| 中文摘要 | 第2-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 符号说明 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| 1 多倍体的研究现状 | 第14-26页 |
| 1.1 多倍体研究的研究意义 | 第14-15页 |
| 1.2 植物多倍体的分类 | 第15-16页 |
| 1.3 植物多倍化后表型与生理形态的变化 | 第16-17页 |
| 1.4 多倍化过程基因组变异和表观遗传变异 | 第17-21页 |
| 1.4.1 多倍化后引起的基因表达变异 | 第17-20页 |
| 1.4.2 多倍化造成的表观遗传变异 | 第20-21页 |
| 1.5 DNA甲基化 | 第21-22页 |
| 1.6 核仁显性 | 第22页 |
| 1.7 组蛋白修饰 | 第22-23页 |
| 1.8 转座子激活 | 第23-26页 |
| 2 人工合成的异源四倍体甘蓝型油菜研究现状 | 第26-29页 |
| 2.1 甘蓝型油菜的起源 | 第26-28页 |
| 2.2 人工合成甘蓝型油菜的研究现状 | 第28-29页 |
| 3 选题来源及意义 | 第29-31页 |
| 第二章 人工合成甘蓝型油菜与二倍体亲本表型比较分析 | 第31-49页 |
| 前言 | 第31页 |
| 2.1 材料与方法 | 第31-33页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第31页 |
| 2.1.2 田间试验 | 第31-32页 |
| 2.1.3 扫描电子显微镜观察 | 第32页 |
| 2.1.4 光学显微镜与透射电子显微镜的观察 | 第32页 |
| 2.1.5 蛋白体和油体的面积、长度和数目统计 | 第32-33页 |
| 2.1.6 叶上下表面气孔数目统计 | 第33页 |
| 2.1.7 花粉活性观察 | 第33页 |
| 2.1.8 数据分析 | 第33页 |
| 2.2 结果与分析 | 第33-45页 |
| 2.2.1 植株形态特征和农艺性状的考察 | 第33-36页 |
| 2.2.2 器官形态特征 | 第36-45页 |
| 2.3 讨论 | 第45-49页 |
| 第三章 人工合成甘蓝型油菜和二倍体亲本的转录组比较研究 | 第49-64页 |
| 前言 | 第49页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-53页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第49页 |
| 3.1.2 RNA提取、cDNA文库构建与转录组测序 | 第49-50页 |
| 3.1.3 RNA-Seq数据分析:mapping和差异表达分析 | 第50页 |
| 3.1.4 差异表达基因的分析与功能注释 | 第50-51页 |
| 3.1.5 cDNA合成及qRT-PCR分析 | 第51-53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-62页 |
| 3.2.1 转录组测序数据的分析 | 第53-55页 |
| 3.2.2 多倍化过程中部分同源基因对的变化分析 | 第55-56页 |
| 3.2.3 人工合成甘蓝型油菜基因组中差异表达的部分同源基因表达模式分析 | 第56-58页 |
| 3.2.4 人工合成甘蓝型油菜基因组中亲本显性表达基因的分析 | 第58-60页 |
| 3.2.5 加性、亲本显性及超亲表达的基因的qRT-PCR验证 | 第60-62页 |
| 3.3 讨论 | 第62-64页 |
| 第四章 人工合成甘蓝型油菜和二倍体亲本转录组中转座子的分析 | 第64-79页 |
| 前言 | 第64页 |
| 4.1 材料与方法 | 第64-66页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第64页 |
| 4.1.2 数据库 | 第64-65页 |
| 4.1.3 Clean reads与新构建的转座子数据进行比对 | 第65页 |
| 4.1.4 转座子的表达分析 | 第65页 |
| 4.1.5 转座子表达模式变化分析 | 第65-66页 |
| 4.1.6 分析转座子插入基因的偏好性及相关基因的功能注释分析 | 第66页 |
| 4.1.7 转座子插入基因的qRT-PCR表达验证分析 | 第66页 |
| 4.2 结果与分析 | 第66-76页 |
| 4.2.1 转录组中不同类型转座子的数目和比例分析 | 第66-68页 |
| 4.2.2 人工合成甘蓝型油菜与亲本转录组中转座子的表达分析 | 第68-72页 |
| 4.2.3 人工合成甘蓝型油菜与亲本基因组之间转座子的表达模式分析 | 第72-73页 |
| 4.2.4 基因中转座子的插入位点偏好分析及含有转座子插入基因的功能注释 | 第73-75页 |
| 4.2.5 转座子插入基因的表达量验证 | 第75-76页 |
| 4.3 讨论 | 第76-79页 |
| 第五章 人工合成甘蓝型油菜基因组中的反转座子及反转录酶序列分析 | 第79-94页 |
| 前言 | 第79页 |
| 5.1 材料与方法 | 第79-83页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第79页 |
| 5.1.2 DNA的提取 | 第79-80页 |
| 5.1.3 IRAP分子标记 | 第80-83页 |
| 5.1.4 LTR-copia反转座子的反转录酶(Reverse transcriptase,RT)序列克隆 | 第83页 |
| 5.1.5 反转录酶序列的分析 | 第83页 |
| 5.2 结果与分析 | 第83-92页 |
| 5.2.1 人工合成甘蓝型油菜基因组中反转座子的变化情况及移动规律 | 第83-84页 |
| 5.2.2 有转座子插入片段的功能注释分析 | 第84-86页 |
| 5.2.3 人工合成甘蓝型油菜和两亲本基因组中反转座子的遗传聚类分析 | 第86-87页 |
| 5.2.4 反转座子RT序列的克隆 | 第87页 |
| 5.2.5 反转录酶序列的分析 | 第87-89页 |
| 5.2.6 反转座子RT序列的系统进化分析 | 第89-92页 |
| 5.3 讨论 | 第92-94页 |
| 第六章 人工合成甘蓝型油菜早期世代DNA甲基化变异分析 | 第94-108页 |
| 前言 | 第94页 |
| 6.1 材料与方法 | 第94-97页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第94页 |
| 6.1.2 DNA与RNA提取 | 第94-95页 |
| 6.1.3 全基因组DNA甲基化水平的检测 | 第95页 |
| 6.1.4 人工合成甘蓝型油菜的MSAP分析 | 第95-96页 |
| 6.1.5 MSAP差异条带的回收和克隆 | 第96页 |
| 6.1.6 实时荧光定量PCR表达分析 | 第96-97页 |
| 6.2 实验结果 | 第97-105页 |
| 6.2.1 人工合成的甘蓝型油菜F_1代及其二倍体DNA甲基化水平的差异分析 | 第97-101页 |
| 6.2.2 人工合成甘蓝型油菜早期不同世代DNA胞嘧啶甲基化水平的变化 | 第101-102页 |
| 6.2.3 甲基化多态性片段的克隆与分析 | 第102-104页 |
| 6.2.4 甲基转移酶基因MET与CMT的差异表达分析 | 第104-105页 |
| 6.3 讨论 | 第105-108页 |
| 第七章 论文创新点和后续研究计划 | 第108-109页 |
| 7.1 论文创新点 | 第108页 |
| 7.2 后续研究计划 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 博士期间发表的论文目录 | 第124-125页 |
