| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 中英文对照 | 第7-10页 |
| 1 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 植物耐盐性分子调节机制 | 第10-12页 |
| 1.1.1 渗透调节机制 | 第10-11页 |
| 1.1.2 离子平衡机制 | 第11-12页 |
| 1.1.3 活性氧清除机制 | 第12页 |
| 1.2 菊芋简介 | 第12-14页 |
| 1.3 转录组学研究概述 | 第14页 |
| 1.4 研究的目的及意义 | 第14-15页 |
| 1.5 技术路线 | 第15-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第17页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第17页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第17页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-28页 |
| 2.2.1 菊芋幼苗的培养及盐胁迫处理 | 第17页 |
| 2.2.2 转录组测序文库的制备 | 第17-18页 |
| 2.2.3 转录组聚类和测序 | 第18页 |
| 2.2.4 测序数据的质量评估 | 第18-20页 |
| 2.2.5 转录组重新拼接 | 第20页 |
| 2.2.6 基因功能注释 | 第20-21页 |
| 2.2.7 基因表达水平 | 第21页 |
| 2.2.8 RNA-seq整体质量评估 | 第21-22页 |
| 2.2.9 差异表达分析 | 第22-23页 |
| 2.2.10 差异基因GO（Gene ontology）富集分析 | 第23页 |
| 2.2.11 差异基因KEGG（Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes）富集分析 | 第23-24页 |
| 2.2.12 蛋白质互作分析（PPI，Protein Protein Interaction） | 第24页 |
| 2.2.13 菊芋根转录组分析结果验证 | 第24-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-41页 |
| 3.1 盐胁迫对菊芋生长的影响 | 第28页 |
| 3.2 菊芋根Illumina测序结果 | 第28-29页 |
| 3.3 菊芋根的Unigenes功能注释 | 第29-31页 |
| 3.4 菊芋根的Unigenes GO富集分析 | 第31-32页 |
| 3.5 菊芋根的Unigenes KOG功能分类 | 第32-33页 |
| 3.6 菊芋根的Unigenes KEGG pathway功能分类 | 第33-34页 |
| 3.7 菊芋根中表达基因分析 | 第34-35页 |
| 3.8 菊芋根的差异表达基因GO富集分析 | 第35-37页 |
| 3.9 菊芋根的差异表达基因KEGG pathway功能分类 | 第37-39页 |
| 3.10 菊芋根的差异表达基因的实时定量PCR验证 | 第39-41页 |
| 4 讨论 | 第41-46页 |
| 4.1 与菊芋根代谢过程相关基因 | 第42-43页 |
| 4.2 与菊芋根中核糖体激活和翻译过程相关基因 | 第43页 |
| 4.3 与菊芋根中氧化还原酶活性相关基因 | 第43-44页 |
| 4.4 与菊芋根中离子结合和离子运输相关基因 | 第44页 |
| 4.5 与菊芋根中蛋白质磷酸化相关基因 | 第44-45页 |
| 4.6 与菊芋根防御与胁迫应答相关基因 | 第45-46页 |
| 5 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-61页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
