
| ·线粒体基因组序列分析 | 第31-32页 |
| ·鲤科鱼类的线粒体系统发育分析 | 第32-34页 |
| ·序列数据来源 | 第32-33页 |
| ·序列比对 | 第33-34页 |
| ·序列组成分析 | 第34页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第34页 |
| ·建树方法 | 第34-36页 |
| ·最大简约法建树 | 第34-35页 |
| ·最大似然法建树 | 第35页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法 | 第35-36页 |
| 第3章 实验结果与讨论 | 第36-55页 |
| ·总DNA提取结果 | 第36页 |
| ·PCR扩增结果 | 第36-38页 |
| ·长PCR(L-PCR)扩增和纯化 | 第36-37页 |
| ·二次PCR(Sub-PCR)扩增和纯化 | 第37-38页 |
| ·序列拼接 | 第38页 |
| ·麦穗鱼线粒体基因组全序列 | 第38-49页 |
| ·线粒体基因组基本组成特征 | 第38-39页 |
| ·核苷酸组成特点 | 第39-40页 |
| ·基因重叠区和基因间隔序列 | 第40页 |
| ·蛋白质基因碱基组成偏向性分析 | 第40-41页 |
| ·蛋白质基因密码子使用 | 第41-42页 |
| ·蛋白质基因氨基酸组成 | 第42-43页 |
| ·tRNA基因 | 第43-44页 |
| ·rRNA基因及其二级结构的预测 | 第44-48页 |
| ·控制区(D-loop) | 第48-49页 |
| ·两种麦穗鱼基因组特征的讨论 | 第49-55页 |
| ·线粒体基因组碱基组成 | 第49页 |
| ·基因间隔区与重叠区 | 第49页 |
| ·蛋白编码基因AT偏向性 | 第49-50页 |
| ·密码子使用情况 | 第50-51页 |
| ·tRNA基因 | 第51页 |
| ·rRNA基因 | 第51-52页 |
| ·非编码区 | 第52-55页 |
| 第4章 鲤科鱼类系统发育分析 | 第55-68页 |
| ·数据来源 | 第55页 |
| ·数据集数据序列组成分析 | 第55-56页 |
| ·系统发育信号检验 | 第56-58页 |
| ·碱基替换饱和性分析 | 第56-57页 |
| ·g1检验和PTP检验 | 第57-58页 |
| ·鲤科系统发育关系重建 | 第58-65页 |
| ·最大简约法建树 | 第58-61页 |
| ·最大似然法建树 | 第61-63页 |
| ·贝叶斯系统发育推论法 | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-68页 |
| ·建树方法比较 | 第65-66页 |
| ·亚科间系统进化分析 | 第66-68页 |
| 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第82-83页 |