| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 缩略词 | 第11-19页 |
| 1 文献综述 | 第19-43页 |
| 1.1 杜仲的特点、分布及作用 | 第19-23页 |
| 1.1.1 杜仲的起源与分布 | 第19-20页 |
| 1.1.2 杜仲形态发育 | 第20页 |
| 1.1.3 杜仲培育技术 | 第20-21页 |
| 1.1.4 杜仲胶的利用 | 第21-22页 |
| 1.1.5 杜仲药理作用 | 第22页 |
| 1.1.6 杜仲功能食品的开发 | 第22-23页 |
| 1.1.7 杜仲功能饲料的开发 | 第23页 |
| 1.2 转录组的相关研究进展 | 第23-31页 |
| 1.2.1 转录组研究的主要技术方法及其原理 | 第23页 |
| 1.2.2 基因芯片 | 第23-25页 |
| 1.2.3 基因表达系列分析 | 第25-26页 |
| 1.2.4 大规模平行信号测序系统 | 第26页 |
| 1.2.5 转录组测序技术 | 第26-29页 |
| 1.2.6 转录组研究的主要应用 | 第29-31页 |
| 1.3 杜仲重要次生代谢物质 | 第31-41页 |
| 1.3.1 苯丙素和木脂素类化合物 | 第32-35页 |
| 1.3.2 α-亚麻酸 | 第35-38页 |
| 1.3.3 黄酮类物质 | 第38-39页 |
| 1.3.4 萜类物质 | 第39-41页 |
| 1.4 项目来源与经费支持 | 第41页 |
| 1.5 研究的目的意义 | 第41-43页 |
| 2 材料与方法 | 第43-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第43页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第43页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第43页 |
| 2.2 转录组分析的实验方法和技术路线 | 第43-50页 |
| 2.2.1 杜仲样品RNA提取 | 第44-45页 |
| 2.2.2 转录组测序方法 | 第45页 |
| 2.2.3 转录组数据组装方法 | 第45-46页 |
| 2.2.4 Unigene功能注释方法和流程 | 第46-49页 |
| 2.2.5 本研究总的技术路线 | 第49-50页 |
| 3 杜仲转录组数据组装和功能注释 | 第50-73页 |
| 3.1 杜仲叶片和果实转录组数据组装 | 第50-56页 |
| 3.1.1 Contig片段组装 | 第50-52页 |
| 3.1.2 Scaffold片段组装 | 第52-53页 |
| 3.1.3 Unigene数据组装 | 第53-56页 |
| 3.2 杜仲转录组功能注释 | 第56-69页 |
| 3.2.1 杜仲转录组cds的blast分析 | 第56-59页 |
| 3.2.2 杜仲叶片和果实转录组的COG分析 | 第59-62页 |
| 3.2.3 Unigene的基因功能分类 | 第62-65页 |
| 3.2.4 杜仲转录组的KEGG代谢途径分类 | 第65-69页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第69-73页 |
| 3.3.1 小结 | 第69-70页 |
| 3.3.2 讨论 | 第70-73页 |
| 4 杜仲绿原酸生物合成途径基因多样性及全长CDNA特征 | 第73-112页 |
| 4.1 杜仲转录组中绿原酸生物合成途径中被注释的UNIGENE基因 | 第74页 |
| 4.2 杜仲叶片和果实绿原酸合成途径系列基因的确定 | 第74-78页 |
| 4.3 杜仲绿原酸合成系列基因多样性及全长cDNA特征 | 第78-84页 |
| 4.3.1 EuPAL基因的多样性和表达调控规律 | 第78-80页 |
| 4.3.2 EuC4H基因的多样性和表达调控规律 | 第80-81页 |
| 4.3.3 Eu4CL基因的多样性和表达调控规律 | 第81-83页 |
| 4.3.4 EuHCT基因的多样性和表达调控规律 | 第83-84页 |
| 4.4 EUPAL基因全长cDNA序列特征 | 第84-91页 |
| 4.4.1 EuPAL基因与其他植物种的相似性 | 第84-86页 |
| 4.4.2 EuPAL编码蛋白质的理化特性 | 第86页 |
| 4.4.3 EuPAL编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第86页 |
| 4.4.4 EuPAL编码蛋白的二级结构与保守结构域预测 | 第86-88页 |
