| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-33页 |
| 1.1 问题的由来 | 第12-14页 |
| 1.2 3D基因组学 | 第14-24页 |
| 1.2.1 3D基因组学概述 | 第14-16页 |
| 1.2.2 染色质构象捕获技术 | 第16-18页 |
| 1.2.3 3D基因组与本研究的关系 | 第18-24页 |
| 1.3 3D基因组用于组装染色体与研究转录调控的的研究背景 | 第24-30页 |
| 1.3.1 基因组组装现状 | 第24-26页 |
| 1.3.2 染色质构象捕获技术用于基因组组装研究的现状 | 第26-28页 |
| 1.3.3 3D基因组在转录调控研究中的应用 | 第28-30页 |
| 1.4 本研究目的和意义 | 第30-33页 |
| 第二章 油菜染色质交互实验测定与数据评价 | 第33-56页 |
| 2.1 引言 | 第33-34页 |
| 2.2 实验材料 | 第34-36页 |
| 2.2.1 实验材料的来源、种植以及取样 | 第34-35页 |
| 2.2.2 试剂与耗材 | 第35页 |
| 2.2.3 主要实验仪器 | 第35-36页 |
| 2.2.4 工具酶及缓冲液 | 第36页 |
| 2.2.5 引物与测序分析 | 第36页 |
| 2.3 实验方法 | 第36-41页 |
| 2.3.1 Hi-C染色质交互文库的构建 | 第37-41页 |
| 2.3.2 测序文库构建 | 第41页 |
| 2.3.3 单克隆测序及高通量测序 | 第41页 |
| 2.4 数据来源与处理 | 第41-45页 |
| 2.4.1 甘蓝型油菜参考基因组数据的来源 | 第41-42页 |
| 2.4.2 Hi-C数据预处理 | 第42-44页 |
| 2.4.3 交互矩阵的构建和重复性检验 | 第44-45页 |
| 2.4.4 交互数据的校正 | 第45页 |
| 2.5 结果与分析 | 第45-54页 |
| 2.5.1 甘蓝型油菜全基因组染色质交互文库的质量评价 | 第45-46页 |
| 2.5.2 原始测序数据的质量评估结果 | 第46-47页 |
| 2.5.3 原始测序数据的比对 | 第47-48页 |
| 2.5.4 原始测序数据的分配与过滤 | 第48-50页 |
| 2.5.5 交互矩阵的构建和重复性检验的结果 | 第50-52页 |
| 2.5.6 交互矩阵校正的结果 | 第52-54页 |
| 2.6 本章小结 | 第54-56页 |
| 第三章 基于染色质交互辅助组装甘蓝型油菜基因组 | 第56-69页 |
| 3.1 引言 | 第56-57页 |
| 3.2 材料与方法 | 第57-60页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第57-58页 |
| 3.2.2 油菜unassigned scaffolds染色体号的确定 | 第58页 |
| 3.2.3 油菜unplace scaffolds位置和方向的确定 | 第58-59页 |
| 3.2.4 稳健性（robust）分析 | 第59-60页 |
| 3.3 结果与分析 | 第60-67页 |
| 3.3.1 油菜unassigned scaffolds染色体号的确定结果 | 第60-62页 |
| 3.3.2 油菜unplaced scaffolds的排序与定向结果 | 第62-66页 |
| 3.3.3 组装方法的稳健性（robust）分析 | 第66-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-69页 |
| 第四章 甘蓝型油菜中蛋白-蛋白作用基因在染色质 3D结构上的特征 | 第69-80页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 材料和方法 | 第70-73页 |
| 4.2.1 基于直系同源的方法预测甘蓝型油菜中蛋白-蛋白相互作用 | 第70-72页 |
| 4.2.2 蛋白-蛋白作用基因在染色质 3D结构上的特征分析 | 第72-73页 |
| 4.3 结果和分析 | 第73-78页 |
| 4.3.1 甘蓝型油菜中蛋白-蛋白作用的预测结果 | 第73-74页 |
| 4.3.2 甘蓝型油菜中蛋白-蛋白作用基因在染色质 3D结构上的特征 | 第74-78页 |
| 4.4 本章小结 | 第78-80页 |
| 第五章 结论与展望 | 第80-83页 |
| 5.1 结论 | 第80-81页 |
| 5.2 展望 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-94页 |
| 附录 | 第94-95页 |
| 攻读博士学位期间发表论文目录 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
