| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| §1.1 概述 | 第10-12页 |
| §1.2 微阵列芯片及其应用 | 第12-15页 |
| §1.3 微阵列数据分析的研究现状 | 第15-23页 |
| §1.3.1 归一化 | 第15-18页 |
| §1.3.2 统计模型 | 第18-20页 |
| §1.3.3 多重检验 | 第20-23页 |
| §1.4 B-样条 | 第23-24页 |
| §1.5 本文的主要工作和结构安排 | 第24-26页 |
| 第二章 狄利克莱过程 | 第26-36页 |
| §2.1 引言 | 第26页 |
| §2.2 狄利克莱分布 | 第26-27页 |
| §2.3 狄利克莱过程 | 第27-31页 |
| §2.3.1 段杆过程 | 第27-28页 |
| §2.3.2 中国餐馆过程 | 第28-29页 |
| §2.3.3 狄利克莱过程混合模型 | 第29-30页 |
| §2.3.4 项数趋于无穷时的混合模型 | 第30-31页 |
| §2.4 狄利克莱过程混合模型的推断 | 第31-36页 |
| §2.4.1 共轭先验下的推断 | 第31-33页 |
| §2.4.2 非共轭先验下的推断 | 第33-36页 |
| 第三章 基于表达网络的时间型基因表达模式的比较分析 | 第36-68页 |
| §3.1 引言 | 第36-37页 |
| §3.2 时间过程型数据的相关研究 | 第37-39页 |
| §3.3 基于相似表达网络的NACEP方法 | 第39-48页 |
| §3.3.1 NACEP模型 | 第40页 |
| §3.3.2 用于时间过程型数据聚类的无限混合模型 | 第40-41页 |
| §3.3.3 模型的贝叶斯表述 | 第41-43页 |
| §3.3.4 NACEP模型参数推断与Gibbs抽样算法 | 第43-45页 |
| §3.3.5 NACEP程序说明 | 第45-46页 |
| §3.3.6 不同实验条件下的比较测度 | 第46-47页 |
| §3.3.7 对时间过程型基因表达数据的聚类 | 第47-48页 |
| §3.3.8 转录因子之间相似性的度量 | 第48页 |
| §3.4 模拟研究 | 第48-57页 |
| §3.4.1 聚类 | 第48-52页 |
| §3.4.2 依时间表达模式的比较 | 第52-57页 |
| §3.5 实际数据分析 | 第57-65页 |
| §3.5.1 原生胚胎干细胞和全反维甲酸诱导下的差异响应模式分析 | 第57-60页 |
| §3.5.2 基因调控网络中RNA受抑制下的基因依时间表达响应的比较 | 第60-65页 |
| §3.6 问题及方法评价 | 第65-68页 |
| §3.6.1 时间过程型数据的聚类问题 | 第65页 |
| §3.6.2 依时间表达模式的比较 | 第65-66页 |
| §3.6.3 基因转录调控网络和转录因子的剔除 | 第66-68页 |
| 第四章 差异表达基因的识别 | 第68-80页 |
| §4.1 引言 | 第68页 |
| §4.2 六倍体小麦中非可加基因的识别 | 第68-72页 |
| §4.3 间充质干细胞受组蛋白修饰位点分析 | 第72-78页 |
| §4.4 讨论 | 第78-80页 |
| 第五章 展望 | 第80-83页 |
| 参考文献 | 第83-105页 |
| 在学期间公开发表(投稿)论文情况 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
