| 中文摘要 | 第4-5页 |
| 英文摘要 | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第8-20页 |
| 1.1 鸮形目鸟类概述 | 第8-12页 |
| 1.1.1 鸮形目鸟类的分类及系统发育 | 第9-10页 |
| 1.1.2 鸮形目鸟类听觉行为的概述 | 第10-12页 |
| 1.2 耳蜗 | 第12-14页 |
| 1.3 听觉相关基因的研究现状 | 第14-16页 |
| 1.4 分子进化研究简介 | 第16-18页 |
| 1.4.1 适应性进化 | 第17页 |
| 1.4.2 正选择 | 第17-18页 |
| 1.5 转录组测序技术 | 第18页 |
| 1.6 研究问题 | 第18-19页 |
| 1.7 研究目的与意义 | 第19-20页 |
| 1.7.1 研究目的 | 第19页 |
| 1.7.2 研究意义 | 第19-20页 |
| 第二章 材料与方法 | 第20-29页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-24页 |
| 2.1.1 研究对象 | 第20-22页 |
| 2.1.2 实验仪器及设备 | 第22-23页 |
| 2.1.3 实验耗材 | 第23页 |
| 2.1.4 实验试剂 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-26页 |
| 2.2.1 用于转录组测序的组织材料的获取 | 第24-25页 |
| 2.2.1.1 试剂的配置 | 第24页 |
| 2.2.1.2 实验用具的处理与准备 | 第24页 |
| 2.2.1.3 实验前对物种的处理 | 第24-25页 |
| 2.2.2 转录组测序实验操作流程 | 第25页 |
| 2.2.2.1 总RNA的提取 | 第25页 |
| 2.2.2.2 构建cDNA文库 | 第25页 |
| 2.2.3 转录组测序生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 2.2.3.1 转录组测序产量统计 | 第25页 |
| 2.2.3.2 数据的生物信息分析流程 | 第25-26页 |
| 2.2.3.3 基因功能注释 | 第26页 |
| 2.3 数据处理与分析 | 第26-29页 |
| 2.3.1 听觉基因的获取 | 第26页 |
| 2.3.2 基因序列的处理 | 第26页 |
| 2.3.3 基因选择压力的分析 | 第26-27页 |
| 2.3.4 系统发育树的构建 | 第27-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-54页 |
| 3.1 转录组测序产量统计 | 第29页 |
| 3.2 基因信息的确定 | 第29页 |
| 3.3 序列处理的结果 | 第29-33页 |
| 3.4 基因选择压力分析的结果 | 第33-47页 |
| 3.4.1 CDH23基因正选择结果 | 第33-35页 |
| 3.4.1.1 枝模型分析结果 | 第33页 |
| 3.4.1.2 枝位点模型分析的结果 | 第33-34页 |
| 3.4.1.3 Clade模型分析的结果 | 第34-35页 |
| 3.4.2 PROX1基因正选择结果 | 第35-37页 |
| 3.4.2.1 枝模型分析结果 | 第35-36页 |
| 3.4.2.2 枝位点模型分析结果 | 第36-37页 |
| 3.4.2.3 Clade模型分析的结果 | 第37页 |
| 3.4.3 PCDH15基因正选择结果 | 第37-40页 |
| 3.4.3.1 枝模型分析的结果 | 第37-38页 |
| 3.4.3.2 枝位点模型分析的结果 | 第38-39页 |
| 3.4.3.3 Clade模型分析的结果 | 第39-40页 |
| 3.4.4 MYO7A基因正选择结果 | 第40-42页 |
| 3.4.4.1 枝模型分析的结果 | 第40页 |
| 3.4.4.2 枝位点模型分析的结果 | 第40-41页 |
| 3.4.4.3 Clade模型分析的结果 | 第41-42页 |
| 3.4.5 MYO6基因正选择结果 | 第42-45页 |
| 3.4.5.1 枝模型分析的结果 | 第42-43页 |
| 3.4.5.2 枝模型分析的结果 | 第43-44页 |
| 3.4.5.3 Clade模型分析的结果 | 第44-45页 |
| 3.4.6 PDZD7基因正选择结果 | 第45-47页 |
| 3.4.6.1 枝模型分析的结果 | 第45页 |
| 3.4.6.2 枝位点模型分析的结果 | 第45-46页 |
| 3.4.6.3 Clade枝模型分析的结果 | 第46-47页 |
| 3.4.7 branch-site REL的运行结果 | 第47页 |
| 3.5 系统发育树的构建结果 | 第47-54页 |
| 3.5.1 CDH23基因的系统发育树 | 第47-48页 |
| 3.5.2 MYO7A基因的系统发育树 | 第48-49页 |
| 3.5.3 MYO6基因的系统发育树 | 第49-50页 |
| 3.5.4 PCDH15基因的系统发育树 | 第50-51页 |
| 3.5.5 PROX1基因的系统发育树 | 第51-52页 |
| 3.5.6 PDZD7基因的系统发育树 | 第52-54页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第54-58页 |
| 4.1 讨论 | 第54-57页 |
| 4.2 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 致谢 | 第64页 |