| 4.4.5 EuPAL编码蛋白的三级结构预测 | 第88-89页 |
| 4.4.6 PAL基因系统进化树 | 第89-91页 |
| 4.5 EUC4H基因全长cDNA序列特征 | 第91-98页 |
| 4.5.1 EuC4H基因与其他植物种序列相似性 | 第91-92页 |
| 4.5.2 EuC4H编码蛋白的理化特性 | 第92页 |
| 4.5.3 EuC4H编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第92-93页 |
| 4.5.4 EuC4H编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第93-95页 |
| 4.5.5 EuC4H编码蛋白三级结构 | 第95页 |
| 4.5.6 C4H基因系统进化树 | 第95-98页 |
| 4.6 Eu4CL基因全长cDNA序列特征 | 第98-102页 |
| 4.6.1 Eu4CL基因的鉴定 | 第98页 |
| 4.6.2 Eu4CL编码蛋白的理化特性 | 第98-99页 |
| 4.6.3 Eu4CL编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第99页 |
| 4.6.4 Eu4CL编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第99-100页 |
| 4.6.5 Eu4CL编码蛋白三级结构预测 | 第100-101页 |
| 4.6.6 4CL基因的系统进化树 | 第101-102页 |
| 4.7 EUHCT基因全长cDNA序列特征 | 第102-108页 |
| 4.7.1 EuHCT基因与其他植物种序列相似性 | 第102-103页 |
| 4.7.2 EuHCT编码蛋白的理化特性 | 第103页 |
| 4.7.3 EuHCT编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第103-104页 |
| 4.7.4 EuHCT编码蛋白的二级结构与保守结构域预测 | 第104页 |
| 4.7.5 EuHCT编码蛋白的三级结构 | 第104-105页 |
| 4.7.6 HCT基因系统进化树 | 第105-108页 |
| 4.8 小结与讨论 | 第108-112页 |
| 4.8.1 小结 | 第108-110页 |
| 4.8.2 讨论 | 第110-112页 |
| 5 杜仲α-亚麻酸生物合成系列基因多样性及全长CDNA特征 | 第112-136页 |
| 5.1 杜仲α-亚麻酸生物合成途径中注释的UNIGENE | 第112-114页 |
| 5.1.1 幼果和成果中α-亚麻酸生物合成途径中注释的Unigene | 第112-114页 |
| 5.1.2 叶片和幼果中α-亚麻酸生物合成途径中注释的Unigene | 第114页 |
| 5.2 杜仲α-亚麻酸生物合成关键酶基因的确定 | 第114-116页 |
| 5.2.1 幼果和成果中α-亚麻酸生物合成关键酶基因的确定 | 第114-115页 |
| 5.2.2 幼果和叶片中α-亚麻酸生物合成相关酶基因的确定 | 第115-116页 |
| 5.3 杜仲α-亚麻酸合成系列基因的多样性及表达规律 | 第116-121页 |
| 5.3.1 EuFatA基因的多样性和表达调控规律 | 第116-117页 |
| 5.3.2 EuSAD基因的多样性和表达调控规律 | 第117-118页 |
| 5.3.3 EuFAD2基因的多样性和表达调控规律 | 第118-120页 |
| 5.3.4 EuFAD3基因的多样性和表达调控规律 | 第120-121页 |
| 5.4 EUFATA基因的cDNA全长序列特征 | 第121-126页 |
| 5.4.1 EuFatA基因的鉴定 | 第121页 |
| 5.4.2 EuFatA编码蛋白的理化特性 | 第121页 |
| 5.4.3 EuFatA编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第121-122页 |
| 5.4.4 EuFatA编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第122-123页 |
| 5.4.5 EuFatA编码蛋白三级结构 | 第123-124页 |
| 5.4.6 FatA基因系统进化树 | 第124-126页 |
| 5.5 EUSAD基因全长cDNA序列特征 | 第126-129页 |
| 5.5.1 SAD基因的鉴定 | 第126页 |
| 5.5.2 EuSAD编码蛋白的理化特性 | 第126页 |
