| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-16页 |
| ·研究背景 | 第9-14页 |
| ·无乳链球菌致病因子的研究 | 第9-10页 |
| ·GlnR因子与DNA结合的研究 | 第10-12页 |
| ·蛋白质与核酸的相互作用 | 第12-14页 |
| ·研究目的及意义 | 第14-15页 |
| ·研究的主要内容 | 第15-16页 |
| 第二章 计算方法与原理 | 第16-25页 |
| ·分子模拟简介 | 第16页 |
| ·分子对接 | 第16-21页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第16-17页 |
| ·分子对接的搜索算法 | 第17-19页 |
| ·分子对接打分函数 | 第19-21页 |
| ·分子动力学模拟 | 第21-25页 |
| ·分子动力学基本原理 | 第21-22页 |
| ·分子力场 | 第22-23页 |
| ·周期边界条件 | 第23-25页 |
| 第三章 三维结构的获得与优化 | 第25-31页 |
| ·研究方法 | 第25-26页 |
| ·GlnR因子三维结构的获得 | 第25页 |
| ·完整DNA双链、半条DNA双链与16种二核苷酸的获得 | 第25-26页 |
| ·GlnR因子三维结构的动力学优化 | 第26页 |
| ·实验结果与分析 | 第26-30页 |
| ·GlnR因子三维结构的分析 | 第26-27页 |
| ·完整DNA双链、半条DNA双链三维结构分析 | 第27-28页 |
| ·GlnR因子优化结果分析 | 第28-30页 |
| ·小结 | 第30-31页 |
| 第四章 GlnR因子与DNA的对接 | 第31-49页 |
| ·研究方法 | 第31-34页 |
| ·Autodock对GlnR因子单体与二核苷酸片段的对接 | 第31-32页 |
| ·Haddock对GlnR因子单体与半条DNA链的对接 | 第32-33页 |
| ·Haddock对GlnR因子二聚体与整条DNA链进行多体对接 | 第33-34页 |
| ·实验结果与分析 | 第34-48页 |
| ·GlnR因子与二核苷酸对接结果分析 | 第34-39页 |
| ·GlnR因子与半条DNA双链对接结果分析 | 第39-42页 |
| ·GlnR因子二聚体与双链DNA对接结果分析 | 第42-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第五章 GlnR因子复合物的动力学模拟 | 第49-60页 |
| ·研究方法 | 第49-50页 |
| ·复合物的动力学模拟 | 第49页 |
| ·对比结构GlnR的动力学模拟 | 第49-50页 |
| ·实验结果与分析 | 第50-58页 |
| ·体系总能量分析 | 第50页 |
| ·体系均方根偏差分析 | 第50-53页 |
| ·回转半径的分析 | 第53-55页 |
| ·GlnR因子结合前后二级结构的分析 | 第55-56页 |
| ·结合前后均方根涨落分析 | 第56-57页 |
| ·GlnR因子与DNA各部分分子间距离的分析 | 第57-58页 |
| ·小结 | 第58-60页 |
| 第六章 结论与展望 | 第60-62页 |
| ·结论 | 第60页 |
| ·展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-65页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
