| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 缩略词表 | 第14-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-39页 |
| 1.1 课题的提出 | 第16-18页 |
| 1.2 谱系地理学研究内容和进展 | 第18-23页 |
| 1.2.1 谱系地理学概述 | 第18页 |
| 1.2.2 谱系地理学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2.3 谱系地理学研究主要内容 | 第20-22页 |
| 1.2.4 分子标记与基因序列在植物谱系地理学的应用 | 第22-23页 |
| 1.3 系统发育学研究进展 | 第23-29页 |
| 1.3.1 系统发育学概述 | 第23页 |
| 1.3.2 系统发育基因组学分析方法及应用 | 第23-27页 |
| 1.3.3 系统发育学基因序列选择 | 第27-28页 |
| 1.3.4 系统发育基因组学潜在问题 | 第28-29页 |
| 1.4 柑橘亚科植物起源、遗传多样性与系统进化研究 | 第29-37页 |
| 1.4.1 柑橘亚科植物分类进展 | 第29-31页 |
| 1.4.2 柑橘属植物地理起源、栽培与传播历史 | 第31-33页 |
| 1.4.3 柑橘属主要野生柑橘及杂种柑橘的起源研究 | 第33-36页 |
| 1.4.4 柑橘属植物遗传多样性研究进展 | 第36-37页 |
| 1.5 本研究目的与内容 | 第37-39页 |
| 第二章 枸橼类植物遗传多样性及系统进化分析 | 第39-57页 |
| 1. 引言 | 第39-40页 |
| 2. 材料与方法 | 第40-43页 |
| 2.1 植物材料 | 第40-41页 |
| 2.2 DNA提取、nSSR扩增与银染检测 | 第41页 |
| 2.3 叶绿体基因PCR扩增及测序 | 第41-42页 |
| 2.4 遗传多样性及群体结构分析 | 第42页 |
| 2.5 cpDNA序列分析和系统树的构建 | 第42-43页 |
| 3. 结果与分析 | 第43-53页 |
| 3.1 基于nSSR标记枸橼类植物遗传多样性分析 | 第43-46页 |
| 3.2 基于nSSR数据枸橼类植物系统进化与主成分分析 | 第46-50页 |
| 3.3 枸橼类植物群体群体结构分析 | 第50页 |
| 3.4 叶绿体基因编码区、非编码区基因序列特征与系统进化分析 | 第50-53页 |
| 4.讨论 | 第53-57页 |
| 4.1 枸橼类植物遗传多样性与群体结构 | 第53-55页 |
| 4.2 枸橼类柑橘杂交品种的起源探讨 | 第55-57页 |
| 第三章 宜昌橙群体遗传结构与物种演化历史研究 | 第57-89页 |
| 1. 引言 | 第57-59页 |
| 2. 材料与方法 | 第59-66页 |
| 2.1 植物材料 | 第59-60页 |
| 2.2 DNA提取、cpSSR、nSSR、单拷贝核基因扩增与检测 | 第60-61页 |
| 2.3 nSSR与cpSSR数据统计与分析 | 第61页 |
| 2.4 单拷贝核基因遗传多样性分析及中性检测 | 第61-62页 |
| 2.5 宜昌橙谱系地理结构与系统进化分析 | 第62-63页 |
| 2.6 基因漂流、Islolation-By-Distance（IBD）以及瓶颈效应分析 | 第63-64页 |
| 2.7 种群动态历史模拟 | 第64-66页 |
| 3. 结果与分析 | 第66-84页 |
| 3.1 叶绿体单体型多样性、群体结构及单体型分布 | 第66-70页 |
| 3.2 宜昌橙核基因遗传多样性与群体结构分析 | 第70-76页 |
| 3.3 单拷贝核基因多样性、中性选择及单体型分析 | 第76-78页 |
| 3.4 种群地区间基因流及群体空间结构分析 | 第78-79页 |
| 3.5 宜昌橙群体演化与系统进化分析 | 第79-82页 |
| 3.6 宜昌橙与柑橘属植物系统进化分析 | 第82-84页 |
| 4. 讨论 | 第84-89页 |
| 4.1 宜昌橙遗传多样性与群体结构 | 第84-85页 |
| 4.2 宜昌橙群体演化历史 | 第85-89页 |
| 第四章 柑橘亚科植物系统发育基因组学研究 | 第89-118页 |
| 1. 引言 | 第89-91页 |
| 2. 材料与方法 | 第91-97页 |
| 2.1 DNA提取与全基因组重测序 | 第91-93页 |
| 2.2 重测序原始数据处理 | 第93页 |
| 2.3 序列比对与SNP质量控制 | 第93页 |
| 2.4 柑橘亚科共有单拷贝核基因鉴定 | 第93-94页 |
| 2.5 系统进化数据集构建及序列比对 | 第94页 |
| 2.6 检测基因序列一致性、饱和度及偏差效应 | 第94-95页 |
| 2.7 序列分组与不分组条件下最优进化模型搜索 | 第95-96页 |
| 2.8 系统发育分析 | 第96页 |
| 2.9 物种树联合（Coalescent）估算分析 | 第96-97页 |
| 2.10 物种分子钟估算 | 第97页 |
| 3. 结果 | 第97-110页 |
| 3.1 核基因组单拷贝基因鉴定 | 第97页 |
| 3.2 数据集及模型 | 第97-100页 |
| 3.3 叶绿体基因组系统发育分析 | 第100-105页 |
| 3.4 核基因组系统发育分析 | 第105-107页 |
| 3.5 核基因组序列联合推导物种树 | 第107-109页 |
| 3.6 柑橘亚科植物分歧时间计算 | 第109-110页 |
| 4 讨论 | 第110-118页 |
| 4.1 辣蜜柑橘亚族、胶柑亚族与柑橘亚族植物系统分类 | 第110-111页 |
| 4.2 真正柑橘组植物系统进化与杂种柑橘起源 | 第111-115页 |
| 4.3 柑橘亚科植物起源与分化 | 第115-116页 |
| 4.4 柑橘属柠檬的起源与传播 | 第116-118页 |
| 第五章 总结与展望 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-134页 |
| 附录I 实验操作方法 | 第134-136页 |
| 附录II 表格 | 第136-147页 |
| 附录III 图片 | 第147-149页 |
| 附录IV 补充信息 | 第149-151页 |
| 附录V 博士期间发表的论文 | 第151-152页 |
| 致谢 | 第152-154页 |
