| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略语及专有词汇检索表 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-34页 |
| 1 香蕉枯萎病防控 | 第18-21页 |
| 1.1 香蕉枯萎病 | 第18-19页 |
| 1.2 香蕉枯萎病防控措施 | 第19-21页 |
| 1.2.1 传统的防控方法 | 第19页 |
| 1.2.2 生物防控 | 第19页 |
| 1.2.3 施用有机肥防控土传病害 | 第19-20页 |
| 1.2.4 施用微生物有机肥防控土传病害 | 第20-21页 |
| 2 微生物区系与农业生产的关系 | 第21-26页 |
| 2.1 微生物区系的概念 | 第21页 |
| 2.2 微生物区系与农业生产 | 第21-22页 |
| 2.3 微生物在农业生产中的应用 | 第22-26页 |
| 2.3.1 农用微生物种类 | 第22-23页 |
| 2.3.2 土壤功能微生物的应用 | 第23-24页 |
| 2.3.3 微生物有机肥调控土壤微生物区系 | 第24-26页 |
| 2.4 抑病/健康土壤对农业生产的重要性 | 第26页 |
| 3 土壤微生物区系研究方法 | 第26-31页 |
| 3.1 宏观微生物区系的研究方法 | 第27-30页 |
| 3.1.1 传统的培养法 | 第27页 |
| 3.1.2 生物素标记法 | 第27页 |
| 3.1.3 Biolog法 | 第27-28页 |
| 3.1.4 分子生物学的方法 | 第28-30页 |
| 3.1.4.1 核酸碱基组成复杂性评估 | 第28页 |
| 3.1.4.2 基于PCR扩增的分子指纹技术 | 第28-29页 |
| 3.1.4.3 宏技术 | 第29-30页 |
| 3.2 特异微生物群落的研究方法 | 第30-31页 |
| 3.2.1 选择性培养法 | 第30页 |
| 3.2.2 荧光定量PCR技术 | 第30页 |
| 3.2.3 核酸杂交技术 | 第30-31页 |
| 3.2.4 同位素标记技术 | 第31页 |
| 3.3 序列分析 | 第31页 |
| 4 本研究目的、意义及技术路线 | 第31-34页 |
| 4.1 研究目的、意义 | 第31-32页 |
| 4.2 研究技术路线图 | 第32-34页 |
| 第二章 标靶基因及数据库选用对真菌高通量测序数据分析结果的影响 | 第34-58页 |
| 1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 1.1 试验设计与采样 | 第35-36页 |
| 1.2 根际土壤DNA提取 | 第36页 |
| 1.3 扩增与测序 | 第36页 |
| 1.4 序列分析 | 第36-37页 |
| 1.5 数据分析 | 第37-38页 |
| 2 结果 | 第38-54页 |
| 2.1 数据库与标靶基因比较 | 第38-41页 |
| 2.2 植物种类对真菌群落的影响 | 第41-54页 |
| 3 讨论 | 第54-56页 |
| 3.1 标靶基因与数据库对真菌区系研究的影响 | 第54页 |
| 3.2 偏好性 | 第54-55页 |
| 3.3 一年生与多年生能源作物根际真菌区系差异 | 第55-56页 |
| 4 小结 | 第56-58页 |
| 第三章 健康香蕉根际土壤微生物区系特征 | 第58-72页 |
| 1 材料与方法 | 第59-63页 |
| 1.1 试验点 | 第59页 |
| 1.2 样品采集与DNA提取 | 第59页 |
| 1.3 16S rRNA扩增与克隆文库构建 | 第59-60页 |
| 1.4 细菌16S rRNA与真菌ITS特异性片段扩增 | 第60-61页 |
| 1.5 病原菌定量 | 第61-62页 |
| 1.6 序列分析 | 第62-63页 |
