| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-36页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 酶结构解析方法 | 第14-20页 |
| 1.2.1 结构生物学简介 | 第14-17页 |
| 1.2.2 X射线衍射晶体法 | 第17-20页 |
| 1.3 分子模拟辅助结构研究 | 第20-22页 |
| 1.3.1 分子对接 | 第20-21页 |
| 1.3.2 分子动力学模拟 | 第21页 |
| 1.3.3 粗粒化分子动力学模拟 | 第21-22页 |
| 1.4 2-卤代酸脱卤酶结构与功能的研究进展 | 第22-26页 |
| 1.4.1 脱卤酶简介 | 第22-23页 |
| 1.4.2 2-卤代酸脱卤酶结构与催化机理 | 第23-25页 |
| 1.4.3 脱卤酶的应用 | 第25-26页 |
| 1.5 脂肪酶结构与功能的研究进展 | 第26-33页 |
| 1.5.1 脂肪酶简介 | 第26-28页 |
| 1.5.2 脂肪酶结构与催化机理 | 第28-30页 |
| 1.5.3 脂肪酶对手性分子的立体识别 | 第30-31页 |
| 1.5.4 脂肪酶的应用 | 第31-33页 |
| 1.6 本论文研究内容与思路 | 第33-36页 |
| 1.6.1 R-2-卤代酸脱卤酶DehDIV-R | 第33-34页 |
| 1.6.2 脂肪酶PaL | 第34-36页 |
| 第二章 R-2-卤代酸脱卤酶DehDIV-R结构与功能研究 | 第36-57页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 实验材料 | 第36-38页 |
| 2.2.1 菌株与质粒 | 第36页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第36-37页 |
| 2.2.3 培养基以及试剂制备 | 第37-38页 |
| 2.2.4 仪器 | 第38页 |
| 2.3 实验方法 | 第38-43页 |
| 2.3.1 DehDIV-R蛋白的表达 | 第38页 |
| 2.3.2 DehDIV-R蛋白的纯化 | 第38-39页 |
| 2.3.3 DehDIV-R的晶体培养 | 第39-40页 |
| 2.3.4 冷冻保护剂的筛选 | 第40-41页 |
| 2.3.5 DehDIV-R衍射数据的收集、处理以及结构解析 | 第41页 |
| 2.3.6 DehDIV-R D205N突变体的构建 | 第41-42页 |
| 2.3.7 DehDIV-R与R-2-CPA以及S-2-CPA限制性分子动力学模拟计算 | 第42-43页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第43-55页 |
| 2.4.1 DehDIV-R蛋白的纯化 | 第43-45页 |
| 2.4.2 DehDIV-R结晶条件的初筛与优化 | 第45-47页 |
| 2.4.3 DehDIV-R单晶衍射 | 第47-48页 |
| 2.4.4 DehDIV-R结构解析与评价 | 第48-50页 |
| 2.4.5 DehDIV-R整体结构 | 第50-52页 |
| 2.4.6 DehDIV-R复合物结构解析 | 第52-54页 |
| 2.4.7 限制性分子动力学计算探究DehDIV-R底物立体选择性 | 第54-55页 |
| 2.5 本章小结 | 第55-57页 |
| 第三章 脂肪酶PaL构象变化研究 | 第57-72页 |
| 3.1 引言 | 第57页 |
| 3.2 实验材料 | 第57页 |
| 3.2.1 菌株与质粒 | 第57页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第57页 |
| 3.2.3 培养基以及试剂制备 | 第57页 |
| 3.2.4 仪器 | 第57页 |
| 3.3 实验方法 | 第57-60页 |
| 3.3.1 PaL蛋白的表达 | 第57-58页 |
| 3.3.2 PaL蛋白的纯化 | 第58页 |
| 3.3.3 PaL晶体的培养 | 第58-59页 |
| 3.3.4 冷冻保护剂的筛选 | 第59页 |
| 3.3.5 PaL衍射数据的收集、处理以及结构解析 | 第59页 |
| 3.3.6 PaL分子动力学模拟计算 | 第59-60页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第60-71页 |
| 3.4.1 PaL蛋白纯化 | 第60-61页 |
| 3.4.2 PaL结晶条件的初筛与优化 | 第61-63页 |
| 3.4.3 PaL衍射数据收集处理与结构解析 | 第63-66页 |
| 3.4.4 PaL复合物结构解析 | 第66-67页 |
| 3.4.5 分子动力学模拟探究PaL构象变化 | 第67-71页 |
| 3.5 本章小结 | 第71-72页 |
| 第四章 脂肪酶PaL拆分四对外消旋薄荷醇丙酸酯的分子识别机理研究 | 第72-82页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 实验材料 | 第72-73页 |
| 4.2.1 主要试剂 | 第72页 |
| 4.2.2 试剂配制 | 第72-73页 |
| 4.3 实验方法 | 第73-75页 |
| 4.3.1 PaL水解四对外消旋薄荷醇丙酸酯 | 第73页 |
| 4.3.2 对接受体蛋白准备 | 第73页 |
| 4.3.3 配体四对外消旋薄荷醇丙酸酯的准备 | 第73页 |
| 4.3.4 配体与脂肪酶PaL分子对接 | 第73页 |
| 4.3.5 建立小分子配体的电荷与力场参数 | 第73-74页 |
| 4.3.6 建立非标准氨基酸Ser164力场参数 | 第74页 |
| 4.3.7 分子动力学计算 | 第74-75页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第75-81页 |
| 4.4.1 PaL拆分四对外消旋薄荷醇丙酸酯 | 第75页 |
| 4.4.2 PaL与四对薄荷醇丙酸酯分子动力学计算结果 | 第75-80页 |
| 4.4.3 PaL拆分四对外消旋薄荷醇丙酸酯的分子识别机理 | 第80-81页 |
| 4.5 本章小结 | 第81-82页 |
| 第五章 结论与展望 | 第82-84页 |
| 5.1 结论 | 第82页 |
| 5.2 展望 | 第82-84页 |
| 5.2.1 R-2-卤代酸脱卤酶DehDIV-R | 第82-83页 |
| 5.2.2 脂肪酶PaL | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-91页 |
| 附录Ⅰ | 第91-92页 |
| 附录Ⅱ | 第92-96页 |
| 作者简历 | 第96页 |
