| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 生物信息学简介 | 第12-19页 |
| 1.1.1 生物信息学的兴起和发展 | 第12-14页 |
| 1.1.2 基因组测序对生物信息发展的影响 | 第14-17页 |
| 1.1.2.1 测序技术的发展 | 第14-15页 |
| 1.1.2.2 测序速度与成本 | 第15-16页 |
| 1.1.2.3 测序技术带来的挑战及展望 | 第16-17页 |
| 1.1.3 比较基因组学的兴起 | 第17-18页 |
| 1.1.4 编程语言及操作系统的介绍 | 第18-19页 |
| 1.2 微卫星序列简介 | 第19-22页 |
| 1.2.1 重复序列的分类 | 第19-20页 |
| 1.2.2 微卫星序列的突变机制 | 第20-21页 |
| 1.2.3 微卫星序列的分布、功能及应用 | 第21-22页 |
| 1.3 疱疹病毒 (Herpesvirus)简介 | 第22-25页 |
| 1.3.1 疱疹病毒的分类 | 第22页 |
| 1.3.2 疱疹病毒颗粒结构和基因组特征 | 第22-24页 |
| 1.3.3 疱疹病毒粒子的复制增殖机制 | 第24-25页 |
| 1.4 本研究工作的内容、目的和意义 | 第25-28页 |
| 第2章 疱疹病毒目(Herpesvirales)基因组中微卫星分析 | 第28-41页 |
| 2.1 前言 | 第28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-32页 |
| 2.2.1 数据集 | 第28-30页 |
| 2.2.2 统计基因组的长度和GC百分含量 | 第30页 |
| 2.2.3 随机序列的产生和微卫星的提取 | 第30-31页 |
| 2.2.4 复合型微卫星的抽提分析 | 第31页 |
| 2.2.5 统计量 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-40页 |
| 2.3.1 微卫星/复合型微卫星的数量、相对丰度、相对密度 | 第32-36页 |
| 2.3.2 皮尔逊（Pearson）线性相关分析 | 第36-37页 |
| 2.3.3 d_(max)对复合型微卫星的影响 | 第37-38页 |
| 2.3.4 复合型微卫星的复杂程度和出现位置的关系 | 第38-39页 |
| 2.3.5 微卫星/复合型微卫星的分布与寄主之间的关系 | 第39-40页 |
| 2.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 第3章 疱疹病毒参考序列和随机序列中微卫星差异分析 | 第41-53页 |
| 3.1 前言 | 第41页 |
| 3.2 材料与方法 | 第41-43页 |
| 3.2.1 选材 | 第41页 |
| 3.2.2 随机序列的产生和微卫星的抽提 | 第41页 |
| 3.2.3 分段统计参考序列和随机序列中的微卫星的相对密度 | 第41-42页 |
| 3.2.4 全基因组比较分析 | 第42-43页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第43-51页 |
| 3.3.1 重复单元长度和重复次数对重复序列的影响 | 第43页 |
| 3.3.2 参考序列和随机序列上微卫星的相对密度的差异 | 第43-44页 |
| 3.3.3 参考序列中重复序列的扩增 | 第44-45页 |
| 3.3.4 疱疹病毒的基因组结构和重复序列分布的关系 | 第45-47页 |
| 3.3.5 保守的长重复序列(TTAGGG)_n | 第47-49页 |
| 3.3.6 单纯疱疹病毒属 (Simplexvirus)全基因组比较 | 第49-51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-61页 |
| 附录一 攻读硕士期间发表的学术论文目录 | 第61-62页 |
| 附录二 程序：统计基因组的GC含量和长度 | 第62-64页 |
| 附录三 程序：产生随机序列并提取微卫星 | 第64-67页 |
| 附录四 程序：提取复合型微卫星 | 第67-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
