| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第11-18页 |
| 1.1 宏基因组学简介 | 第11页 |
| 1.2 16S rRNA序列分析技术 | 第11-13页 |
| 1.3 16S rRNA相关测序平台介绍 | 第13-14页 |
| 1.3.1 Roche/454测序仪 | 第13页 |
| 1.3.2 Ion Torrent Personal Genome Machine（PGM）系统 | 第13-14页 |
| 1.4 16S rRNA基于不同测序平台研究背景 | 第14-17页 |
| 1.5 本文结构 | 第17-18页 |
| 第二章 16S RRNA基于ION TORRENT分析流程的构建 | 第18-24页 |
| 2.1 相关分析工具及软件介绍 | 第18-20页 |
| 2.1.1 16S rRNA数据库 | 第18页 |
| 2.1.2 Mothur分析软件 | 第18-19页 |
| 2.1.3 QIIME分析软件 | 第19页 |
| 2.1.4 相关程序介绍 | 第19-20页 |
| 2.2 分析流程构建 | 第20-24页 |
| 2.2.1 数据库预处理 | 第21-22页 |
| 2.2.2 数据基本分析流程 | 第22-24页 |
| 第三章 基于ION TORRENT的 16S RRNA信息分析 | 第24-38页 |
| 3.1 材料与方法 | 第24-26页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第26-36页 |
| 3.2.1 测序质量比较 | 第26-27页 |
| 3.2.2 OTU聚类统计 | 第27-29页 |
| 3.2.3 物种分类注释 | 第29-32页 |
| 3.2.4 稀释度分析 | 第32-33页 |
| 3.2.5 alpha多样性分析 | 第33-35页 |
| 3.2.6 主坐标分析（Principal Coordinate Analysis, PCoA） | 第35-36页 |
| 3.3 小结 | 第36-38页 |
| 第四章 两个测序平台基于 16S RRNA的比较研究 | 第38-50页 |
| 4.1 材料与方法 | 第38页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第38-49页 |
| 4.2.1 测序质量比较 | 第38-39页 |
| 4.2.2 OTU聚类统计 | 第39-40页 |
| 4.2.3 物种分类注释 | 第40-42页 |
| 4.2.4 稀释度分析 | 第42-43页 |
| 4.2.5 alpha多样性分析 | 第43-44页 |
| 4.2.6 主坐标分析（Principal Coordinate Analysis, PCoA） | 第44-45页 |
| 4.2.7 Downsized分析 | 第45-49页 |
| 4.3 小结 | 第49-50页 |
| 第五章 结论与展望 | 第50-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-57页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第57-58页 |
