基于高通量测序技术的连翘转录组分析及SSR分子标记的开发
| 摘要 | 第6-7页 |
| 前言 | 第7-16页 |
| 1 连翘 | 第7-9页 |
| 1.1 连翘简介 | 第7页 |
| 1.2 连翘有效成分 | 第7-8页 |
| 1.3 连翘的分布 | 第8-9页 |
| 2 高通量测序技术 | 第9-11页 |
| 2.1 高通量测序技术的发展 | 第9-10页 |
| 2.2 高通量测序技术的应用 | 第10-11页 |
| 3 分子标记方法 | 第11-14页 |
| 3.1 RAPD技术 | 第11页 |
| 3.2 AFLP技术 | 第11-12页 |
| 3.3 SSR分子标记 | 第12页 |
| 3.4 EST-SSR技术 | 第12-13页 |
| 3.5 ISSR简单重复区间扩增多态性分子标记 | 第13页 |
| 3.6 其他标记方法 | 第13-14页 |
| 4 高通量技术在分子标记中的应用 | 第14-15页 |
| 5 研究目的和意义 | 第15-16页 |
| 材料和方法 | 第16-27页 |
| 1 试验材料 | 第16页 |
| 1.1 植物材料 | 第16页 |
| 1.2 试剂 | 第16页 |
| 2 连翘根RNA提取和电泳检测 | 第16-18页 |
| 2.1 RNA提取方法 | 第17页 |
| 2.2 OD_(260)测定RNA浓度 | 第17页 |
| 2.3 RNA电泳 | 第17-18页 |
| 3 高通量测序 | 第18-20页 |
| 3.1 文库构建和测序 | 第18页 |
| 3.2 序列拼接 | 第18页 |
| 3.3 基因结构注释、基因功能注释 | 第18-20页 |
| 3.3.1 基因结构分析 | 第20页 |
| 3.3.2 基因功能注释 | 第20页 |
| 4 SSR多态性分析 | 第20-27页 |
| 4.1 基因组DNA提取 | 第20-21页 |
| 4.2 SSR引物的筛选 | 第21-26页 |
| 4.3 PCR扩增 | 第26页 |
| 4.4 电泳检测 | 第26-27页 |
| 结果与分析 | 第27-47页 |
| 1 采样 | 第27页 |
| 2 RNA提取 | 第27-28页 |
| 3 文库构建和测序 | 第28-34页 |
| 3.1 测序数据统计与评估 | 第28-30页 |
| 3.1.1 测序质量值分布检查 | 第28-29页 |
| 3.1.2 碱基分布检查 | 第29-30页 |
| 3.2 组装 | 第30-32页 |
| 3.3 Unigene数据库构建 | 第32-34页 |
| 4 基因结构注释、基因表达分析和基因功能注释 | 第34-44页 |
| 4.1 基因结构分析 | 第34-36页 |
| 4.1.1 ORF预测 | 第34-35页 |
| 4.1.2 SSR分析 | 第35-36页 |
| 4.2 基因功能注释 | 第36-42页 |
| 4.2.1 Unigenes的GO分类 | 第36-38页 |
| 4.2.2 Unigenes的COG注释 | 第38页 |
| 4.2.3 Unigenes的KEGG注释 | 第38-42页 |
| 4.3 基因表达丰度 | 第42-44页 |
| 4.3.1 插入片段分布 | 第42-43页 |
| 4.3.2 测序饱和度分析 | 第43-44页 |
| 4.3.3 测序随机性统计分析 | 第44页 |
| 5 SSR多态性分析 | 第44-47页 |
| 讨论 | 第47-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| Abstract | 第53页 |
| 研究生期间发表论文 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
