| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 引言 | 第11-18页 |
| 1 单环刺螠概述 | 第11-12页 |
| 1.1 单环刺螠生物特征及其经济价值 | 第11页 |
| 1.2 单环刺螠的研究现状分析 | 第11-12页 |
| 2 微卫星标记概述 | 第12-16页 |
| 2.1 微卫星标记的特点 | 第12-13页 |
| 2.2 微卫星DNA的组成及功能 | 第13页 |
| 2.3 微卫星序列分离方法 | 第13页 |
| 2.4 微卫星标记检测 | 第13页 |
| 2.5 微卫星标记在海洋经济动物中的应用 | 第13-16页 |
| 2.5.1 检测种群的遗传多样性 | 第13-14页 |
| 2.5.2 群体遗传结构分析 | 第14页 |
| 2.5.3 个体识别和亲缘关系鉴定 | 第14-15页 |
| 2.5.4 基因的定位研究(QTL) | 第15页 |
| 2.5.5 遗传图谱构建 | 第15-16页 |
| 3 RAD测序概述 | 第16-17页 |
| 3.1 RAD测序技术特点 | 第16页 |
| 3.2 RAD测序技术流程 | 第16页 |
| 3.3 RAD测序技术的应用实例 | 第16-17页 |
| 4 研究的目的和意义 | 第17-18页 |
| 第一章 基于单环刺螠基因组RAD测序获得微卫星序列 | 第18-36页 |
| 1 材料与方法 | 第18-23页 |
| 1.1 实验材料 | 第18-20页 |
| 1.1.1 样品来源 | 第18页 |
| 1.1.2 主要耗材和试剂 | 第18-19页 |
| 1.1.3 实验仪器设备 | 第19-20页 |
| 1.2 实验方法 | 第20-23页 |
| 1.2.1 单环刺螠基因组DNA的提取 | 第20页 |
| 1.2.2 酚—氯仿—异戊醇抽提法 | 第20页 |
| 1.2.3 试剂盒法 | 第20-21页 |
| 1.2.4 Chelex100法 | 第21页 |
| 1.2.5 RAD测序 | 第21-23页 |
| 2 实验结果 | 第23-34页 |
| 2.1 单环刺螠基因组DNA的检测以及纯化 | 第23-25页 |
| 2.2 单环刺螠RAD测序结果 | 第25-26页 |
| 2.3 测序质量分布检查 | 第26-27页 |
| 2.4 测序错误率分布检查 | 第27-28页 |
| 2.5 GC含量分布检查 | 第28-29页 |
| 2.6 原始测序数据组成 | 第29-30页 |
| 2.7 RAD—Tag捕获率统计 | 第30页 |
| 2.8 聚类结果统计 | 第30-31页 |
| 2.9 组装结果统计及评估 | 第31-33页 |
| 2.10 微卫星序列检测结果 | 第33-34页 |
| 3 讨论 | 第34-36页 |
| 3.1 单环刺螠基因组DNA提取优化 | 第34页 |
| 3.2 利用RAD测序获取微卫星标记序列 | 第34-36页 |
| 第二章 单环刺螠微卫星标记的筛选及评价 | 第36-44页 |
| 1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 1.1 实验材料 | 第36页 |
| 1.1.1 实验样品 | 第36页 |
| 1.1.2 实验试剂和仪器 | 第36页 |
| 1.2 实验方法 | 第36-38页 |
| 1.2.1 微卫星序列引物设计 | 第36-37页 |
| 1.2.2 引物的初选 | 第37-38页 |
| 1.2.3 引物的优化 | 第38页 |
| 1.2.4 数据统计及评估 | 第38页 |
| 2 实验结果 | 第38-42页 |
| 2.1 微卫星标记的筛选 | 第38-41页 |
| 2.2 多态性微卫星标记评价 | 第41-42页 |
| 3 讨论 | 第42-44页 |
| 第三章 单环刺螠5个地理群体遗传结构分析 | 第44-56页 |
| 1 材料与方法 | 第44-45页 |
| 1.1 实验材料 | 第44页 |
| 1.1.1 实验样品 | 第44页 |
| 1.1.2 实验试剂和仪器 | 第44页 |
| 1.2 实验方法 | 第44-45页 |
| 1.2.1 PCR扩增反应 | 第44-45页 |
| 1.2.2 数据统计 | 第45页 |
| 2 实验结果 | 第45-54页 |
| 2.1 22 个微卫星标记在5个群体多态性分析 | 第45-52页 |
| 2.2 群体遗传结构分析 | 第52-54页 |
| 3 讨论 | 第54-56页 |
| 小结 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-64页 |
| 已完成的文章 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65页 |