| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| 1.1 RNA-SEQ方法的介绍 | 第11-12页 |
| 1.2 比对软件在RNA-SEQ研究中的作用 | 第12-14页 |
| 1.3 本研究使用的模拟数据和真实数据 | 第14-16页 |
| 1.3.1 参考基因与参考基因组 | 第14页 |
| 1.3.2 比对的模拟数据 | 第14-15页 |
| 1.3.3 比对的真实数据 | 第15-16页 |
| 1.4 本研究的使用的测试软件 | 第16-23页 |
| 1.4.1 SOAP2 | 第16-17页 |
| 1.4.2 BWA | 第17页 |
| 1.4.3 Tophat | 第17-18页 |
| 1.4.4 Olego | 第18-20页 |
| 1.4.5 STAR | 第20页 |
| 1.4.6 GSNAP | 第20-21页 |
| 1.4.7 Hisat | 第21页 |
| 1.4.8 Fanse2 | 第21-22页 |
| 1.4.9 Samtools | 第22-23页 |
| 1.5 本研究的内容和意义 | 第23-25页 |
| 第二章 比对软件在人的模拟数据和真实数据下的测试 | 第25-43页 |
| 2.1 引言 | 第25-26页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 生成模拟测试数据 | 第26-28页 |
| 2.2.2 获得真实测序数据 | 第28页 |
| 2.2.3 不同软件的比对参数设置 | 第28-29页 |
| 2.2.4 实验工具和软件 | 第29页 |
| 2.3 实验结果和分析 | 第29-41页 |
| 2.3.1 比较不同软件的内存消耗和比对速度 | 第31-34页 |
| 2.3.2 比较不同软件在无错配模拟序列中的比对效果 | 第34-36页 |
| 2.3.3 比较不同软件在有错配模拟序列中的比对效果 | 第36-38页 |
| 2.3.4 比较不同软件在含indel模拟序列中的比对效果 | 第38-39页 |
| 2.3.5 比较不同软件在真实序列中的比对效果 | 第39-41页 |
| 2.4 讨论分析 | 第41-43页 |
| 第三章 比对软件在线虫的模拟数据下的测试 | 第43-47页 |
| 3.0 引言 | 第43-44页 |
| 3.1 实验材料和工具 | 第44页 |
| 3.1.1 生成模拟数据 | 第44页 |
| 3.1.2 实验工具和软件 | 第44页 |
| 3.2 实验结果和分析 | 第44-46页 |
| 3.2.1 比较不同软件在无错配和有错配模拟序列中的比对效果 | 第44-45页 |
| 3.2.2 比较不同软件在含indel模拟序列中的比对效果 | 第45-46页 |
| 3.3 讨论分析 | 第46-47页 |
| 第四章 总结 | 第47-49页 |
| 4.1 研究内容和创新性 | 第47-48页 |
| 4.2 研究的缺陷 | 第48页 |
| 4.3 展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-52页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 附件 | 第54页 |
