| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 主要英文缩写及译名 | 第14-20页 |
| 第1章 绪论 | 第20-32页 |
| 1.1 肠道粘膜免疫系统的粘液层 | 第20-22页 |
| 1.1.1 先天性免疫因子 | 第21页 |
| 1.1.2 适应性免疫因子 | 第21-22页 |
| 1.2 肠道免疫细胞 | 第22-25页 |
| 1.2.1 髓细胞 | 第22-23页 |
| 1.2.2 淋巴细胞 | 第23-24页 |
| 1.2.3 杯状细胞 | 第24-25页 |
| 1.3 水生动物多聚免疫球蛋白受体(pIgR)的研究进展 | 第25-30页 |
| 1.3.1 pIgR的结构 | 第27-28页 |
| 1.3.2 pIgR的表达调控 | 第28页 |
| 1.3.3 pIgR的生物学作用 | 第28-29页 |
| 1.3.4 水产动物pIgR的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第30-31页 |
| 1.5 技术路线图 | 第31-32页 |
| 第2章 中华鳖肠道粘膜免疫相关细胞的形态学观察和研究 | 第32-50页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第32-34页 |
| 2.1.1 实验仪器 | 第32-33页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第33页 |
| 2.1.3 主要试剂配置 | 第33-34页 |
| 2.2 实验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 实验动物与菌株 | 第34页 |
| 2.2.2 超薄切片和透射电镜观察 | 第34-35页 |
| 2.2.3 灌喂脂多糖和温和气单胞菌 | 第35页 |
| 2.2.4 肠道组织切片和染色 | 第35-37页 |
| 2.2.5 上皮内淋巴细胞和杯状细胞计数 | 第37页 |
| 2.2.6 中华鳖肠道组织总RNA的提取 | 第37页 |
| 2.2.7 利用荧光定量PCR检测免疫相关基因的表达变化 | 第37-39页 |
| 2.2.8 数据统计分析 | 第39页 |
| 2.3 实验结果 | 第39-46页 |
| 2.3.1 中华鳖肠道超微结构 | 第39-41页 |
| 2.3.2 脂多糖和温和气单胞菌对中华鳖肠道上皮内淋巴细胞数目的影响 | 第41-43页 |
| 2.3.3 脂多糖和温和气单胞菌对中华鳖肠道上杯状细胞数目的影响 | 第43-45页 |
| 2.3.4 脂多糖和温和气单胞菌对中华鳖肠道免疫相关基因表达的影响 | 第45-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-48页 |
| 2.5 本章小结 | 第48-50页 |
| 第3章 转录组学方法研究肠道粘膜免疫机制 | 第50-70页 |
| 3.1 材料与仪器 | 第50-52页 |
| 3.1.1 实验仪器 | 第50-51页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第51页 |
| 3.1.3 主要试剂配置 | 第51页 |
| 3.1.4 主要数据库 | 第51-52页 |
| 3.2 实验方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 实验动物 | 第52页 |
| 3.2.2 组织学检查 | 第52-53页 |
| 3.2.3 RNA提取 | 第53页 |
| 3.2.4 RNA-seq测序文库制备和Illumina测序 | 第53页 |
| 3.2.5 RNA-seq数据分析 | 第53-54页 |
| 3.2.6 功能富集分析 | 第54页 |
| 3.2.7 荧光定量PCR验证差异表达基因 | 第54页 |
| 3.2.8 统计学分析 | 第54页 |
| 3.3 实验结果 | 第54-60页 |
| 3.3.1 IELs和杯状细胞的分布和数据统计 | 第54-57页 |
| 3.3.2 转录组序列组装 | 第57页 |
| 3.3.3 差异基因的功能注释和分类 | 第57-59页 |
| 3.3.4 鉴定免疫相关基因 | 第59-60页 |