| 2 结果 | 第63-68页 |
| 2.1 病原菌数量 | 第63-64页 |
| 2.2 克隆文库数据 | 第64页 |
| 2.3 高通量细菌数据 | 第64-66页 |
| 2.4 高通量测序数据与克隆文库测序数据比较 | 第66-67页 |
| 2.5 真菌区系 | 第67-68页 |
| 3 讨论 | 第68-70页 |
| 3.1 克隆文库测序与高通量测序方法比较 | 第68-69页 |
| 3.2 植株健康状况与根际微生物区系 | 第69页 |
| 3.3 健康香蕉根际土壤微生物区系特征 | 第69-70页 |
| 3.3.1 健康香蕉根际土壤细菌区系特征 | 第69-70页 |
| 3.3.2 健康香蕉根际土壤真菌区系特征 | 第70页 |
| 4 小结 | 第70-72页 |
| 第四章 香蕉土传枯萎病拮抗菌筛选及其全基因组测序与土壤存活能力测试 | 第72-84页 |
| 1 材料方法 | 第72-76页 |
| 1.1 样品采集与DNA提取 | 第72-73页 |
| 1.2 拮抗菌筛选 | 第73页 |
| 1.3 拮抗菌鉴定 | 第73页 |
| 1.4 拮抗菌基因组测序 | 第73-74页 |
| 1.5 拮抗菌特异性引物设计 | 第74页 |
| 1.6 拮抗菌特异性引物验证 | 第74-75页 |
| 1.7 定量PCR标准曲线 | 第75页 |
| 1.8 拮抗菌土壤定殖试验 | 第75-76页 |
| 1.9 统计分析 | 第76页 |
| 2 结果 | 第76-79页 |
| 2.1 拮抗菌筛选 | 第76-77页 |
| 2.2 拮抗菌全基因组拼接与注释 | 第77-78页 |
| 2.3 拮抗菌特异性引物 | 第78-79页 |
| 2.4 拮抗菌在土壤中的存活能力测定 | 第79页 |
| 3 讨论 | 第79-82页 |
| 3.1 拮抗菌NJN-6是理想的防控香蕉枯萎病的拮抗菌 | 第79-80页 |
| 3.2 拮抗菌NJN-6在土壤中的存活能力 | 第80-82页 |
| 4 小结 | 第82-84页 |
| 第五章 调控香蕉根际微生物区系防控香蕉土传枯萎病 | 第84-96页 |
| 1 材料方法 | 第85-87页 |
| 1.1 试验点 | 第85页 |
| 1.2 生物有机肥制备 | 第85页 |
| 1.3 试验设计 | 第85-86页 |
| 1.4 样品采集 | 第86页 |
| 1.5 高通量测序 | 第86页 |
| 1.6 序列分析 | 第86-87页 |
| 1.7 尖孢镰刀菌定量 | 第87页 |
| 2 结果 | 第87-93页 |
| 2.1 产量与发病率 | 第87-89页 |
| 2.2 尖孢镰刀菌定量 | 第89页 |
| 2.3 454高通量测序结果 | 第89-93页 |
| 2.3.1 微生物有机肥处理与植物健康状况对细菌群落结构的影响 | 第90-92页 |
| 2.3.2 微生物有机肥调控香蕉根际土壤微生物区系 | 第92-93页 |
| 2.3.3 健康香蕉根际土壤微生物区系特征 | 第93页 |
| 3 讨论 | 第93-95页 |
| 3.1 健康香蕉根际土壤微生物区系特征 | 第93-94页 |
| 3.2 微生物有机肥生防效果 | 第94页 |
| 3.3 微生物有机肥调控香蕉根际土壤微生物区系 | 第94-95页 |
| 4 小结 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-116页 |
| 全文结论及展望 | 第116-120页 |
| 一、全文结论 | 第116-117页 |
| 二、展望 | 第117-120页 |
| 创新点 | 第120-122页 |
| 附表 | 第122-132页 |
| 博士期间已(待)发表的论文 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