| 5.5.3 EuSAD编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第126-127页 |
| 5.5.4 EuSAD编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第127-128页 |
| 5.5.5 EuSAD编码蛋白三级结构 | 第128-129页 |
| 5.5.6 SAD基因系统进化树 | 第129页 |
| 5.6 EUFAD3基因全长cDNA序列特征 | 第129-134页 |
| 5.6.1 EuFAD3基因的鉴定 | 第129-130页 |
| 5.6.2 EuFAD3编码蛋白的理化特性 | 第130页 |
| 5.6.3 EuFAD3编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第130-131页 |
| 5.6.4 EuFAD3编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第131-132页 |
| 5.6.5 EuFAD3编码蛋白三级结构 | 第132页 |
| 5.6.6 FAD3基因系统进化树 | 第132-134页 |
| 5.7 小结与讨论 | 第134-136页 |
| 5.7.1 小结 | 第134-135页 |
| 5.7.2 讨论 | 第135-136页 |
| 6 杜仲槲皮素和山奈酚生物合成途径相关酶基因特征 | 第136-162页 |
| 6.1 杜仲转录组中槲皮素和山奈酚合成途径中被注释的UNIGENE基因 | 第137-139页 |
| 6.2 杜仲槲皮素、山奈酚合成途径相关酶基因的确定 | 第139-141页 |
| 6.3 杜仲槲皮素、山奈酚合成系列基因的多样性及表达规律 | 第141-145页 |
| 6.3.1 EuCHS基因的多样性和表达调控规律 | 第141-142页 |
| 6.3.2 EuCHI基因的多样性和表达调控规律 | 第142-143页 |
| 6.3.3 EuF3H基因的多样性和表达调控规律 | 第143-144页 |
| 6.3.4 EuF3'H基因的多样性和表达调控规律 | 第144页 |
| 6.3.5 EuFLS基因的多样性和表达调控规律 | 第144-145页 |
| 6.4 EUCHS基因cDNA序列特征 | 第145-151页 |
| 6.4.1 EuCHS基因的鉴定 | 第145-146页 |
| 6.4.2 EuCHS编码蛋白的理化特性 | 第146页 |
| 6.4.3 EuCHS编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第146-147页 |
| 6.4.4 EuCHS编码蛋白二级结构与保守结构域预测 | 第147-148页 |
| 6.4.5 EuCHS编码蛋白三级结构 | 第148页 |
| 6.4.6 CHS基因系统进化树 | 第148-151页 |
| 6.5 EUCHI基因的序列特征 | 第151-154页 |
| 6.5.1 EuCHI基因cDNA全长序列鉴定 | 第151页 |
| 6.5.2 EuCHI编码蛋白的理化特性 | 第151页 |
| 6.5.3 EuCHI编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第151-152页 |
| 6.5.4 EuCHI编码蛋白的二级结构与保守结构域预测 | 第152-153页 |
| 6.5.5 EuCHI编码蛋白的三级结构预测 | 第153页 |
| 6.5.6 EuCHI基因系统进化树 | 第153-154页 |
| 6.6 EUF3'H基因的全长cDNA序列特征 | 第154-159页 |
| 6.6.1 EuF3'H基因的鉴定 | 第154-155页 |
| 6.6.2 EuF3'H编码蛋白的理化特性 | 第155页 |
| 6.6.3 EuF3'H编码蛋白的疏水/亲水性分析 | 第155-156页 |
| 6.6.4 EuF3'H编码蛋白的二级结构与保守结构域预测 | 第156-157页 |
| 6.6.5 EuF3'H编码蛋白的三级结构预测 | 第157页 |
| 6.6.6 EuF3'H基因系统进化树 | 第157-159页 |
| 6.7 小结与讨论 | 第159-162页 |
| 6.7.1 小结 | 第159-160页 |
| 6.7.2 讨论 | 第160-162页 |
| 7 结论与创新点 | 第162-166页 |
| 7.1 结论 | 第162-164页 |
| 7.2 创新点 | 第164-166页 |
| 参考文献 | 第166-187页 |
| 攻读学位期间的主要学术成果 | 第187-188页 |
| 致谢 | 第188页 |