| 3.3.5 qRT-PCR验证RNA-seq结果 | 第60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-67页 |
| 3.4.1 病原体识别 | 第61-64页 |
| 3.4.2 白细胞 | 第64-65页 |
| 3.4.3 细胞因子 | 第65-66页 |
| 3.4.4 凋亡 | 第66-67页 |
| 3.4.5 脂类/维生素的消化和吸收 | 第67页 |
| 3.4.6 IgA产生的免疫网络 | 第67页 |
| 3.5 本章小结 | 第67-70页 |
| 第4章 中华鳖pIgR基因的克隆及其对外源刺激的免疫应答 | 第70-96页 |
| 4.1 材料与仪器 | 第71-72页 |
| 4.1.1 实验试剂 | 第71页 |
| 4.1.2 主要试剂配制 | 第71-72页 |
| 4.2 实验方法 | 第72-81页 |
| 4.2.1 实验动物 | 第72-73页 |
| 4.2.2 pIgR生物信息学分析 | 第73页 |
| 4.2.3 pIgR全长的克隆、组织及胚胎表达分析 | 第73-77页 |
| 4.2.4 外源刺激物对中华鳖pIgR基因表达的影响 | 第77-78页 |
| 4.2.5 pIgR的抗原表位设计和多克隆抗体的制作 | 第78页 |
| 4.2.6 Western blot检测 | 第78-80页 |
| 4.2.7 免疫组化分析 | 第80-81页 |
| 4.2.8 数据统计分析 | 第81页 |
| 4.3 结果 | 第81-92页 |
| 4.3.1 pIgR基因序列和同源性分析 | 第81-84页 |
| 4.3.2 多序列比对和系统发育树的构建 | 第84-86页 |
| 4.3.3 pIgR的全长克隆 | 第86页 |
| 4.3.4 pIgR在不同组织中的表达 | 第86-87页 |
| 4.3.5 pIgR在中华鳖不同胚胎发育时期的表达 | 第87-88页 |
| 4.3.6 温和气单胞菌对消化道pIgR基因表达的影响 | 第88-89页 |
| 4.3.7 脂多糖对消化道pIgR基因表达的影响 | 第89-90页 |
| 4.3.8 脂多糖对肠道pIgR蛋白表达的影响 | 第90-92页 |
| 4.4 讨论 | 第92-94页 |
| 4.5 本章小结 | 第94-96页 |
| 第5章 中华鳖口服纳米疫苗及免疫效果的研究 | 第96-120页 |
| 5.1 材料和仪器 | 第96-99页 |
| 5.1.1 实验试剂 | 第96-97页 |
| 5.1.2 主要试剂配制 | 第97-98页 |
| 5.1.3 实验仪器 | 第98-99页 |
| 5.2 实验方法 | 第99-103页 |
| 5.2.1 实验动物 | 第99页 |
| 5.2.2 病原菌外膜蛋白的提取 | 第99页 |
| 5.2.3 羧甲基壳聚糖纳米粒的制作和性质鉴定 | 第99-101页 |
| 5.2.4 含荧光标记的羧甲基壳聚糖纳米粒的制作和性质鉴定 | 第101页 |
| 5.2.5 羧甲基壳聚糖纳米颗粒疫苗的制作和口服免疫效果 | 第101-103页 |
| 5.2.6 数据统计分析 | 第103页 |
| 5.3 实验结果 | 第103-116页 |
| 5.3.1 细菌外膜蛋白的提取 | 第103-104页 |
| 5.3.2 羧甲基壳聚糖纳米粒的制作 | 第104-106页 |
| 5.3.3 纳米颗粒的包封率检测 | 第106页 |
| 5.3.4 羧甲基壳聚糖纳米颗粒稳定性测定 | 第106-108页 |
| 5.3.5 组织病理学分析 | 第108页 |
| 5.3.6 FITC标记的羧甲基壳聚糖纳米颗粒的示踪 | 第108-112页 |
| 5.3.7 肠道上杯状细胞的数目变化 | 第112-113页 |
| 5.3.8 荧光定量检测免疫相关基因的表达 | 第113-116页 |
| 5.4 讨论 | 第116-119页 |
| 5.5 本章小结 | 第119-120页 |
| 第6章 研究结果及展望 | 第120-123页 |
| 6.1 研究结果 | 第120-121页 |
| 6.2 主要创新点 | 第121页 |
| 6.3 不足和展望 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-144页 |
| 作者简历及攻读博士期间发表的论文 | 第144-146页 |
| 附录一 | 第146-148页 |
| 附录二 | 第148-149页 |
